在生命科学领域的这两家研究生院，论文指导委员会（Thesis Advisory Committee）都是培养方案中的一项基本制度。每一位博士生都有一个论文指导委员会，由包括博士生导师在内的3位成员组成，另外2位成员由博士生和导师根据科研方向进行选择，至少有1位必须是研究生院的成员，另外1位可以是外部专家甚至企业的相关科研人员。论文指导委员会的主要职责是对博士研究生论文的选题、研究的进展以及学生课程的选择进行指导和把关。论文指导委员会的成员在博士生入学之时就确定下来并在研究生院备案。
两个研究生院都规定，在学生入学后的半年之内，论文指导委员会须进行第一次会谈，以后每年举行一次。博士生要在每一次会议之前向指导委员会提交一份年度报告，汇报学习和研究进展、主要困难以及下一步的计划，并进行口头陈述。指导委员会的成员会就博士生研究中的各种问题进行讨论，并提出建议。
事实上，在生命科学领域，由于研究课题通常涉及跨学科的理论方法和实验技术，博士生有正式或非正式的指导小组，第二导师也已经越来越普遍。而研究生院作为一个博士生培养的专门组织框架，通过论文指导委员会的设置将事实上已经存在的联合指导模式制度化，并进行监督和约束，从而起到过程控制和质量保障的作用。在案例研究生院中，对论文指导委员会的监督是由研究生院办公室负责的。海德堡生命科学研究生院的一位博士生在提交自己的年度报告给论文指导委员会时，曾因为迟交而收到研究生院办公室的催促信，他说：
“（年度报告）如果推迟太久的话，他（研究生院办公室工作人员）就会……（笑），我觉得他是在恐吓我们，说‘太晚了，太晚了’，因为他也是有压力的，这个研究生院也是有人在‘盯着’的，给学生们的承诺是三年半后毕业，如果毕不了业的话，岂不是很麻烦？”
此外，奖学金制度在生命科学研究生院中也发挥了一定的激励和质量保障的作用。如前所述，德国大多数自然科学领域的博士生以与科研单位签订工作合同的方式获取资助，所以研究生院并不是资助博士研究生的主体。研究生院招生通常也是按照导师们各自科研项目的岗位需求进行，也就是说，有岗位有资金才招生，博士生资助主要由导师来负责。具体而言，博士生获得资助的性质因其所在科研项目或实验室的资金来源不同而各有差异，有的资金来自德国教育科研部，有的来自德国科研基金会，还有的来自企业。并且，由于生命科学领域第三方资金充足，通常不存在博士生资助上的困难。但是哥廷根和海德堡的这两家研究生院都各自设有若干奖学金项目，主要是依靠卓越倡议的资金来发放。如哥廷根研究生院的奖学金分为以下四类：
-卓越博士生奖学金：用于奖励科研成绩优异或具有卓越潜质的在读博士生，每年6个名额，学生必须在博士学业开始的一年之内提出申请，以一年为一个资助期，最多可获得三年。
-青年研究小组奖学金：用于资助由非终身制职位的青年研究小组负责人领导的研究团队中的博士生，每年6个名额，每人最多可获得12个月。(www.xing528.com)
-过渡阶段奖学金：最多三个月的短期奖学金，用于资助博士生因各种原因遇到的资金暂时不到位的阶段，比如因现有资助到期、新的资金尚未到位而出现的资金空档期。
-学术交流旅费支持：用于资助博士生参加国际学术会议。
海德堡研究生院也有类似的奖学金安排，并另有专门的跨学科博士研究奖学金和硕博连读项目的学生在硕士阶段的资助[8]。这些奖学金项目的设置，一方面是为了鼓励竞争，体现“卓越”原则；另一方面则是弥补现有资助模式的不足，并有针对性地对特殊科研课题——如跨学科研究，或者特殊群体——如青年研究小组负责人的研究团队进行支持。
“大部分学生拿的是第三方资金的岗位资助。我们这个奖学金（卓越博士生奖学金）其实是一种奖励，比一般的奖学金要高300欧元左右，因而是非常有吸引力的。这是一种奖励，可以作为一项荣誉写进自己的简历……另外就是青年研究小组奖学金，这个是针对青年研究小组负责人的，他们面临很多困难，因为学术生涯刚刚起步，还没有什么名气，可能只有一两个助手职位。但是他们很有想法，所以我们就有这个奖学金，每年8个左右，专门配给助理教授或者青年研究小组负责人，让他们也能够多几个博士生助手。这个奖学金还是很受欢迎的，很多人申请，当然我们也会控制一下，看看这个岗位是不是稳定，这个研究团队是不是可以长期存在。”
——哥廷根研究生院负责人
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