在自然科学领域，由于研究团队的不断分化，博士研究生分布在具体的研究项目和研究团队之中，博士生实际指导人通常都是其所在实验室或者团队的负责人，“以项目带培养”成为主要的博士生培养模式。这些负责人不一定具有教授身份，但他们有独立的研究经费和招募研究人员的权力，被大学或研究所认定为青年研究小组负责人。由于传统上只有教授有资格任博士生导师和博士论文评阅人，青年研究小组负责人在德国大多数大学中目前还不具备正式的担任博士论文指导人和评阅人的资格，所以经常会出现实际导师跟名义上的博导不符的情况——博士生“挂靠”在一位具有指导资格的教授名下，最后论文评定和答辩由这位教授负责，但日常科研中博士生却跟这位名义上的导师没有直接或密切的联系，这就带来了博士生培养中权责不明的情况。但是在一些人事制度改革走在前列的大学，通过修改博士考试条例，青年研究小组负责人也被赋予了担任博士论文指导人和评阅人的资格，在哥廷根和海德堡就是这样。
哥廷根大学和海德堡大学在2008年前后对一些院系的博士考试章程进行了修订。在自然科学的相关院系，青年研究小组负责人达到特定要求如拥有独立研究经费、独立领导研究团队等，就有了博士生指导权，可以作为评阅人评审博士论文，主持博士答辩。所以在这两所生命科学研究生院中，导师对于博士生的指导有了权责明确的制度约束。博士生导师是博士生所在团队的负责人，是博士生的科研指导人、经费提供者，也是博士论文的评阅人。也就是说，从日常科研指导到论文评阅和主持答辩，全部都是由博士研究生的“实际导师”主导，指导责任清晰。在这个基础之上，研究生院的制度框架则发挥了某种协议式的约束力，导师加入研究生院需要提交申请，作为研究生院的成员须履行研究生院规定的指导义务并保证能够提供博士科研岗位，按照研究生院的规定控制培养时间，做好中间环节的考核，等等。(www.xing528.com)
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