德国的结构化博士生培养涉及多种不同的组织形式，单从名称上看，有研究训练小组（Graduiertenkollegs）、研究生院（Graduiertenschulen）、博士院（Promotionskollegs）、研究院（Forschungsschulen）、博士中心（Promotionszentrum）等等，看似纷繁复杂。但从组织结构和功能出发，这些不同的项目和组织形式可以分为以下三种基本类别。
1.结构化博士生培养项目
结构化博士生培养项目是在一个具体的研究主题或研究方向上，以较小的组织规模进行结构化博士生培养的组织形式，其组织名称通常为Graduiertenkolleg、Promotionskolleg、Promotionsstudiengang、doctoral program等。德国科研基金会的研究训练小组就是这一类培养项目的代表。在研究方向上，这类项目通常聚焦于一个具体的研究课题或者一个研究领域，并且以跨学科的研究课题为主，人员规模相对较小，如科研基金会的研究训练小组通常只包括10名左右的教授与15名左右的博士研究生。结构化的培养项目并不是固定的组织安排，根据项目资助期限或者研究课题的结束而中止。目前，德国大多数结构化博士生培养项目都是依靠第三方资金支持建立的。
2.学科研究生院
学科研究生院是基于一个学科或较大的研究领域建立的博士生培养的固定组织框架，其名称通常是Graduiertenschulen、Forschungsschulen、Promotionszentrum等。“卓越倡议”所资助的研究生院大多属于学科研究生院。学科研究生院的规模比较大，通常有数十名甚至上百名教师和博士研究生，并设有专门的行政人员岗位。从知识范围上看，学科研究生院往往涉及一个大的学科或者研究领域并特别强调跨学科的研究。在博士生培养上，研究生院有系统的制度安排，比如有固定的招生委员会，对培养过程做出程序性的规定，提供丰富的课程安排，设立奖学金和其他支持性措施，等等。学科研究生院通常是一个稳定的组织框架，并且作为一个“屋顶式”结构，可以包含若干个具体的结构化培养项目，这些结构化的项目可能根据资助和研究方向的改变而中止或调整，但研究生院的框架是基本稳定的。(www.xing528.com)
3.学校研究生院
学校研究生院是大学在学校层面建立的对全校博士研究生提供组织支持的机构形式。学校研究生院不直接参与博士研究生的专业培养，目前也没有权力对博士教育的相关问题做出制度性规约。学校研究生院的建立可以看作德国大学在战略层面强化青年学术人员培养的一个举措，其主要功能是，一方面在学校或者跨院系的层面对博士研究生培养发挥信息整合、咨询服务、质量监督、辅助培训、博士生资助等支持性功能，其服务对象包括所有博士生；另一方面，学校研究生院还能够将学校现有的不同学科、专业的各种结构化博士生培养项目以及研究生院作为“合作项目”或者“成员项目”整合在自己的组织框架之下，使学校的结构化博士教育以一个整体面貌呈现，对于提升学校博士教育的影响力，吸引国内外优秀学生具有积极意义。
在同一所大学之中，以上三种不同类型、不同规模的组织结构往往互相合作，构成一个多层次的立体结构。各个学校结构化的博士教育实践因而有了相对清晰的制度框架。在这个结构框架之内，博士生能够从学校、学科和专业各个层面获得一定的组织支持，博士教育因而也能够自上而下贯彻一套相互连贯的培养目标、制度安排和质量保障措施，形成了一种与传统的自由读博的师徒制模式有所不同的博士教育新模式。
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