除了德国科研基金会之外，从2000年开始，越来越多的州、专业学会、研究机构、公共和私人基金会开始建立和资助各种形式的研究生院、博士生院，实施结构化的博士生培养。
1.州政府项目
在下萨克森州，自2000年起，州政府科学与文化部启动了“下萨克森博士项目”（Niedersächsisches Promotionsprogramm），其主旨在于将博士生培养与各高校的科研优势、重点学科相结合，进一步促进研究生教育的结构化发展，促进博士教育的跨学科和国际化，实现科学卓越，对博士生提供更密集的指导，缩短其学业年限。在这个支持项目中，部分博士研究生可以获得每月1400欧元、一共3年的奖学金。该项目以4年为一个周期，2019年全州共有23个博士项目获得资助。[48]
在北莱茵-威斯特法伦州，创新与科研部在2001年建立了“北莱茵-威斯特法伦国际研究院”项目，在各大学的优势学科和研究领域以研究院的形式推进跨学科和结构化的博士生培养。2014年，项目更名为“北莱茵-威斯特法伦博士研究小组”（NRW-Forschungkollegs），共有12个项目入选。每个入选小组都聚焦于一个具有重大现实意义的跨学科研究主题，例如“鲁尔区全球水资源研究”、“社区能源可持续系统”、“难民移民给德国医疗保健体系带来的挑战和机遇”等。每个小组由若干教授和10～15名博士生组成，可以在四年半的资助期内获得共计272万欧元经费。入选研究院的博士生均可获得三年到三年半的全额奖学金资助。2018年，全部项目都通过了外部评估，将继续获得州政府三年半资助。[49]
在巴伐利亚州，州政府科学、研究和艺术部在2002年启动了“巴伐利亚精英网络”（Elitenetzwerk Bayern）支持计划。这一支持计划针对高校从本科到博士后的各个学业阶段，面向优秀人才分别提供专门的资助项目，其中就包括“博士生院”（Doktorandenkollegs）项目。每个博士生院都有特定的研究主题，对标国际水准的科研训练，为博士生提供结构化的培养内容，包括知识和技能的课程训练。同时，博士生院也重视跨高校和跨机构的合作，强调提高国际学生比例，在限定时间内对博士生进行密集的科研训练。自2002年启动以来，巴伐利亚州先后资助了18个博士生院项目，包括目前进行中的7个项目，涉及自然科学、工程科学、人文科学和社会科学四大领域。[50]
2.德意志学术交流中心项目
2001年，德意志学术交流中心与德国科研基金会合作，启动了“国际博士项目”（Internationalen Promotions-Programmen，简称IPP），这个项目的宗旨是以更加明晰、有效、密集的培养程序和培养内容吸引国内和国际优秀博士研究生，实施结构化博士教育。德国联邦教育科研部（BMBF）为此项目拨发的资金大约为每年600万欧元。与其他项目不同的是，德意志学术交流中心并不为博士生直接提供奖学金，而是在人事协调、德语课程、学生服务、招生、项目宣传、访问学者计划、研讨会以及博士生出国访问学习等方面提供资助，至2009年，德国共有国际博士项目50个。
2010年，德意志学术交流中心对结构化博士项目支持计划进行了改革和细化，确立了“德国大学博士生教育的国际化”（Internationalisierung der Doktorandenausbildung an deutschen Hochschulen）和“跨国博士网络”（Bi-nationale Promotionsnetzwerke）两个子项目，前者与原有的国际博士项目类似，而后者则着重支持跨国的博士联合培养或“三明治”项目。[51]
3.科研机构的结构化博士教育项目(www.xing528.com)
如第二章所述，虽然德国只有大学才有博士学位授予权，但在博士研究生的培养上，大学之外的科研院所特别是马克斯-普朗克学会、亥姆霍兹国家研究中心联合会、弗劳恩霍夫学会和莱布尼兹联合会这四大学会下属的研究所也发挥着不可或缺的重要作用。其中，马克斯-普朗克学会、亥姆霍兹国家研究中心联合会以及莱布尼兹联合会自2000年以来也启动了各自的结构化博士教育项目。
马克斯-普朗克学会的“国际马克斯-普朗克研究院”（International Max Planck Research Schools，简称IMPRS）项目创建于2000年，至2019年共已有67个。每一个研究院由一个或多个马克斯-普朗克研究所建立并与相关大学密切合作，有完整的培养理念和培养程序，面向博士生开设课程，建立并实施论文指导委员会、实验室轮转、软技能培训以及学术交流支持等制度。[52]
亥姆霍兹国家研究中心联合会在2006年前后建立了两个层次的结构化博士教育项目，分别是亥姆霍兹研究训练小组（Helmholtz-Kollegs）和亥姆霍兹研究生院（Helmholtz-Graduiertenschulen）。亥姆霍兹研究训练小组是聚焦于特定研究主题的博士生培养项目，模式与德国科研基金会的研究训练小组极为相似，每个小组的博士生不超过25人。而亥姆霍兹研究生院则是更加上位的组织形式，基于较大的研究领域或者跨多个学科，在更广泛的学术领域中对博士研究生进行知识和科研训练，而且可以整合、协同多个研究训练小组。至2019年初，亥姆霍兹国家研究中心联合会共建立13个研究生院。[53]
同样在2006年，莱布尼兹联合会启动了莱布尼兹研究生院（Leibniz Graduate Schools）项目。这些研究生院由莱布尼兹联合会的研究机构与大学合作建立，同样以三年为基本的学业年限，在结构化的项目中对博士研究生进行密集的指导，强调跨结构、跨国和跨学科的合作。所有研究生院分为人文教育、社会科学、生命科学、自然与工程科学四个领域并特别强调与社会紧密联系的应用性研究，其主题包括老龄化问题、继续教育、媒体文化、德国和欧洲的财政联邦制度、欧盟新成员国农业发展问题、传染病模型系统等。目前已经建立的莱布尼兹研究生院数量为18所。[54]
4.其他结构化博士教育项目
除了上述项目，德国的一些公共或私人基金会如汉斯-伯克勒基金会（Hans-Böckler-Stiftung）、海因里希-伯尔基金会（Heinrich-Böll-Stiftung）、康拉德-阿登纳基金会（Konrad-Adenauer-Stiftung）等都独立资助或参与资助了结构化的博士生培养项目。
此外，在德国科研基金会、各类公共或私人基金会等科研资助机构以立项和第三方资助的方式建立结构化博士项目的同时，在2000年前后，德国出现了一些由学术人员自发成立的专门博士教育项目或类似研究生院的组织结构，如波恩大学、曼海姆大学的经济学研究生院，以及吉森大学的文化学研究生中心等。这些项目或组织机构并非专为申请某项资助而设，而是由相关学科的教授自发建立，有各自独特的组织目标和形式，建立之后再寻求合适的第三方资金支持。
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