1995年，德国科学审议会针对博士生培养发布了新的政策建议——《博士研究生培养与支持的结构化建议》。在这份建议中，科学审议会提出了对博士生培养进行全面结构化改革的建议。
针对博士生培养中存在的问题，科学审议会认为，应当对博士生培养和博士生支持进行新的设计和结构化。“结构化”并不意味着要增加新的控制和行政手段，也继续认可高校在博士生培养中的主要责任以及个人指导所具有的中心意义——这种指导关系也应该继续作为一个基础性的结构因素保留。在此基础上，必须在组织和内容上设置适当的措施，使对学术后备力量的培养更加透明、有效率并提高质量。[39]
具体而言，科学审议会提出博士生培养的改革要实现下列目标：
-改善博士生培养的质量和效率，降低博士毕业生平均年龄，将博士学业的时间限制在一个适当的范围之内；
-保障和强化大学在博士研究生培养的组织和质量保障中的机构责任；
-尽量减少和避免博士生参与与博士学业和研究无关甚至有阻碍的工作；
-更加清楚地明确博士阶段是一个自主的资格进阶阶段；
-支持以提高博士生培养质量为目标的结构化的教学项目的发展，强化博士生指导；
-提高博士生的国际流动性，使博士生培养的结构更好地应对国际需求。[40]
为了实现这些目标，科学审议会给出了若干具体建议，包括：
-将博士学业的时间限制在三年内；(www.xing528.com)
-一个学习阶段应该成为博士生培养的基本安排，在两年的时间内针对博士生安排每周2～4课时的学习项目或学术活动，而这样一个学习阶段的安排应当得到制度上的保障，比如将针对博士生的教学活动纳入教授工作量范围之内，并从物质和人力上提供支持，同时，博士生所承担的教学任务不应多于每周2课时；
-在学院的层面强化博士生培养的质量保障，学院应当明确定义博士生培养的目标，落实院长在博士生培养支持上的责任，在学院的教育工作报告中应当加入博士生培养的内容以及对博士教学项目进行定期评估；
-博士生应当被赋予统一的身份，所有博士生都应当在博士学业开始之时在大学正式注册。[41]
在这些基本建议基础之上，科学审议会又分别对不同的博士生群体——学术助理、奖学金学生以及女博士生提出了不同的支持建议。
在科学审议会提出这份建议之后的第二年，也就是1996年6月，德国高校校长联席会议在柏林召开第179次全体会议，会议议题即德国的博士生培养问题。在会议决议中，高校校长联席会议阐述了德国博士生培养存在的问题，并从四个方面给出了改革建议：
首先，明确博士生培养目标和学业时间。博士生培养的目标在于“使博士生获得独立进行原创性科学研究的能力，让他们在未来能够胜任学术界以及社会其他领域的专业性工作”。博士学业的时间应该以三年为标准进行设定。
其次，研究训练小组作为解决博士生培养结构性问题的一种模式，应当继续得到支持和推广。
再次，为确保博士生培养的质量，应当通过制度性规定给予博士生明确的身份。博士生应当作为大学的正式成员使用大学的所有资源，大学也应当明确对于博士生培养的机构责任。博士生的招收应当进行程序化的规定，院系层面应当设立招生委员会对博士生的资格进行把关。
最后，高校校长联席会议提出了在研究训练小组的基础上建立“博士项目中心”（Centres for doctoral programmes/Doktorandenkollegs）的建议。博士项目中心是对研究训练小组结构优势的进一步扩展。根据研究领域的实际情况，一个学院可以包含多个博士项目中心，也可以多个学院共建一个博士项目中心，作为本领域博士研究生培养的基本组织框架。在工作关系上，中心的负责人应当向所涉及的学院的院长汇报。博士项目中心应当在博士生招收、博士生注册、博士生指导的保障等方面设立统一的程序或指导规定。在博士项目中心的框架下，设立具体的博士生培养项目，可以包括博士课程、工作坊、暑期学校等多种形式的培养内容。[42]
总之，在20世纪80年代的政策讨论和改革实践基础上，90年代的政策讨论正式提出了对博士教育进行全面的结构化改革，不仅是以局部的结构化项目为组织载体进行结构化培养，而且是通过推进整体的制度改革，从博士生的身份、博士学业安排和时间约束等几个方面进行制度化的规定，使博士教育在整体上成为一个系统的、有组织的学业过程。“博士项目中心”的建议在博士生培养的具体组织形式上又向前推进了一步。
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