进入21世纪，面对全球化压力下激烈的科研和人才竞争，德国高等教育改革继续在探索中前行。在各项改革计划中，“博洛尼亚进程”（Bologna Process）和“卓越倡议”（Exzellenzinitiative）被认为是彻底改变德国高等教育面貌和大学发展模式的两项重大改革。
1.博洛尼亚进程
德国国内长久以来对于学制改革的诉求，在世纪之交与欧洲各国改革高校学业结构、提高高等教育质量以及实现欧洲高等教育一体化的愿景汇合。1999年，德国签署《索邦宣言》，加入博洛尼亚进程，开始全面改革高等教育学制。博洛尼亚进程涵盖包括德国在内的40多个欧洲国家，其核心目标是建立一个统一的欧洲高等教育区，具体措施包括在各国建立统一且可比较的“学士-硕士-博士”三级学位制度，引入“欧洲学分互认体系”（ECTS）及模块化教学，强化质量控制、提高高校毕业生就业能力，促进教师和学生的国际交流等。德国是受博洛尼亚进程影响最大的国家之一，到2018/2019学年，德国高校已经有92%的招生项目改为“学士-硕士”新学制，标志着历时20年的学制改革基本完成[53]。
博洛尼亚进程深刻地改变了德国高等教育特别是德国大学的格局。首先，新学制进一步强化了大学教学和人才培养的功能，尤其是把三到四年的本科学习阶段独立区分出来，确定其“通识知识、方法技能以及职业资质”的教育目标，教学与科研这两项对于德国传统大学模式而言应该是天然统一的任务在当今大学普通教育的层次中分道扬镳。其次，在德国大学原本的组织体系下，新改革强化了教学的重要性，而模块化、技术化的教学工作安排大大加重了大学教师的教学负担。最后，新学制推行之后，德国大学与高等专科学校在授予文凭方面的差别缩小，这变相提高了高等专科学校毕业文凭的含金量[54]。大学定位于研究型人才的培养特色不再突出，德国高校在结构上与国际模式全面接轨，博士教育作为高等教育第三层次的特征逐步凸显和清晰。
2.卓越倡议
2004年，时任德国联邦教育科研部部长的布尔曼（Bulmann）提出了在德国打造若干所“哈佛大学式的精英大学”的倡议，希望以此重塑德国大学的辉煌，提升德国大学在世界高等教育和科研竞争中的影响力，在世界范围内吸引优秀人才。经过一年多的争论和博弈，2005年6月，这一宏伟计划改头换面以“卓越倡议”（Exzellenzinitiative）之名正式启动。(www.xing528.com)
卓越倡议的全称是“联邦与州促进德国高校科学研究的卓越倡议”。与布尔曼最初打造若干所精英大学的计划不同，卓越倡议是一项包括三个层次的大范围资助计划，其核心目标被归纳为“持续加强德国的科研实力，提高国际竞争力以及突出大学和科研领域的顶尖优势”。这一倡议资助的三个层次分别是以支持学术后备力量为目标的研究生院、以支持顶尖科研领域和科研团队为目标的“卓越集群”和以扩展大学整体科研优势为目标的“未来构想”。[55]2006年到2017年底，卓越计划共实施两轮评选和资助，产生了14所“未来构想”精英大学，43个卓越集群和45个研究生院。各州政府和联邦政府按照3∶1的比例共计投入46亿欧元。
2016年6月，联邦政府和各州政府就卓越倡议的后续计划达成一致，卓越倡议升级为“卓越战略”（Exzellenzstrategy）。各州政府和联邦政府还是按照3∶1的比例，每年投入约5.33亿欧元，为11所精英大学和50个卓越集群提供资助，7年为一个资助周期，2025年将对入选的项目和高校进行评估。至2019年，卓越战略首期评选已经结束，亚琛工业大学、慕尼黑大学、慕尼黑工业大学、汉堡大学、康斯坦斯大学、德累斯顿工业大学、图宾根大学、波恩大学、海德堡大学、卡鲁理工学院以及柏林大学联盟成为新入选的精英大学。[56]
卓越倡议对于德国高等教育系统格局影响深远。尽管20世纪70年代以来德国高等教育系统在机构类型和学业层次上都进行了分化，但是对大学而言，中世纪以来就形成的均衡发展、去中心化的系统格局一直没有发生实质性改变。20世纪80年代以来，德国大学已经过度拥挤不堪重负，科研投入也得不到充足的保障，在各类世界大学排行榜中，鲜有德国大学能够进入前列，与昔日的荣光形成鲜明对比。事实上，20世纪80年代德国高等教育和科研政策的讨论中就已经提出，高等教育系统应该在大学和高等专科学校两种机构类型的区分之外以声誉和质量为考量标准进行进一步的分化。[57]而且，因为地区间社会经济发展的不平衡，德国不同大学在学术资源、教学质量和声誉方面已显现出很大差异。但是直至2005年卓越倡议启动，德国才正式从政策层面上放弃了高校均衡发展的历史传统，开始以国家战略的形式通过竞争性评估和重点资助推动高校差异化发展，打造德国的“世界一流大学”。
总之，进入21世纪，背负洪堡传统的德国大学在争议和艰难的尝试中逐渐融入高等教育和科研竞争的全球化潮流。博洛尼亚进程将德国的高等教育改革纳入欧洲高等教育和科研一体化的进程当中，并与美英代表的盎格鲁-萨克森体系接轨。而卓越倡议昭示着德国主动打破高校均衡发展的历史传统，进入创建“世界一流大学”的赛道。追求卓越、鼓励竞争、强化质量、差异化发展和全面国际化成为当今德国大学发展的核心目标。
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