德国当代博士教育的基本模式是在19世纪初建立的现代大学模式的基础上形成的。1810年建立的柏林大学代表了一种全新的大学模式，在“为科学而科学”的理念指导下，科学研究成为大学的核心任务，这也是现代研究型大学的本质特征。而“教学与科研相统一”的原则阐释了大学教学与科研工作的关系，教师的教学不再是机械的知识传授，学生的学习也不再是被动地接受知识，而是由教师引导学生从事科学研究，其核心还是落在研究上，[1]所以科研训练成为大学培养人才的基本方式。
19世纪初的德国受到启蒙运动洗礼和新人文主义浸染，新的大学观念也因而被赋予鲜明的理想主义和人文主义色彩，这体现在洪堡式的科学理念所隐含的知识观念上。洪堡强调“以科学达致修养”（Bildung durch Wissenschaft），从事科学探索的最终目的是实现精神道德上的修养。真正的科学不是狭义的经验主义或功利主义的科学，也不是专业化的科学，而是一种思辨的心智活动和体验，科学应该是统一于哲学的，指向“普遍意义”并具有道德意义和人文关怀。有研究者用这样一段描述来解释19世纪德国大学的科学观：
“对于洪堡和他的同仁而言，自然科学的研究及其创造性的实践应该在大学中展开，通过全面修养的培育和系统的研究创造一个和谐、互补的整体。这样的研究事业可以是实验室里的实验，可以是大自然中的探索，可以是采集性的工作，也可以是矿产开采或者文化史的发掘，可以是文献档案中的钻研，可以是实验性语言研究，也可以是对用所有语言写出的文学的研究和批判。重要的是，这些研究能够拓宽现有的知识、发现重要的新知并对错误进行校准。所有创新性的思考都应得到支持，只要能够将可重复、可验证的事实进行传播、促进和系统化的整理，将其汇集到意义深远的理论之中，与现有的知识融合，创建关于“普遍关系”的新的、更深刻的理解。”[2]
波迪尔森（Bertilsson）将这种科学观和知识观描述为一种“过分”的理想主义——大学不仅要实现教学与科研的统一，也要实现经验科学与哲学的统一，以及科学与修养、科学与启蒙的统一。[3]
19世纪初，现代科学刚刚起步，科学研究的专门化程度还比较低，这样一种知识水平与德国大学所倡导的“统一的科学观”在某种程度上是相符合的。德国大学的各个学科都很看重专业知识的广泛程度，反对过分的专门化和分化，蔑视所谓“专家”。[4]这种知识观也提高了教授的地位，在19世纪的德国大学中，一个学科、一个大的知识领域也通常仅有一个教授席位，教授被视为学科的代表（Fachvertreter）。如一位教授所说：
“在德国，面对（科学的）分化和专门化这一总的趋势，应和之声相对较少。对于科学的过分专门化所能带来的结果，人们不无道理地抱一种怀疑态度；而主张科学相互关联的观念在研究和教学中更受重视。因此，德国学者在一般的期待中，应当能够驾驭至少熟谙某一大的学科领域。”[5](www.xing528.com)
尽管在理念上洪堡式的大学观反对知识的分化和专门化，强调人文主义理想，但是“为科学而科学”以及“教学与科研相统一”的原则却在19世纪中后期与现代科学知识的迅速发展、扩张和分化紧密结合在一起。大学教授们在一个宽广的哲学院中的学术兴趣逐渐开始由现代科学的工具——学科所塑造和规划，学科专门化逐渐形成了自己的动力——聚焦的科研不断产生新的成果，提供了大量的认知材料，这些材料通过教学进行传播，教学继而推进研究，产生更多专门化的知识。[6]洪堡原则的人文主义光辉被忽略了，其对科研的强调成为大学推进学科专门化的注解。而德国大学19世纪后半期所获得的世界性声誉正是来自其在高度专门化的科学和学术研究方面的成就。[7]
在上述知识观和知识特征之上，19世纪的德国大学也确立了特定的科研组织形式和制度来支持新的大学原则的贯彻，促进了科研的发展和现代学术系统的形成。研讨班（Seminar）、实验室、研究所成为德国大学学术活动的基本组织，而教席制构成了德国现代大学的组织内核。
事实上，早在19世纪之前，教席制和研讨班在大学中就已经存在。但是在科学研究成为大学的核心任务之后，这些原有的制度被赋予了新的功能，教席成为科学研究的基本组织单位，研讨课成为师生共同进行科学探讨的场所。19世纪中期，实验室和研究所在大学中的建立迎合了现代科学研究迅速发展和不断专门化的需求，以教席为中心，教授及其助手、学生在实验室或者研究所中潜心于研究，为科学研究和科研人才的训练提供了制度化的场域。伯顿·克拉克将德国大学的实验室比喻为文艺复兴时期艺术家的画室——“徒弟们通过跟随师傅学习实际技能而找到进入科学行会的途径”[8]。这些处于德国大学组织基层的研讨班、实验室和研究所以其活跃的科研活动吸引了优秀的学生和研究者，为科学研究和科研训练提供了理想的场所。
另一方面，围绕教席形成的这种新型的研究单元也进一步强化了19世纪以来的“教授大学”（Ordinarienuniversität）的组织形式和教授阶层的学术垄断地位。在19世纪新的大学理念看来，大学的组织应当对应科学世界的结构，科学世界的不同领域由不同的学院（Fakultäten）来代表，而教席教授则是具体专业的代表[9]。教授成为科研的直接组织者之后，其权力和权威都进一步提高，教授可以越过学院和大学的组织界限直接从政府获得拨款，并随着知识的分化和科研的需求拥有越来越多的助手，进一步强化了这种基层组织结构在德国学术系统中的重要性。因而在德国“既没有发展出一个强有力的学校管理，也没有一个强势的院系结构”[10]，从而形成了德国大学直至今日依然保留的一种“基层厚重”[11]的基本面貌。在研究所和实验室中，教授以绝对的权威独立负责包括科研、教学、人事、财务在内的一切事务，拥有很多助手，每一个基层单元都形成一种金字塔式的组织结构。
德国现代博士教育的基本模式就是在上述知识基础和组织基础上形成的。首先，19世纪建立的新型大学以科学研究为根本任务，坚持教学与科研相统一的原则，使大学成为研究训练的场所。现代学科的知识体系逐渐在大学中形成，以教席为核心，研讨班、研究所和实验室构成了科研训练的基本单元。在每一个具体的单元中，学生在教授的指导下参与科研，学习本学科的知识、技能和方法，从而形成了现代博士教育的基本形态。
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