1276年六月，阿里海牙从陆路遣将进攻广州。宋广东经略使徐直谅得驿报，知道元兵已经攻陷临安，宋恭帝投降，而且临近的江西、湖南皆归附元朝，也准备不再抵抗，于是派部将梁雄飞前往江西隆兴（今江西南昌）与元军接洽归降事宜。之后湖南归降元朝的官员也派广东人曾仕倬与将校杨尹来通知徐直谅，告知湖南南宋官员已经与江西元军商定归降事宜，要求广东派水军统领唐渊率军去韶关迎接蒙古军进入岭南，元朝平定南方的统帅阿里海牙与南宋叛将吕师夔派黄世杰、梁雄飞率领元军来广州受降。就在准备受降之时，徐直谅又听到从临安逃出的宋端宗在福建继位继续抗元的消息，立刻决定响应抗元，派人杀了曾仕倬与将校杨尹沉在珠江之中，又派出广东负责司法的官员提刑李性道率领摧锋军[1]将领黄俊、陈实，水军将领谢贤，领军在石门阻击黄世杰与梁雄飞带领的受降元军。但是李性道恐惧不敢出战，仅黄俊部接战，余部畏缩不前，摧锋军最终战败退回广州，徐直谅逃出广州。黄世杰等攻陷广州后招降授予李性道、陈实、谢贤、唐渊官职，只有黄俊拒不投降，叛宋的广州诸将杀害黄俊于摧锋寨佛殿下。
1276年九月，阿里海牙再命元将阿楼罕、达春等分道率军攻入闽、广地区。阿楼罕、董文炳及蒙固岱、索多率水师从宁波出发南征；达春及吕师夔、李恒等率领骑兵从江西出发南征。
十月，吕师夔等将率军越过梅岭攻陷韶州。东莞人熊飞奉元将黄世杰的命令镇守蒙古军占领的潮州、惠州，当得知南宋沿江制置使赵溍领一军进入岭南抗战后，立刻起兵响应，合兵进攻守卫韶州的梁雄飞，梁雄飞弃城逃跑，熊飞光复韶州。熊飞领军与南宋新会令曾逢龙会合到达广州城下，已经降元守卫广州的李性道不知情况出城迎接，熊飞与曾逢龙在城下擒李性道就地将其处死。熊飞等宋将光复广州后十日，南宋制置使赵溍及转运副使赵淇至，数日后安抚使方兴至，众人捕获叛将陈实、谢贤斩之，广州叛将只有唐渊逃走。南宋叛将吕师夔、河北汉人世侯张荣实率领元军再次进入梅岭，据守广州的宋将赵溍派曾逢龙、熊飞北上南雄阻击，曾逢龙战死，熊飞撤回南雄据守，南雄守将刘自立开城投降，熊飞率兵与元军巷战，兵败投水而死。
1276年十二月，南宋泉州市舶司蒲寿庚降元后，宋端宗赵昰及流亡政府转移到潮州沿海。南宋广南东路经略使刘应龙，自福州引导船队到达广州港口，宋端宗赵昰准备进入广州据守，但受到广州外围元兵的阻击，只好又退回大海，驻扎秀山（今广东虎门），山上有民万余家，择富室为殿居之。同月，南宋英德守臣陈弥坚、徐梦得等亦降。
十二月，吕师夔率军进攻广州，赵溍、方兴委派南海人赵若冈领兵抵抗，后赵溍、方兴逃亡，赵若冈与广东地方军忠勇军将领陈勇开城投降，当晚陈勇被部下士兵刺杀。吕师夔任命赵若冈为南恩州（今广东阳江）知州，但方兴正在南恩招兵抗元，赵若冈不敢入南恩州。流亡政府转移到陆丰甲子门海面。
1277年正月，元朝行都元帅府进驻广东，南宋循州（今广东龙川县）知州刘兴献城降元，梅州知州钱荣之以城降。流亡政府的船队再次来到广州附近海面，这时咸淳七年（1271年）辛未科状元南海伦教人龙图阁待制张镇孙被罢官闲居在家，和番禺县东圃宦溪乡（今广州天河区宦溪村）人都统进士凌震集结乡兵筹划收复被元军占领的广州。宋端宗任命张镇孙为广东制置使兼经略安抚使，凌震、王道夫在张镇孙率领下分两路进攻广州，镇守广州的元军将领吕师夔因军饷不继先自退走，宋军收复广州。留守广州的南宋转运使姚良臣想迎接宋帝入广州，然而，元兵虽退出广州但仍占领广州港阻击宋军靠岸，宋帝依旧无法进入广州。元将易正文进攻梅州，梅州籍进士佥判蔡蒙吉领义兵守卫梅州战死，惠州知州文璧降元。
1277年二月，南恩州知州陈尧道、佥判林叔虎开城降元。流亡政府的船队停泊在梅蔚（即梅窝，今香港大屿山东南）。
三月，文天祥率领一支南宋军队攻占梅州。广东肇庆府新封等州均降元。
四月，流亡政府的船队停靠官富场（宋朝官办盐场，在今香港九龙东）。文天祥引兵从梅州攻入江西。
五月，张世杰率南宋水军占领潮州。
六月，流亡政府的船队停靠古塔（不确定今日具体地点）。
1277年八月，文天祥率军收复赣南数县，围攻赣州，赵璠、张虎、张唐、熊桂、刘斗元、吴希奭、陈子全、王梦应在潭州（今湖南长沙）、邵州、永州等地起兵响应，克复数县，抚州何时等人也起兵响应文天祥。元军江南西路宣慰使李恒派出一支军队入援赣州，而自己率兵在兴国进攻文天祥的据点。文天祥没有预料到李恒人马突然攻至兴国，率兵撤退想与在永丰抗元的邹洬部队会合。但是邹洬的军队在之前刚被元军击溃，李恒穷追文天祥至方石岭，宋将巩信坚守拒战，身中数箭战死，文天祥率部到达空坑，所部被元兵打散，文天祥的妻子及幕僚客将皆被俘。文天祥的部下南宋宗室赵时赏冒名顶替文天祥被俘，文天祥因此得以逃脱，与邹洬、杜浒率残部撤入循州。
九月，流亡政府的船队迁到潮州之浅湾（今广东澄海）。蒙古大汗元世祖命令元将达春与吕师夔、李恒等率步兵过南岭平定岭南，命令蒙固岱、索多、蒲寿庚及元帅刘深（蒙古汉军将领左副都元帅）等率领水军下海追击南宋二王和流亡政府。张世杰从潮州发水军攻打泉州，蒲寿庚求救于索多，张世杰再次退还潮州浅湾。
十月，元将索多攻打潮州，潮州本地将领马发率领潮州军民守城抵抗，元将索多无法攻克转攻惠州。元将达春等进至潮阳，宋都统陈懿等兄弟五人率畲兵7000人降元。
1277年十一月，元将索多在惠州与吕师夔合军进攻广州，张镇孙为免屠城而投降，被押解回元大都，途中在大庾岭自尽殉节。(www.xing528.com)
1277年十一月至十二月底，南宋军队与元军展开为期一个多月的十字门海战。
元将刘深率蒙古水军袭击潮州浅湾宋军海上基地，流亡政府南撤，由于张镇孙已降，无法再进广州，丞相陈宜中，少傅张世杰、殿前指挥使苏刘义等率领流亡政府船队经过秀山到达香山井澳（今广东珠海大横琴岛）靠岸驻扎，其间短暂上岸以马南宝宅作为临时行宫。
马南宝原汴京人，宋室南迁时其先祖曾来岭南任新会知事，举家定居于新会城，后其曾祖徙居香山沙涌村，家道富裕。宋端宗自潮州浅湾被元兵追逐，航海避敌过香山境，马南宝献粮千石以饷军，宋端宗敕奖其功，召拜权工部侍郎。此时，端宗被元军所迫，十一月陈宜中、张世杰、苏刘义奉帝进驻沙涌，以马南宝家暂作行宫。马南宝竭力保卫，守卫严密，元军并不知宋帝的行踪。数日后，元兵攻陷广州，马南宝招募潮居里（黄梁都，即今珠海斗门赤坎一带）乡民数百人勤王，献酒谓各将曰：“痛饮黄龙府在此行也！”[2]并高声歌唱岳飞《满江红》词，慷慨激昂，互相鼓励，闻者无不为之感动。
十字门是今日澳门路环岛、氹仔岛与井澳（大横琴岛）、谢女峡（小横琴岛）之间的水道，是南宋海上贸易的重要航道。流亡政府船队停靠在井澳。1277年十一月中旬元军探知宋军下落，元水师突袭井澳，试探性进攻。十一月下旬元将哈喇歹、宣抚使梁雄飞、招讨使王天禄合兵围攻香山岛（以五桂山为主体的诸岛的总称，今均为陆地）南端的濠镜澳（今澳门）。宋军大败，被夺去大批战船和军资器械，张世杰的战舰印符也被夺走，卢茂等官员被俘。陈宜中、张世杰带领数千官兵和800艘战船突围而出，急护宋端宗北逃至秀山，在中流遇大风覆舟，大量军士溺死海中。张世杰又退回井澳，十二月初飓风吹袭十字门，无数船只翻沉，将年幼体弱的宋端宗卷入海浪中，年逾七十的大臣江万载扑入狂风巨浪中奋力将遇溺的宋端宗救起，自己却不幸被海浪卷走。宋端宗虽被救起，但从此一病不起。十二月中，元将刘深再次袭击井澳，宋端宗转移到谢女峡，宋师顺风放火反攻击退元军。十二月下旬刘深重整队伍再攻谢女峡，两军在海上大战，元军追至七星洋（今珠海九洲港对开之九洲洋），俘获帝舅俞如珪。
经过十字门海战后，陈宜中主张流亡占城国（今越南中南部），于是先期从陆路前往占城联络，途经吴川极浦亭时赋诗明志：
颠风吹雨过吴川，极浦亭前望远天。有路可通环屿外，无山堪并首阳巅。溪云起处潮初涨，夜月高时人未眠。异日此归须记取，平芜尽处一峰圆。
元至元十九年（1282年）元军攻取占城，陈宜中只得奔走暹罗，后成为泰国温州籍华侨先驱。
1278年二月，流亡政府从谢女峡移师碙州（湛江东南硇洲岛），张世杰遣师讨雷州，准备打通去占城的通道。元朝汉军都元帅李庭自愿将兵击张世杰，元朝广南西道宣慰司遣管军总管崔永及千户刘潭、王德用招降雷、化、高三州，封锁了张世杰准备打通的雷州的陆上通道。
1278年二月，元朝将领索多领军进攻潮州，守将马发修筑了完备的防御工事，索多下令填平护城壕沟，建造云梯、鹅车[3]，日夜急攻，马发派人焚烧云梯、鹅车，殊死抵抗，元军20多天也未能攻陷潮州。之后元军封官重赏之下强攻，终于击溃宋军，潮州沦陷，马发战死。
三月，文天祥得知弟弟及母亲都在惠州，于是攻取惠州，又收兵出海丰县，驻扎在丽江浦（今广东海丰县南）。此时元朝中央发生变乱，驻守广州的元军主力北撤，南宋广州都统凌震与转运判官王道夫乘虚进攻，再次收复广州。
四月，宋端宗赵昰病逝于碙州，年仅10岁。端宗驾崩，追随流亡的南宋旧臣心灰意冷准备散去，陆秀夫说道：“度宗皇帝一子尚在，将焉置之，古人有一成一旅中兴者，今百官有司皆具，士卒数十万，天若未绝宋，是不可为国耶？”于是和众人共同拥立赵昰的弟弟、8岁的赵昺为帝，后世称“宋末帝”。
五月初一，赵昺即位于碙州，告祭天地宗庙，张世杰、赵溍、曾渊子、陆秀夫、苏刘义、刘鼎孙等行礼，以陆秀夫为左丞相，皇太后杨氏同听政。改元祥兴，升碙州为翔龙县，隶化州，升广州为翔龙府。
五月，张世杰派部将张应科、王用再次打通与雷州通道，元朝行中书上奏元世祖：“张世杰据碙州，攻旁郡，未易平，拟遣宣慰使史格进讨。”元世祖批准上奏，同时下诏阿里海牙统领战事。史格为河北汉人世侯史天泽之子。张应科率军连战三场都没有取得胜利，宋将王用于是投降元军。张应科收拾残军再战，战败殉国。贬官雷州的南宋官员曾渊子据守雷州，元将史格派人招降未果，大军强攻，雷州沦陷，曾渊子不敌撤往碙州，被委任为参知政事、广西宜谕使。张世杰又亲自率兵数万将雷州围困，城中绝粮，元将史格通过水道将钦、廉、高、化诸州的粮食运进雷州，张世杰一时无法攻破雷州于是解围而去。看到张世杰急于占领雷州以打通撤往占城的通道，蒙古大汗元世祖下诏要求史格亲自镇守雷州，以阻断张世杰率流亡政府南撤占城。
六月初一，发生了日全食。高州知州李象祖降元，茂名县尹茂名人潘惟贤拒降，不屈而战死，潘惟贤被杀后，其长子潘斗辅怒不可遏：“为臣死忠，为子死孝，实属本份。以此剑刺贼之腹，为父报仇，方可解恨。万一被贼杀死，随父地下，死而无悲。”其弟潘梅窗欲同往杀敌，潘斗辅阻止道：“你活下来以存后代。”言罢潘斗辅持剑独闯进敌营，与元兵拼杀而死。
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