古文献对于巴人起源的记载，众说纷纭，莫衷一是。一般说来，无论学术界认为巴国源于黄帝、太皞，还是认为源于丹山之巴、廪君之巴，或源于周之宗姬，事实上都是针对巴国上层统治者而言，乃指其王室族系及其地域。就古代史的实际来看，统治者与被统治者的族属可能一致，但更多的情况则是不尽一致。巴是文明古国，历代迁徙频仍，版图变易甚大，这就决定了在不同的历史时期，巴国被统治者的民族成分颇不相同的情况，而其统治者核心集团的族属则始终未变。
（一）黄帝之后
《华阳国志·巴志》记载：
《洛书》曰：人皇始出，继地皇之后，兄弟九人分理九州，人皇居中州，制八辅。华阳之壤，梁岷之域，是其一囿，囿中之国则巴、蜀矣。其分野：舆鬼、东井。其君上世未闻。五帝以来，黄帝、高阳之支庶，世为侯伯。及禹治水，命州巴、蜀，以属梁州。禹娶于涂山，辛壬癸甲而去，生子启，呱呱啼，不及视，三过其门而不入室，务在救时，今江州涂山是也，帝禹之庙铭存焉。禹会诸侯于会稽，执玉帛者万国，巴、蜀往焉……巴国远世，则黄、炎之支。
这段文字是追述巴国的远世，实际上就是追述巴国统治者即其王族的远世。巴与周同姓，故以巴为黄帝之后，这自然是有相当根据的。至于说禹娶涂山为江州之涂山，则与《左传》等先秦史籍所记载的当涂说等大相径庭，学者多以《左传》所记为是。郦道元认为：“（江州）江水北岸有涂山，南有夏禹庙、涂君祠，庙铭存焉，常璩、（庾）仲雍并言禹娶于此。余按群书，咸言禹娶在寿春当涂，不当于此也。”[13]郦说应当是正确的。根据新出土的东汉熹平二年（173年）景云碑铭文看[14]，江州的帝禹庙和涂君祠，可能与汉代所传大禹后代帝杼“帷屋甲帐”、巡狩回蜀途经江州时所建有关。据此，江州帝禹庙和涂君祠的来源当是十分古远的。
（二）太皞之后
《山海经·海内经》记载：
西南有巴国。大暤生咸鸟，咸鸟生乘釐，乘釐生后照，后照是始为巴人。
太皞是上古东方和中原地区传说中的人物，春秋时屡见记载。史称太皞风姓[15]，居陈[16]。《左传》昭公十七年记载：“大（太）皞氏以龙纪，故为龙师而龙名。”杜预注曰：“太皞，伏牺氏，风姓之祖也。有龙瑞，故以龙名官。”《吕氏春秋·孟春纪》：“其帝太皞”，高诱注云：“太皞，伏羲氏。”唐代司马贞《补三皇本纪》以及清儒吴任臣《山海经广注》、郝懿行《山海经笺疏》亦均以太皞为伏羲氏。但是，在先秦文献中，却并无将太皞与伏羲连称作为一人的说法。《易·系辞下》提到“古者包牺氏（按即伏羲）之王天下”，仅讲到伏羲观象、观法、始作八卦、作结绳网罟等，《世本》记载伏羲也是讲他作瑟、作琴、制俪皮嫁娶之礼等等[17]。在先秦古籍里，太皞是太皞，伏羲是伏羲，二者并不混同。而在编织“五神”、“五帝”的《吕氏春秋·十二纪》中，虽多次讲到太皞，却并无伏羲[18]，在西汉的《五帝德》、《帝系》和刘歆的《世经》里同样如此[19]。甚至在春秋时代及春秋以前，史籍里根本就没有伏羲。伏羲大概最早见于《庄子》，可见太皞并非伏羲[20]。况且，太皞居东方，伏羲居西方[21]，二者在地域上全无关涉，也无法把他们合二为一。
潘光旦先生采取汉代以后太皞伏羲氏的说法，据以认为巴人发源于西北地区[22]。按，《帝王世纪》说伏羲“生于雷泽，长于成纪”，司马贞《补三皇本纪》亦曰“生庖牺于成纪”，或曰伏羲生于“仇夷山”[23]。成纪在今甘肃东南部西汉水以北的成县。仇夷山疑即仇池山，在今甘肃西和县境，西距成县不远。由成县沿西汉水往东，经陕西略阳入嘉陵江，经过勉县，即是汉中，这里正是巴地的所在。而在甘肃东南的成县、武都、西和、天水、秦安等地，均发现不少历史时期主要是战国秦汉时期巴蜀文化的遗存。看来，从甘肃东南经陕西略阳到汉中，其中的一些巴蜀文化遗存应与巴人当中的某些支系有关，或许与汉中地区巴人的西迁有关，甚或与东汉末四川盆地东部渠县巴人的西迁有关[24]，所以才会产生出伏羲与巴人关系的传说。不过，从太皞伏羲氏这一称谓可以看出，巴人源于伏羲的传说当为晚出之说。但伏羲氏与巴人的关系等问题，还比较复杂，尚需深入研究。
《山海经·海内经》说“大暤生咸鸟，咸鸟生乘釐，乘釐生后照，后照是始为巴人”。咸鸟，或认为即《诗经·商颂》所谓“玄鸟”。乘釐、后照，未详。或以为乘釐即廪君，后照即楚之昭氏之后，均无确切证据。
《海内经》这段记载所说的太皞远裔的巴国，既然有其世系可以寻绎，当有所本。但所说巴国，却不当是巴国的统治者姬姓王族，而应如李学勤先生所分析的，是巴国的一部分民众[25]，是组成巴人的族群之一。(www.xing528.com)
（三）丹山之巴
《山海经·海内南经》记载：
夏后启之臣曰孟涂，是司神于巴，人请讼于孟涂之所，其衣有血者乃执之，是请生。居山上，在丹山西。丹山在丹阳南，丹阳，居［巴］属也。
孟涂，或作血涂、孟徐、孟余，均形近而讹。郝懿行《笺疏》云：“《水经注·江水》引此经作血涂，《太平御览》六百三十九卷作孟余或孟徐。”不知孰是。此段引文的最后十一字，据郝懿行《笺疏》云：“《水经注》引郭景纯云：‘丹山在丹阳，属巴。’是此经十一字乃郭注之文，郦氏节引之，写书者误作经文耳。居属又巴属字之讹。”可知乃后人将郭注羼入。依此，郭注原当作“丹阳，巴属也”，居、巴形近而讹。丹阳，郭璞注云：“今建平郡丹阳城秭归县东七里，即孟涂所居也。”郝懿行《笺疏》云：“《晋书·地理志》建平郡有秭归，无丹阳，其丹阳属丹阳郡也。”丹阳，今湖北秭归，地在西陵峡上游。《路史·后纪十三》罗苹注云：“丹山之西即孟涂之所埋也。丹山乃今巫山。”据此，丹山当在西陵峡与巫峡之间，即今渝、鄂交界的三峡峡区。
夏后启，夏代开国君主。据史籍和夏文化考古，夏的地域范围在晋南豫北，长江三峡地区不曾成为夏之统治地域，因而丹山不可能有夏启之臣。依引文意，巴为地名，孟涂为神名， “听其狱讼，为之神主”[26]。据此，孟涂当是长江三峡丹阳一带土著部落所信奉的专司诉讼之神。可见，这个巴与巴国王族的起源谈不上有丝毫联系。
（四）廪君之巴
巴王族源出廪君，此说影响较大。廪君史迹出自《世本》，此书早佚，《后汉书·巴郡南郡蛮传》引之如下：
巴郡南郡蛮，本有五姓：巴氏、樊氏、瞫氏、相氏、郑氏，皆出于武落钟离山。其山有赤黑二穴，巴氏之子生于赤穴，四姓之子皆生黑穴。未有君长，俱事鬼神。乃共掷剑于石穴，约能中者，奉以为君。巴氏子务相乃独中之，众皆叹。又令各乘土船，约能浮者，当以为君。余姓皆沉，唯务相独浮。因共立之，是为廪君。乃乘土船，从夷水至盐阳。盐水有神女，谓廪君曰：“此地广大，鱼盐所出，愿留共居。”廪君不许。盐神暮辄来取宿，旦即化为虫，与诸虫群飞，掩蔽日光，天地晦冥。积十余日，廪君伺其便，因射杀之，天乃开明。廪君于是君乎夷城。
夷水，今清江，古又称盐水。武落钟离山，即《水经·夷水注》的佷山，在今湖北长阳境。
《后汉书·巴郡南郡蛮传》李贤注引《世本》曰：“廪君之先，故出巫诞也。”巫为地名，诞为族名，巫诞即巫地诞人。诞人属于百濮民族系统，故廪君族属，实为濮人。
廪君是组成巴人的主体族群之一。有的学者认为廪君是巴国的统治者，但是在《华阳国志·巴志》这篇专门记载巴国及其史事的历史文献中，对于廪君却只字未提，这已经充分说明了廪君并非巴国王族这一史实。不过，虽然廪君与巴王族无关，但廪君蛮却是巴国的国民之一部，是活动于巴地的众多族群中很有影响的一支，这也是不可否认的事实。
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