针对文化研究简单化、公式化的偏颇，钱穆提出了一整套符合历史事实，又具有辩证逻辑的研究方法，重点强调了文化的复杂性、完整性、发展性。
第一，注意文化的复杂性。钱穆指出，研究文化必须注意两点：其一，文化有共性也有个性，要善于辨别异同；其二，文化有相对性和辩证性，要合理分析优劣长短。
世界上各民族文化传统，作为各自完整的系统，除了有相同处，还有差异处；既有共性，都试图寻求人生的完满，发展出相似的文化结构和要素，又有各个民族的特殊性。各民族文化互有优劣长短，没有哪个民族的文化是十全十美的。属于不同类型的文化，有不同的价值系统，不能用一种文化标准去衡量另一种文化。
文化研究首先要考察每一种文化的民族特殊性和长处，也就是要分析文化精神和文化特征，充分彰显某一文化的特殊性，不能一切文化都以西欧文化为标杆。其次是合理地看待每一种文化的弊病，但不能只从其劣点与短处看，文化分析要有利于文化的延续发展。
第二，注意文化的完整性。钱穆又指出，研究文化，其一要自会通处看，不应专就分别处看；其二要从大处着眼，不可单看细小处。(www.xing528.com)
文化的范围很广，它们之间“则是息息相通，牵一发，动全身，一部门变异，其他部门亦必变异”。而文化是全部历史的整体，“文化俨如一生命，他将向前伸舒，不断成长。横切一时期来衡量某一文化之意义与价值，其事恰如单提一部门来衡量全体，同样不可靠”。故研究文化必得从其复杂的各个方面了解其背后的完整性，将其不同方面会通、综合起来。因此，研究文化“不要单独着眼在枝节上，应放宽胸怀，通视其大体”[20]。否则，从细节小处看，永远不识文化为何物，或专就分别处考察，不免陷入一种文化偏见。
第三，注意文化的发展性。钱穆还认为，研究文化应该用历史的眼光，其一要有内容有依据，不能流于哲学的抽象和思辨；其二要有纵深有大势，不能拘于近观和横切面。
哲学的研究往往在单纯的范畴进行，这种抽象的概括，一方面容易牺牲掉事物的丰富内容和复杂多样性，另一方面静态范畴容易滞后于文化的发展，跟不上文化复杂多变的潮流。文化研究的对象是历史，文化演进是一个长远的进程，历史就是文化的发展演进，只有从全部历史的客观方面，寻求历史的发展进程，既扭转身来看走过的轨迹，又踮起脚尖向前瞻望要走的未来，才能对整个文化精神有较客观、较公允的估计与认识。横切一面看文化，便不见其进展的大势，找不出文化的真相。因此，文化研究除了要有哲学的思辨和社会学的当下实证，还要有历史的思维。
综上所述，钱穆认为文化就是人生大群在历史中，在生活的各方面的整体，是现实具体的存在。民族精神是文化在历史演进中最为重要的部分。文化的研究必须在民族与历史之中具体而全面地考察。钱穆关于文化的相关概念，以及文化学方法论的分析研究，体现出极高的哲学修养，是历史辩证法的运用，切中了近现代中国学者片面、抽象地谈文化的弊病。钱穆确立了文化最基本的范畴和方法之后，开始对文化的阶层、目的、要素等内在方面，作具体的解析。
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