对明末流行的种种瘟疫，传统中医积极地寻求医治方法，他们多基于“气”的理论，对瘟疫进行分析。比如中医认为“羊毛瘟”的病因是“凉气”。清代咸丰年间，昆明地区出现“羊毛瘟”疫情，清人许起观察病情后，查阅医书典籍，认为病因是“天气郁勃，潮湿酷热，夜不能睡，将曙，露体承凉风中，有丝乘虚而入者也”[17]。
中医根据“气”的理论对明末流行的瘟疫进行病理分析，与现代病理学分析相差甚远，使今人无法准确判定这些瘟疫属于哪些疾病。而且瘟疫病情的严重，“惟疙瘩瘟之阖门暴发、暴死”，也令当时的中医无法对其进行分析解释，“不敢妄加名目也”，[18]“瓜瓤瘟、疙瘩瘟，缓者朝发夕死，急者顷刻而亡，此又诸疫之最重者，幸而几百年来罕有之证，不可以常疫并论也”[19]。史料中对于病死率的记载多是“十室九空”“死者枕藉”“阖门俱灭”“十无一二”等词语，这些形容表述模糊，不乏夸大之嫌；考虑到明末瘟疫正值明清易代，战乱频发，兵燹遍布，诸多的人口死亡可能并非由于瘟疫，但也包含在疫情肆虐下的“十室九空”中。记载明末瘟疫的方志、笔记等史料，大都是入清以后，甚至是在康熙、乾隆年间完成，距离瘟疫发生的时代，已经过去数十年，甚至上百年，对明末疫情的叙述，难免发生偏差；而时人对瘟疫的恐惧心态，也加重了文献史籍中对瘟疫影响的描述。
这些因素都无法让人们探究出明末瘟疫的真面目，也无从得知病源是什么。不过，文献中对于瘟疫的病症、暴发和流行时间都有较为详细的记载，这给了现代医学家、疾病史专家提供了重要线索。
吴有性在《瘟疫论》中记载了“疙瘩瘟”的症状之一，就是“瘿痎”；而暴发于潞安的瘟疫也出现了患者腋下、股间有“核”的症状。近代医学家根据这一病情，对此类疾病进行了定性。清末民初的医学家余伯陶总结认为，“盖疫毒恶血，凝结成核，核痛甚剧。审是，则鼠疫之必夹核，核瘟之必夹瘀，益明矣”，“有核”和疫区有无死鼠，这二者是诊断瘟疫是否是鼠疫的关键情况，所谓“有鼠无鼠，有核无核，界限分明”。[20]而以现代医学标准来看，腺鼠疫会导致患者淋巴结肿痛而结核，这与文献记载的“生核”症状极为相似。中国卫生防疫、检疫事业的创始人伍连德博士认为，潞安瘟疫的“患者项部和腋下长有硬血块，而且还记载患者会突然吐血死亡。就我所知，这是目前有关中国肺鼠疫的最古老的记载”[21]。(www.xing528.com)
“西瓜瘟”除吐血之外还有一个重要的症状。在崇祯十七年（1644）北京的“西瓜瘟”疫情中，判断患者病情严重与否的方法是“看膝弯后有筋肿起”，“紫色无救”，而“红色速刺，出血可无患，以此救活多人，病亦渐息”，当时的中医将此解释为“血出则疫毒外泄，故得生也”。[22]从现代医学的角度来看，“膝弯后有筋肿起”且呈红色或紫色，明显是股间结核的症状，属于典型的黑死病症状。
而在某些记载中，“羊毛瘟”也有股间结核的病状。[23]虽然在明末的记载中，有助于判断“羊毛瘟”的史料较少，但是清代的记述给出了明确的内容。嘉庆九年（1804）秋冬之际，昆明暴发“羊毛瘟”，疫情严重。时有传闻，点天灯可以祈禳去疫，一时间昆明城上下“树竿悬灯，火光烛天，限满一百八日始罢，计清油之费，万金不敷”。而在这场瘟疫中，有一个重要的现象被记载下来：“鼠先人死，病人皮肤中生羊毛，蔬果亦生之，俗名羊子，即吴梅村《绥寇纪略》所谓‘羊毛瘟’也。”[24]当时也有诗云：“羊毛着物能生死，鼠鬼随人有后先。”[25]出现大量死鼠的现象，让许多现代学者认为“羊毛瘟”也是某种鼠疫。
至此，明末瘟疫的真面目终于揭晓——对社会造成巨大动荡和严重破坏的元凶，正是鼠疫。
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