神宗非常偶然地临幸了慈宁宫一名王姓宫女，王氏生下了神宗的长子，也就是后来的明光宗朱常洛。但最初神宗碍于身份，羞于承认此事。而当负责内起居注的宦官拿出当时的记录时，神宗无言以对，但心中仍然不愿意承认此事。神宗之所以有此态度，一方面认为和母亲的宫女生子不光彩，另一方面是他十分宠爱郑贵妃，想立郑贵妃的儿子为太子。
万历十四年（1586），郑贵妃生下皇三子，被册立为贵妃。与之相比，王氏虽然生皇长子四年，却一直是恭妃。文官集团察觉到神宗有废长立幼的心思，认为这不符合宗法制度，于是开始上疏，请求册立太子。由于太子作为储君，关系国之根本，因此明人将这一事件称作“争国本”。
对于文官群体的主张，神宗不断寻找借口，一再拖延，面对文官集团的集体进谏，甚至责以廷杖。万历二十一年（1593），在政治舆论的压力之下，神宗发明出了“三王并封”的迂回之计，计划将皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一并封王，以后再选择其中的贤者为太子。这一做法仍然违反了宗法制度，再次遭到文官集团的反对。此间，两位阁臣申时行、王锡爵由于依违其间，遭到文官集团的弹劾，先后离朝。(www.xing528.com)
“争国本”事件一直持续到万历二十九年（1601）。这时朱常洛已经19岁。李太后开始干预此事，责问神宗为什么还不立太子。神宗回答：“他是宫女的儿子。”李太后大怒，说：“你也是宫女的儿子。”神宗十分惶恐，趴在地上不敢起来。[13]朱常洛因此被立为太子，朱常洵被册立为福王。但后者被册立为王之后，迟迟未之国，这对朱常洛的储君之位仍有威胁。直到万历四十二年（1614），福王之国，朱常洛的地位才最终稳固下来。而光宗的生母王氏，长期被锁闭于景阳宫之中，不得与朱常洛相见，悲惨的境遇和对儿子的思念，使她哭瞎了双眼。直到万历三十九年（1611）王氏去世之前，朱常洛才获得见她最后一面的机会。
神宗之所以一直想立朱常洵为太子，是因为和郑贵妃感情深厚。与一般的妃嫔不同，郑贵妃能够像民间夫妇一样，较为平等地与神宗相处，聆听他的倾诉，因此深受神宗宠爱。神宗在心中认为立太子是自己的家事，而文官集团认为立太子是国事，故而强烈反对神宗，使神宗产生逆反心理。神宗在“争国本”的过程中与文官集团长期采取冷战对策，在28年的时间里不上朝，经常不批复奏疏，对于缺官也经常不下令递补。万历初年一度复兴的政治局面，再次陷入废怠。不仅如此，由于在“争国本”过程之中，文官群体立场并不一致，从而导致其内部的分裂，后来被称为“东林党”的政治集团，也多有参加“争国本”者，与站在神宗、郑贵妃一边的文官群体俨然形成一种政治对立，双方之间的矛盾长期延续下来，酿成了晚明党争的政治局面。
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