皇甫嵩又指挥朱儁、曹操以及南阳郡太守秦颉等展开对黄巾军余部的追击，在南阳郡宛县斩杀了黄巾军首领张曼成，又在阳翟大败波才，在西华大败黄巾军的首领彭脱。
黄巾军首领张曼成起兵后自称“神上使”，手下也有数万人，他们杀了南阳郡太守褚贡，占领南阳郡的郡治宛县长达100多天。朝廷军队攻打宛县城，这一仗打得很激烈，担任主攻的是朱儁所部，在朱儁手下担任副团长（佐军司马）的孙坚很勇猛，冲在最前面，并第一个登上城头（登城先入，众乃蚁附）。
冷兵器时代，攻城战是最难打的战斗，靠的是不怕死的精神和前赴后继的实力。敢于迎着敌人的箭雨、礌石等往上冲的都是汉子，而第一个攀上城头又没有被打死，那不仅是好汉，更是好运的人。
对这种勇猛之士有个专门的词给予褒奖，叫先登。许多出身下层的将领都是靠一次次先登而引人瞩目的。
在西华之战中，还是孙坚表现得最突出。
这一仗，孙坚率部深入敌后，一不小心被打了埋伏，失利。
孙坚受伤堕马，但他头脑还很清醒，卧在草中不动，所以没被敌人发现。但孙坚的伤挺重，动不了，眼看就没命了，是他的坐骑救了他。看到主人不行了，这匹马疾驰回营，它不会说话，只是焦急地用蹄子乱刨，又不停地嘶鸣（踣地呼鸣），终于引起孙坚战友们的注意。
大家随这匹马回来，在草丛中找到了孙坚。
孙坚很顽强，受了重伤，只在营中休养了十多天，没等伤好利索就又带兵出战了（还营十数日，创少愈，乃复出战）。
由于作战勇敢，屡立战功，孙坚升任独立团团长（别部司马）。
从长社到宛县，再到阳翟、西华，皇甫嵩、朱儁取得了四连胜，颍川郡一带的黄巾军基本被消灭，整个豫州刺史部的黄巾军也再掀不起高潮，洛阳的警报暂时解除。
消息传来，汉灵帝悬着的心总算放下来了，激动之余，汉灵帝下诏封皇甫嵩为都乡侯。(www.xing528.com)
朱儁在首战中打了败仗，皇甫嵩在上报功劳时特意将后面取得的功劳多分一些给朱儁（嵩乃上言其状，而以功归儁），汉灵帝下诏封朱儁为西乡侯，并由右中郎将改任镇贼中郎将。
汉末国力渐衰，军力不振，但还是出了一批名将，“凉州三明”不用说，像皇甫嵩、张温、卢植这些人，不仅能打，而且学问好、个人修养更好，做人做事都可圈可点。
同样是中郎将，换了个名目而已，不过，这意味着朱儁有了新的任务。
果然，颍川一带的黄巾军被击破后，朝廷根据形势的变化，把豫州刺史部境内的朝廷军队一分为二，一路由皇甫嵩率领，包括曹操的骑兵部队在内，开赴黄河下游的兖州刺史部东郡，那里的黄巾军在首领卜己率领下渐成气候。
朱儁所部仍留在洛阳以南的地区，重点进攻荆州刺史部南阳郡的黄巾军余部。
东郡在洛阳的东面，是南下北上的重要战略通道，黄巾军如果在这里坐大，影响力和对帝国的威胁一点儿不亚于颍川郡。
皇甫嵩率曹操等部赶到东郡，他们面前的这个卜己，是张角手下36方首领（渠帅）之一。皇甫嵩、曹操很快把这股黄巾军打败，生擒卜己，前后斩首7000余级。
兖州刺史部境内的黄巾军也基本平定了。
多年后，曹操重返东郡，担任东郡太守，黄巾军的余部重新起事，不仅东郡，整个兖州刺史部以及相邻的青州刺史部都是他们的活动范围，就连兖州刺史都被黄巾军杀了，州郡陷入恐慌，最后大家公推曹操为兖州新的刺史与黄巾军余部交战。这成为曹操政治生涯的一个重要转折点。
曹操之所以受到众人的一致拥戴，与他随同皇甫嵩参加这次平定卜己有关，这次战斗成为曹操的一笔政治资本。
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