明朝打下天下以后，朱元璋也曾想效法前朝，开放朝贡贸易，树立中国天子统驭万国的威仪形象。洪武三年（1370），朝廷在宁波、泉州、广州设置了三个市舶司，但布局之后，又举棋不定，逡巡不前，疑虑重重，犹犹豫豫，设立了许多束手束脚的限制，诸如规定“宁波通日本，泉州通琉球，广州通占城、暹罗、西洋诸国”。这样看来，虽然有诸多的限制，海外的贸易市场，还是颇为广阔。到了洪武七年（1374），朝廷认为“倭患起于市舶”，又撤销了宁波、泉州、广州三个市舶司，绝日本贡使，只允许少数国家前来朝贡，朝贡之外的附带物资，诸如香料、珠宝、象牙、犀角之类，才允许与官方进行贸易。而民间的通商贸易，则完全堵死，不留余地。
郭子章在《国朝平寇记》上，曾有记载，说洪武二年（1369），“倭寇惠、潮诸州”。据称，这一批倭寇，是元朝伐日本的时候，留居在日本的“南人”，也就是出身南宋境内的汉人。陈天资的《东里志》卷一，亦有记载，曰：“盖元伐日本无功，南人被留于其地者，以数万计。自是习熟海道，寻寇海滨，自澄莱至广惠千余里，咸被其害。”
史载，元伐日本，共有三次，除了第三次流产，其余两次，均以失败告终。第一次伐日，是在元至元十一年（1274），元世祖忽必烈建立元朝不久，还没有统一全国。当其时忽必烈义理在手，剑指东瀛，委托高丽造大小战舰900艘，联合蒙、汉和高丽军队共30000多人渡海远征。由于后援不力，加之遭遇飓风，元军有13000余人丧身风暴，最后只能撤军。
至元十八年（1281），忽必烈准备更加充分，发动蒙、汉和高丽军队14万人，分两路进攻日本，一路40000人由忻都、洪茶丘率领，从高丽渡海；一路由范文虎、李庭等率领的江南屯田部队10万余人，从宁波、定海出发。元军出征虽然声势浩大，军威赫赫，但内部却忧患重重，互有戒心，凝聚不力。强行登陆之后，即遭遇台风，又遭到日本幕府的掩杀，元军死伤惨重。这次“弘安之役”，令人唏嘘不已，十多万大军远征日本，最后只有3名士兵拼凑小船，逃回中国。《元史·日本传》记载：“十万之众，得生还者，仅三人耳”。《中国历史纪事》也载曰：“元世祖命范文虎等攻日本。七月，飓风毁船。八月，诸将弃船逃归，全军仅存十之一二，范文虎所领南军得还者仅三人”。
伐日无功而留下的大量俘虏，蒙古人、色目人、北人，都被日本人杀掉，南人则不杀。因为南人大多温顺、驯服，好奴役，少反抗。
后来，因为连年倭寇、海盗频繁，洪武二十年（1387），海阳县南澳岛的居民，被命令全部迁入内陆居住。《东里志》上有一条记载，最为详确，其文曰：“四澳旧有居民，国初属海阳，与黄隆、海山俱为信宁都地。洪武二十四年（1391），以居民顽梗，尽发充海门千户所军。因误粮饷，仍发回四澳渔耕。永乐间，倭夷越海劫掠，难于防御，将吴宗理等九十五户，徙入苏湾、下外二都安插。原田地五十三顷令抛荒，不许人耕，以绝祸根。原粮一百九十五石，派洒二都赔貱，后乃均分海、揭、潮共纳。” 把南澳岛的居民发充为海门千户所（应为潮阳千户所）的军户，理由是“居民顽梗”。这一年，潮阳千户所刚刚建立，发南澳岛居民充军，有点像洪武十五年（1382）“籍广州疍户万人为水军” 的做法，史载：“时疍人附海岛，无定居，或为寇盗，故籍而用之。” 三年后潮阳千户所由招收都（今达濠一带）迁至新兴乡海口村，才更名海门千户所。
蓝鼎元的《潮州海防图说》，曾详细描述了南澳岛的四澳，乃隆澳、深澳、云澳、青澳。青澳在东，涛流险恶，无泊舟善地；云澳在南，近岸皆沙，水浅风飞，巨舰亦难停顿；深澳面北，半倚山河，外险内宽，千舟可聚，若北风狂发，则不如隆澳之安；隆澳在西南，南飙骤起，则又宜于深澳；深澳之口为青屿、为腊屿，与长山尾汛，皆捍卫门户的要地。
其实，早在10000—8000年前，南澳岛与附近的众多岛屿，本来就是大陆的一部分，或者说与大陆相连，后期因全球气候变暖，冰川融化，海平面上升，潮州断陷盆地，开始变成了古海湾，遂使南澳及周围的岛屿，孤悬海上。
朱元璋登基以后，自以为聪明，却智者千虑，必有一失。他的皇朝，由于缺乏足够的近海防御和跨海作战的能力，而采取保守的迁海政策，全方位退守内陆，把近海、沿海的岛屿，悉数放弃，殊不知这些岛屿，便成了倭寇、海盗的窝点、贼巢。蓝鼎元就曾指出：“明人防海，知设水寨于柘林，而不知南澳之不可弃。迁其民而墟其地，遂使倭奴、红彝，盘踞猖獗。”
南澳的位置，实在非同小可，其地处韩江入海口外，独立于大陆之缘，扼海外交通之要。成书于崇祯二年（1629）的《闽书》，谓其地理形势曰：南澳“四面阻水，可三百里；潮则通柘林，漳则通玄钟，历代居民，率致巨富”。顾祖禹的《读史方舆纪要》，对南澳岛港湾交错，有田可耕，有险可依，也多有描写，其云：“其山四面蔽风，大潭据中，可以藏舟”，“内宽外险，腊屿、青屿还处其外，一门通舟，中容千艘，番舶、寇舟多泊焉”。
舍弃南澳，则让倭寇、海盗有了极好的冲破明朝海禁，躲避、抵御官军的隐秘地和根据地。辑于天启元年（1621）的《武备志》，就曾言及朝廷舍弃南澳之弊，谓其予倭寇与海盗以周旋、喘息之机，其曰“广捕之急，则奔闽，闽捕之急，则奔广”，再急，则奔海外。
海禁、倭患的接踵而来，让一向背山阻海、靠海吃海的潮州人，备受艰难与煎熬。本来，潮州地处沿海，资源匮乏，与内陆交通及经济交往不甚方便，人们只能挺身冒险，向海而生，通过风高浪急、漂泊无涯、生死难卜的海外贸易，以求发展，故自隋唐以来，一向素有“潮、漳以番舶为利”、“非为生于海，则不得食”、“出没巨浸，与风涛争顷刻之生”的历史传统。
而与宋元以前诸朝开放贸易相违背的明朝禁海令，则严令“寸板不许下海，寸货不许入番”，并制定了极其严酷的法律，《大明律》有律条曰：“若奸豪势要及军民人等，擅造三桅以上违式大船，将带违禁货物下海，前往番国买卖，潜通海贼，同谋结聚，及为向导劫掠良民者，正犯比照已行律处斩，仍枭首示众，全家发边卫充军。其打造前项海船，卖与夷人图利者，比照将应禁军器下海者，因而走泄军情律，为首者处斩，为从者发边充军”。对参与买卖外国商品的居民，也不放过，其令曰：“敢有私下诸番互市者，必置之重法，凡番香、番货皆不许贩鬻，其现有者，限以三月销尽。”还明令要推行株连，曰：“严禁沿海居民，私与贼市，其邻居不举者连坐。”
第一个被处斩的，是洪武年间举家逃生到海外的潮州人陈祖义。陈祖义于永乐五年（1407），诈降被第一次下西洋的三宝太监郑和识破，带回北京，被明成祖朱棣斩首示众。当年，像陈祖义这样越海逃生的人，有数以万计，明人张煊的《西园见闻录》，就曾记载过海禁之后，这些为了生存，逃往海外谋生的人，其云：“国初……两广、漳州等郡不逞之徒，逃海为生者万计。”陈祖义到了南洋以后，做起了海盗营生，鼎盛之时，超过了几万之众，雄霸于日本、台湾、南海、印度洋等海面上，是当时那一片海域的霸主，曾经掠夺海上船只过万艘，攻打过沿海城市50多座，朱元璋曾最高悬赏750万两白银，来缉拿陈祖义。
朱明王朝这种罔顾民生、置民于水火的做法，势必行之不通。滨海的民众，生理无路，兼以饥馑荐臻，无所得食，那么，剩下来的就仅有一条路，铤而走险，以求一逞。实际上，有明一代，东南沿海民间非法的海上贸易，从未间断。据《明英宗实录》记载，正统年间，潮州就已有滨海之民，“私下海，通货爪哇”；成化二十年（1484），“有通番巨舟三十七艘，泊广东潮州府界”；嘉靖《潮州府志》也载曰：“闯粤滨海诸郡人，驾双桅，挟私货，百十为群，往返东西洋，携诸番奇货。”(www.xing528.com)
最好的交易地点，莫过于南澳。日本、荷兰等多国商人，心知肚明，亦云集于此，前来贸易。《筹海图编》曾对这些地下贸易，有着详尽的记载，云：海商们“定期于四月终至，五月终去，不论货之尽与不尽也。其交易乃搭棚于地，铺板而陈所置货物，甚为清雅。刀枪之类，悉在舟中”。
当其时，沿海的许多豪门、官员、官员眷属，都与外商、海盗有着关系，而对于升斗小民，不能通番，则无疑于生计无着，坐以待毙。与其束手无策，困在一隅，不如参与到和海盗的私通接济活动中，以“一叶之艇，送一瓜，运一樽，率得厚利”；有的则干脆加入其中，把海盗当成职业。这样的禁海，完全适得其反，恰好让海盗们具有了民众基础，官兵来围剿海盗之时，沿海民众的反应是：“每见官兵动静，则星火徒报，官府密令哨探，则推避不从。”
与南澳一海之隔的柘林，也是海舶贸易、交换商品的理想之地。嘉靖十七年（1538），饶平知县罗胤凯所作的《议地方》，曾云：“柘林前金门一道，上据白沙墩，下据黄芒、南洋，外跨隆、深、云、青四澳，内则延袤黄岗、海山、钱塘、樟林等处乡村，闽广货舟所经，本地鱼盐所萃，颇有贸易之利。当风汛时月，每有番舶据海劫掠，而濒海顽民，又乘时入内港为患，岁无虚日。”“嘉靖时，番船已经常往来，知暹罗与潮人之移殖交流，由来久矣。”《读史方舆纪要》也记曰：“柘林澳在其南，暹罗、日本及海寇，皆泊巨舟于此。”《东里志》亦载曰：“后澳，在柘林西山之麓，澳面宽平，水波不兴，可容千艘。”
由于占有如此的地理优势，继南澳之后，柘林也成了一处私贸中心。饶平人许栋通倭的船舰，与日本的商船往来频繁，柘林就成了他的主要停泊点，常常有商船几百艘，停泊于此。此时柘林入口的货物，主要有大米、白砂糖、布匹，出口的货物，则有陶瓷、红糖、茶叶。
万历元年（1572）冬天，柘林被饶平人林凤攻占，林凤拥有战舰300余艘，40000余众，在柘林驻扎的那一段时间，与外国商船在海上互市，柘林湾成了通商贸易的闹市。
当然，作为传统和牢靠的根据地，并有较多活动的，还是南澳岛。终明一朝，潮、漳所有的重要海上武装集团，其主要人物如许栋、许朝光、曾一本、谢策、洪迪珍、林国显、徐碧溪、林道乾、杨老、魏朝义、郑芝龙，都曾经在此盘踞。许朝光日子过得逍遥快活，竟效法大王，带领随从，华装艳服，招摇过市，穿行于沿海村寨，忘记了“卿本何人”。乾隆《潮州府志》写道，许朝光不单在南澳修宫室、建敌楼、筑城寨，也“分遣其党，据牛田、
浦诸海口，商贾往来，给票抽份，分曰买水。朝光居大舶中，击断自姿，或严兵设卫，出入城市，忘其为盗也”。
假如不带偏见，平心而论，许朝光的“买水”，却也有他的独到之处。他自任“澳长”，将类似于后来的“海关”和“海洋执法” 的职责，结合在一起，并仿照官方的市舶机构，对往来的商船“抽分”收税，交税的海商称之为“买水”，澳长则要保证船、货在海上的安全。
史载，做“澳长”的并不止许朝光一人，林凤，还有后来的郑芝龙，在私商贸易之外，都效法了许朝光的这一个“抽分”法，与官府争夺商船税。这种类似于收取保护费的收费，让他们的收入更加稳定，朝廷浪费了海洋，海盗们不肯浪费。
在南澳岛深澳湾接近入海口的地方，至今还有一处名为“吴平寨”的村庄，这可能是中国漫长的海岸线上，唯一一个用海盗的名字命名的村庄。吴平是嘉靖年间，活跃在南澳岛的众多海盗首领之一，民间称其为“吴平王”，对于他的传奇故事，人们一直津津乐道，比如他虽然五短身材，个子不高，但精干彪悍，多谋骁勇，能在海里潜游七八里，从诏安游到南澳。
比如他嫉恶若仇，爱恨分明。当初他在人家为奴，主人待他和善，主母却待他刻薄。当海盗后，吴平善待主人，却掠走主母，在她的双乳缚上水壶，并令她裸身磨米，人动则壶摇，水倾则淋其身，以为报复。
嘉靖四十四年（1565）秋，吴平寨外，曾有过一场恶战，对阵的双方都是声名赫赫，一边是战功卓著的戚继光、俞大猷，一边是“设三城海上，纵横南澳、浯屿间”的吴平。
吴平早已料到会有此一战，他在寨前的海湾里，布下了海底石墙，阻止俞大猷率领的水军。双方的力量对比是：吴平战船400艘，众10000有余；俞大猷统领的福建、广东水兵，战船300艘，戚继光统帅的“戚家军”，5000人。可见吴平的实力，丝毫不逊于朝廷的正规官军。之前，俞大猷曾对他有过招抚，但他虚与委蛇，旋复反叛。
此番，戚继光一到南澳，即在外围运石、沉船以阻塞港口，同时以兵船环列南澳岛，将全岛封锁，随后登陆，与吴平恶战数天。后俞大猷赶到，与戚继光会同作战。此后，戚继光做出战略调整，以精兵2000在正面佯攻，又以精兵3000，从云盖寺登陆，芟刈林莽，且息且进，用三日时间开出一条秘密小道。布列妥当，铳炮齐发，杀声震天，从背后奇袭吴平，打了他一个猝不及防。
是役，吴平大败，仅一日夜，被俘斩者万余人。吴平仅率百余人驾小舟逃脱，后又被俞大猷的部将汤克宽，追击至安南（今越南）境内，不知所踪。有人说他战死在安南，也有人说他又再次逃走。顾炎武在《天下郡国利病书》中，作这样的记载：“然，往有亲见平鲜衣怒马，在京浙间为富商大贾。平已炙其面……人无识者。”
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