元丰八年宋神宗的去世，将宋朝推向另一个历史转折的关口，他所确立的“国是”还能否进行下去，国家接下来将向哪个方向前行，都需要新的领导集体加以确认。在当时的情况下，新党和旧党是存在彼此合作的可能性的。主持朝政的新党领袖蔡确和章惇愿意与各方政治势力合作，促使新法更加完善；原本坚决反对新法的一些官员也意识到新法确有便民益国之处。苏轼就在写给滕甫的一封信中反思：“盖谓吾侪新法之初，辄守偏见，至有异同之论。虽此心耿耿，归于忧国，而所言差谬，少有中理者。今圣德日新，众化大成，回视向之所执，益觉疏矣。若变志易守，以求进取，固所不敢；若哓哓不已，则忧患愈深。”可惜的是，在此关键时期，代行皇权的是对变法素怀不满又疏于国计民生的太皇太后高氏，其所委任的又是治国乏术、刚愎自用却又深孚众望的司马光，遂使北宋政治发生了悲剧性的变化。
1.“积年之志，一朝获伸”：以复祖宗旧制为国是
哲宗即位后的第一个年号是“元祐”，共计九年（1086—1094），此一时期的政治有两大相辅相成的主题，一是废除新法，二是打击新党。高氏垂帘后的首要举措就是召回司马光，大批反变法派相继还朝，拉开了元祐之政的序幕。司马光自熙宁四年就退居洛阳修《资治通鉴》，他对新法的实际执行情况并不了解，但废除新法的念头却一直顽固地萦绕在他脑海中，当机会真的降临时，他自言“积年之志，一朝获伸，感激悲涕，不知所从”。因此元祐之政中，掺杂着以司马光为首的旧党臣僚因熙宁、元丰年间郁郁不得志进行报复的个人情感。
对于旧党集团废除新法的做法，有人提出质疑，孔子说“三年无改于父之道，可谓孝矣”，神宗刚刚去世，就要废除他的法令，是否有不孝的嫌疑？司马光则首倡“以母改子”的说法，太皇太后听政，是“母改子之政，非子改父之道也”，为废除新法消除了舆论上的障碍。废除新法的过程中，充分展现出司马光的狭隘偏激，在他主持下的中央政府，行事草率而武断。以募役法为例，司马光主张由朝廷直接下令予以废除，甚至要求各地在敕书到达的五日之内恢复差役法。募役法在各地实施已十余年，百姓多已熟习，即便是没有任何政治经验的人也不难明白，这种不顾后果的做法是不可行的。旧党内部，范纯仁和苏轼都建议不应操之过急，但司马光固执己见，苏轼气愤地称他为“司马牛”。
在太皇太后高氏支持、司马光力主之下，短短一年时间，神宗苦心经营17年的新法就被废除殆尽，历史上称为“元祐更化”。元祐之政得到传统史家的高度评价，明人张溥甚至说“宋代称治，莫盛于元祐”。可事实上，旧党废除了新法，恢复了心心念念的“祖宗旧制”，同时也给社会造成了极大混乱。差役法复行以后，“行之十年，州县绎骚，民受其患”，“天下皆思雇役而厌差役”。青苗法被废，“民间每遇丰稔，不免为豪宗大姓乘时射利，贱价收蓄；一有水旱，则物价腾踊，流亡饿殍不可胜计。……比岁以来，物力凋敝，甚于熙宁、元丰之间，至人心复思青苗之法行而不可得”。元祐年间，旧党专注于“与王安石已死之灰争是非，寥寥焉无一实政之见于设施”，冗官冗费等社会问题不断加重，对外关系更加被动，宋王朝更深地陷入贫弱中。(www.xing528.com)
2.“贻后日缙绅之祸”：旧党所谓“进贤退奸”
在废除新法的同时，旧党对新党展开了无情的打击，宰相蔡确和章惇首当其冲。元祐时期的旧党，完全继承了熙丰时期的故技，以君子自相标榜，理所当然地对新党展开人身攻击。左司谏苏辙称：“左仆射蔡确，憸佞刻深，以狱吏进；右仆射韩缜，识瘖性暴，才疏行污；枢密使章惇，虽有应务之才，而其为人，难以独任”，其余如张璪、李清臣、安焘“皆斗筲之人，持禄固位”。右正言朱光庭将司马光、范纯仁、韩维誉为“三贤”，将蔡确、章惇、韩缜斥为“三奸”，声称“治乱安危之所系，惟在陛下退三奸、进三贤一举措之间尔”。
在旧党无所不至的攻击下，元祐元年闰二月，宰相蔡确罢知陈州，知枢密院事章惇罢知汝州（今河南中部汝州、平顶山一带），新党丧失在最高统治集团中的位置。随后，其他新党臣僚也纷纷被罢免，旧党完全支配了朝政。为了将新党斩草除根，旧党又罗织了“车盖亭诗案”，声称蔡确在贬谪期间心存怨恨，作《夏中登车盖亭》绝句十篇，其中有讥讪君亲之语。元祐四年（1089）六月，蔡确被贬英州别驾、新州安置，四年后死于贬所。新州（今广东新兴）是当时十三个“远恶”州军之一，自仁宗即位之初寇准、丁谓以后，蔡确成为七十年间被放逐岭南的第一人。旧党还分别籍定王安石亲党30人、蔡确亲党60人，张榜列于朝堂，限制他们出仕任官。
元祐年间旧党对新党残酷迫害，为北宋建国以来所仅见，对元祐之后的政治、经济、意识形态等多方面产生了不利影响。它将北宋党争推进到一个不论是非、挟私报复、顺我者存、逆我者亡的地步，导致朋党之争的恶性循环，给北宋历史发展带来灾难性后果。自此以后，一直到靖康之难，北宋政坛再没有平静过，新、旧两党拼死厮杀，上演了一幕幕惊心动魄的政治倾轧，而其党同伐异的形式和手段，都可溯源至元祐时期。一心为旧党歌功颂德的邵伯温也不得不承认：“刘挚、梁焘、王岩叟、刘安世忠直有余，然疾恶已甚，不知国体，以贻后日缙绅之祸，不能无过也。”
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