最早的书院是朝廷设立用来征求、整理、编篡与贮存图书的官方文化机构，即皇家图书馆。后来私人也将自己用来藏书与读书的地方称作“书院”。经过唐末与五代这段历史时期的发展与衍变，到宋代，书院才正式成为一种与官学性质不同的以聚徒教学为主的学校。
书院制度自宋代确立兴盛之后，历经元明清三代，延续千年之久，可见其影响之大。
书院为什么兴盛于宋代初年？对这个问题，古人已有解释。朱熹《重修石鼓书院记》中说：“予惟前代痒序之教不修，士病无所于学，往往择胜地，立精舍，以为群居讲习之所，而为政者乃就而褒表之，若此山，若岳麓，若白鹿洞之类是也。”吕祖谦《鹿洞书院记》内述：“窃尝闻之诸公长者，国初斯民，新脱五季锋镝之厄，学者尚寡，海内向平，文风日起，儒生往往依山林，即闲旷以讲授，大率多至数十百人，嵩阳岳麓及是洞为尤著，天下所谓四书院也。”看起来书院的兴盛其主要原因在于经历了五代战乱时期之后，社会和平、文教兴起，而儒生士子苦于找不到就学之所，在这种社会情况之下，书院应运而生。
费海玑先生在《宋代书院新考》一文中，具体分析了宋代书院兴起的具体原因，主要有六点，介绍如下：
1.宋代重文轻武，所以要设置相当数量的书院以供子弟就读习文。
2.官办的国学、府学、县学的学生中，有许多并非诚心为求学而来，而是为追求功名利禄，这令许多饱学之士感到难以依照个人意愿讲求学术，于是不得不另僻一所，用以自由讲学，专心学术。
3.有些书院是退休的官僚为培植个人势力而兴办的。例如吾赣的虎溪书院，就是老官僚程天器所创办，最初命名为飞麟学塾，到宋嘉宝年间，他的两个孙子程必东、程必简先后荣登进士，始改名为虎溪书院。
4.有些书院之创办是为收容流亡的知识分子，如孟琪之创办南阳书院及公安书院，以收容流亡学生，又创办竹林书院以收容襄汉流寓之士。其它如龚基先创办淮海书院以收容淮士，陈塏建天门书院以收养淮士之颠沛流离者，如此等等。
5.有些书院是人口众多的大家族创办的，如奉新胡氏，在胡仲尧手中，创办华林学舍，聚书万卷，远近闻名。
6.有些书院是为纪念先儒名贤而创办的。如曹豳创立和靖书院以纪念北宋著名隐士林逋，吴渊创立明道书院以纪念著名理学家程等等。
据统计，南北宋书院有年代资料可考者，共有一百八十五所，其中北宋有三十八所，南宋有一百四十七所，江西一地就占一百三十八所。
从以上统计可以看出，南宋时期是书院发展的全盛时期。时势的不安、官学的腐败、理学的发达，都大大促进了书院的发展，首开南宋书院兴盛之风气的要算是朱熹对白鹿洞书院的兴复。
淳熙六年，朱熹以秘书郎权知南康军州事的身份来到庐山附近，发现了白鹿洞故址，为更好地“宣明教化，敦励风俗”他毅然请求修复白鹿洞书院，次年3月工程告竣，即于是月祭祀先圣先贤，招举人入书院，释业开讲，列圣贤为学次第，以示学者，并置建昌东源庄田作为院田以作养士之资。
朱熹重建白鹿洞书院的壮举，在当时授到了普遍地赞扬与响应，于是二十多年之后，海内书院大盛。
南宋是理学发达时期，名派理学家们纷纷借书院的讲坛来传道布说，如宣扬信奉程朱一派理学的书院就有嵩阳书院、岳麓书院、东林书院、昭文书院等等。而尊奉与程朱一派在学术思想主张方面相对立的陆象山一派的则有象山书院，竹洲书院等等。
除此而外，书院尚有官立、私立两种。官立者如白鹿洞书院，私立者如泰山、浮沚等书院。
书院制度虽与政府不无关系，有些即为官僚所设置，但在行政与教学方面却不受政府支配，讲习比较自由，主持者也多半是品学兼优，德高望重的名师尊者，其培养出的学生不乏学问切实，品行高操者。
书院的兴盛对当时的学术思想及社会风气有很大影响。宋代国势虽然衰微，然其风俗的醇厚，对气节的提倡，以及学术的发达，却为后人所瞩目。这在某种程度上不能不归功于书院的教育。
进入元代之后，书院建置较之宋代更为兴盛。
《续文献通考》记载：太宗八年，杨惟中跟随皇子库春出征伐宋，并收集伊洛之书籍著作，送达燕京，同时在京城立宋代理学大师周敦颐祠，并建太极书院，延请儒士赵复、王粹等讲授其间，这是元代创建书院的开始。
从数量上看，我们可以大致感受到元代书院建设的兴盛。据说自元世祖统一中国到顺帝北遁沙漠，短短八十年中，旧有书院不算，只新立者就有七十七所之多，可谓盛矣。(www.xing528.com)
元代书院兴盛的原因大致有两点，一是官方的提倡，《元史·选举志》记载，世祖至元二十八年朝廷下诏，令先儒过化之地，名贤经行之所，与好事之家出钱粟赡学者，并立为书院。另一原因是元代统一中国之后，南宋儒者在元朝多不做官，自立书院来讲学。如安徽歙县之友陶书院就是汪维岳不愿在元朝为官，以东晋著名隐士陶渊明自喻而创立的，其他象休宁汪一龙也是宋亡不仕，而执教于紫阳书院，阐释朱子之学，如此甚多，促进了元初书院的发达。
总体来看，元代对于书院似乎比前朝更为重视。因而书院得到了进一步的发展，然而美中有所不足的是至元以后，书院师资猥杂，大大影响了它的教学质量，元代著名诗人虞集就曾说：“今天下教官，猥以资格注授，强加之诸生之上，而名之曰师。有司生徒，皆莫之信。如此而望师道之立可乎？”这一师资猥杂的流弊一直延续到清末而未消，不能不说是书院发展进程中的一大憾事。
宋元两代是书院兴盛时期，到了明朝则呈现衰落之势，一是明初统治者对知识分子思想言论统治加强，控制极严。缺乏一种自由研讨讲论学术思想的宽松的政治氛围。二是明代科举盛行，官学发达，一般士子多就学于政府所设立之学校之中，适应科举考试，争取功名利禄。书院虽也有所创立，都寂寥无闻。直至成化以后，由于理学家王阳明、湛若水等热心讲学的影响，在沉寂了大约一百年之后，书院教育才开始恢复它的原有活力。
王守仁字阳明，生于1472，死于1529年，明代著名的理学家。他反对宋人朱熹“格物致知”的思想主张而主张“致良知”。用现代哲学来解释，朱熹的主张就是坚持从事物的存在及自身的实践中来体认与探察所谓的“天理”，属于客观唯心主义哲学范畴；而王守仁则认为“心即理”，天理即是人心，人心即是天理，不必从外物及实践中来探求，求诸人的内心就可以了，他的哲学主张属于主观唯心主义范畴。
为广泛传播其思想理论，王守仁在各地书院中热心讲学，如贵州的贵阳书院，江西的濂溪书院，江浙的稽山书院等。
随着王阳明所创立的心学的兴盛与日渐为人们所接受，心学借以传播的场所——书院，也在明代中后期渐渐兴盛起来。
然而，封建的政府必然难以容忍言论与思想的自由，用以传播反正统的思想与言论的书院也很快遭到了厄运。
据查，明未政府共有四次捣毁书院的行动。
第一次毁废是在嘉靖十六年，御史游居敬上疏云：“南京吏部尚书湛若水，倡其邪学，广收无赖，私创收院，乞戒谕以正人心。”明世宗遂令有司毁其书院，而对湛若水本人则并未为难。
第二次是嘉靖十七年，吏部尚书许赞上疏说，抚按司府多建书院，聚生徒，急应撤毁，诏从其言。这次所捣毁的，大概为官办的书院。
第三次是神宗万历三年张居正当权其间，痛恨书院“别标门户，聚党空谈。”学派纷繁，因而对其稍加裁抑。又在万历七年，因常州知府施观民征敛民财，以私创书院，遂将其论罪革职，同时将各省书院改为公廨，及至张居正事败之后，书院才又兴起。
第四次是在权阉魏忠贤秉政期间，过程是这样：万历三十二年，顾宪成罢官南归，在无锡就原有东林书院旧址加以修葺，与高攀龙等讲学其间，稍后天启初年，邹元标与冯从吾又在京创建首善书院。参与这两所书院的大多是忠直敢言之士，讲学之外，不免批评当时日益废驰腐化的朝纲，这当然会惹怒当政的阉党首领魏忠贤，于是对这两个书院人士横加迫害，杀的杀，贬的贬。其它书院亦难免池鱼之殃，拆毁折卖。此即历史上有名的“东林党”案。
总之，书院在明代的发展概况不如宋元两代，逞衰落之势，尤其是明未政府对书院的几次捣毁，更是大大阻碍了它的发展。然而，也正是这段历史时期，是我国封建历史上绝无仅有的思想解放时期。书院对于新兴思想与思潮的传播仍然做出了不可磨灭的贡献。
书院始于唐，盛于宋元，衰于明，到了清代，又复兴起。清朝府厅州县，无不有书院之设置，省会所在之处甚而多至三四所，著名的有浙江的诂经精舍，广东的广雅书院，保定的莲池书院，江宁的钟山书院，湖南的船山书院等等，可说是一时蜂起，蔚为壮观。
清初主持书院者，仍称作山长，乾隆时改称院长。院长中之有声望者，极为当朝显贵所器重，如贵为总督的丁文诚，钦佩尊经书院山长五王翁，以师礼事之，时常拜谒，执礼甚恭，称为佳话。由此可见其时书院师长地位之尊。
宋元明时期的书院，多以讲习理学为主。到了清代，书院在教学内容范围上有所扩大，除讲求理学之书院而外，尚有专为应付科举而设立的考试时文之书院与专门研习经史词章之书院。教学内容的丰富一方面促进了书院教育的发展，另一方面也呈现出与专为科举的官学相融合之弊端。
清代末年，国势衰微，尤其是1842《南京条约》签订之后，清王朝不断遭到外国列强的肆意欺凌。内忧加以外患，使许多有识之士深刻地意识到传统的教育方式与内容难以拯救和振兴处在水深火热之中的中华民族，纷纷倡导变法，引进西方的科学技术与思想文化，于是各种西学书院应运而生。首开此风者，是上海的格致书院，由无锡人徐寿与英国人傅兰雅筹资创建，光绪元年1875年落成。教学内容中设有物理化学等课程。此虽仍沿袭书院之名，其实已类似于近代的学校。
光绪二十二年，1897年，山西巡抚胡聘之奏请彻底改革书院制度，疏曰：“查近曰书院之弊，或空谈讲学，或溺志词章，既皆无裨实用。其下者专摹帖括，注意膏奖，志气卑陋，安望有所成就。”他认为应该：“更定章程，延硕学通儒为之教授，研究经义以穷其理，博通史事以观其变，由是参考时务，兼习算学，凡天文、舆地、农务、兵事、与夫一切有用之学，统归格致之中，分门探讨，务臻其奥。此外水师、武备、船炮、器械及工技，制造等类，尽可另立学堂，交资互益。”此奏获准之后，各省纷纷进行书院改革，或另立书院，讲求“有用之学”，此时虽纷纷变更书院制度，但尚无尽废天下之书院以兴学堂之说。其时以慈禧太后为首的守旧势力仍然热掌政权，势力强大。维新变法遭到失败，教育改革更难以进行。直至1900年，庚子之祸发生后，举国愤慨，守旧者再也无理可说，书院改制势在必行。光绪二十七年（1902年）八月初二，朝廷下令各省所有书院，于省城者均改设为大学堂，名府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂，并多设蒙养学堂。于是各地书院尽皆改为学堂。从此，渊源于唐末、五代历宋、元、明、清四朝千年之久的书院制度走完了它风风雨雨的全部历程，成为中国教育史和文化史上辉煌的一页。
张正藩先生说：“科举时代，读书之目的在于猎取功名，书院之设立，是为纠正此一缺点，将“义理之学，修养之道”作为教育之中心。故自宋、元、明以迄清代，为时经数百年之久，关于书院之内容规则，虽不无变更添补之处，然其目的之在于讲述学术以正人心，补国家学校之阙失，则始终一贯。亦即我国真正之书院教育，原系人格教育，至其倡导学术自由研究之风气，及知识之传授，均余事耳”这一概括不但符合书院的实际，且点明了书院的价值与其历史的地位。
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