明代浙江沿海地区最为重要的海战当属双屿之战。之所以说双屿之战是最重要的海战是因为它是维护国家领土主权之战，是保卫民众生命财产之战。
双屿之战是明军为夺取被葡萄牙海盗商人和与其勾结的中国海盗商人所占据的双屿港之战。双屿港在今浙江舟山市普陀区六横岛上。葡萄牙人明正德末年来到广东。葡萄牙殖民者和南亚许多同明朝进行贸易的国家不同，他不是单纯地进行贸易，而是在中国的土地上，“掠买良民，筑室立寨，为久居计”[62]，即要霸占中国的领土，进行其侵略殖民活动。嘉靖帝朱厚熜登基之后，明军就同葡萄牙人发生冲突，先后进行了屯门之战和西草湾之战。这两次作战粉碎了葡萄牙殖民者的侵略意图，保卫了国家的领土主权。葡萄牙人被逐出广东，但他们并没有离开中国，而是转向福建、浙江，与倭寇和中国的海盗商人勾结在一起，占据双屿港。朱纨说：“内地叛贼常年于南风迅发时月，纠引日本诸岛、佛朗机、彭亨、暹罗诸夷，前来宁波双屿港内停泊，内地奸人交通接济，习以为常，因而四散流劫，年甚一年，日甚一日。”[63]俞大猷说：“数年之前，有徽州、浙江等处番徒，勾引西南诸番，前至浙江之双屿港等处买卖，逃免广东市舶之税。及货尽将去之时，每每肆行劫掠。”[64]不仅如此，他们利用引诱和贿赂等卑鄙手段，通过一些贪利之徒，与豪绅将吏相勾结，杀人越货，无恶不作。更为严重的是，他们要霸占中国的领土双屿港。葡萄牙人克鲁斯说，“他们在宁波的岛屿（按指双屿港）度冬，并且居留下来，很自由。可是他们心犹未足，还要得到‘领土的管辖权’，妄图把双屿港变成他们的殖民地”[65]。可是，近来有的人枉顾这些历史事实，却说葡萄牙人进行的是和平贸易。
与葡萄牙殖民者相勾结的是中国的海盗商人李光头、许栋等人。李光头、许栋开始是海商。李光头，福州人；许栋，广东潮州饶平县黄冈人，或说歙人，最初因罪被囚在福建监狱。嘉靖十九年（1540），李光头、许栋等百余人越狱，逃往海上。李光头在这年于双屿与勾引西番交易的金子老合伙，许栋于嘉靖二十二年（1543）与李光头合伙。当时“闽人李光头、歙人许栋踞宁波之双屿为之主，司其质契。势家护持之，漳、泉为多，或与通婚姻。假济渡为名，造双桅大船，运载违禁物，将吏不敢诘也”[66]。“司其契质”是经商，不是海盗。但他们很快就不单纯从事贸易，而是同时进行海盗活动。朱纨曾指出：“贼首许二（许栋）等纠集党类甚众，连年盘据双屿，以为巢穴。每岁秋高风老之时，南来之寇，悉皆解散，惟此中贼党不散，用哨马为游兵，胁居民为向导，体知某处单弱，某家殷富，或冒夜窃发，或乘间突至，肆行劫虏，略无忌惮。”[67]这样他们就成为海盗，是亦商亦盗。《虔台倭纂》的作者谢杰说，双屿“港在定海之霩
所，贼李光头、许栋等所屯，由庚子至戊申[68]盘据者九年，营房、战舰无所不具”[69]。勾引葡萄牙人和倭寇盘踞在双屿港，拥有战舰，肆行劫掠，这就是亦商亦盗李光头等海盗商人的真实嘴脸。有的人将他们描写成进行和平贸易的商人，说什么“海商志在利润，并不打家劫舍”，不知是有意美化这些海盗商人，还是不顾事实的胡说。
正是由于葡萄牙人占据双屿并和中国的海盗商人一起肆行劫掠，年甚一年，日甚一日，明廷才不得不采取措施。
嘉靖二十六年（1547）六月，“巡按御史杨九泽言：‘浙江宁绍台温皆枕山濒海，连延福建福兴泉漳诸郡，时有倭患。沿海虽设卫所城池，控制要害及巡海副史、备倭都司督兵捍御，但海寇出没无常，两省官僚不相统摄，制御之法终难画一。往岁从言官请，特命重臣巡视，数年安堵，近因废格，寇复滋蔓。抑且浙之处州与福之建宁连岁矿寇流毒，每征兵追捕，二府护委，事与海寇略同。臣谓巡视重臣亟宜复设……’上曰：‘浙江天下首省，又当倭夷入贡之路，如议设巡抚兼辖福建福、兴、建宁、漳、泉等处，提督军务，著为例。’”[70]
七月明廷任命巡抚南赣汀漳的左副都御史朱纨巡抚浙江兼管福建福、兴、建、宁、漳、泉等处海道。嘉靖二十七年（1548）又给朱纨以旗牌，使其具有便宜行事的大权。
朱纨，字子纯，长洲（今江苏苏州）人，正德十六年（1521）进士，先后任过景州（治今河北景县）知府，南京刑部员外郎，四川兵备副使，广东左布政使。嘉靖二十五年（1546）九月，升为右副都御史，巡抚南赣汀漳。他“清强峭直，勇于任事”[71]。(www.xing528.com)
朱纨任职之后，迅速了解了闽、浙的海防状况和贼患之所以越来越严重的原因，决定采取一系列措施，加强海防，消除贼患。其具体措施一是革渡船，严保甲。他严格禁止船只出海，查禁一切渡船，杜绝与倭寇往来。严格保甲制度，搜捕勾结倭寇之人。二是整顿军队，加强海防军事力量。沿海各水寨、港澳、巡检司，原有舰船破损严重，数量锐减。朱纨首先令各寨澳清查舰船数量，修复破损舰船。三是调整、添置沿海防御设施。朱纨不仅注意添置战舰，加强海上防御，对沿海岸上防御也十分重视。凡防御疏漏之处，该添置寨所的加以添置，该调整防务的加以调整，以使贼寇即使在海上不被歼灭，也难登岸劫掠地方。四是部署官军，严守沿海，防止敌人劫掠。朱纨在整饬海防的同时，准备对盘踞于双屿的葡萄牙殖民者和与其勾结的亦商亦盗的李光头、许栋等海盗进行剿捕。
双屿东西两山对峙，南北俱有水道相通。水道入口处有小山作为屏障，港内空阔二十余里，能避风涛，能泊舰船。葡萄牙人和许栋等在此修建了营房，置备了战舰，日夜派人扼守入口，是一个难以攻破的巢穴。朱纨鉴于这种情况，决定采取“合闽、浙二省之兵，协力夹攻，待时而动”[72]的作战方针。他令卢镗专任此责。卢镗接受命令后，与海道副使魏一恭、备倭指挥刘恩至、张四维、张汉等部署兵力，聚集港口挑战。狡猾的敌人开始坚壁不出，企图拖垮明军。后来见势不妙，于嘉靖二十七年（1548）四月七日风雨交加、海雾弥漫的夜晚，逸巢而出，企图逃跑。尽管海况恶劣，明军依然奋勇夹击，大败李光头、许栋等一伙，俘斩溺死数百人，贼酋许六、姚大总及大窝主顾良玉、祝良贵等被擒[73]。卢镗率兵进入港内，焚毁战舰，荡平双屿港。第二天，从南麂山（在今浙江平阳东南海中）等地回来的敌船，知贼巢已破，无地容身，遂潜泊于下八山（在今嵊泗县境内）。
双屿之捷后，朱纨令卢镗和海道副使柯乔继续追剿。卢镗分兵，四月与倭寇战于九山大洋（今浙江象山东南韭山列岛附近海域），百户张烨为先锋，指挥张汉继其后，大败倭寇，俘斩倭酋稽天新四郎等55名，溺死无数[74]。
嘉靖二十八年（1549）正月，从双屿逃往浯屿（今福建龙海市港尾镇东浯屿岛）的葡萄牙人，在明军的压迫下退出浯屿。[75]二月[76]，又窜犯诏安。副使柯乔、都司卢镗与之战于走马溪（在今福建东山南陈城镇内），共擒96人[77]，其中既有葡萄牙人，也有勾结葡萄牙人的海盗头目李光头等。朱纨根据当时情况，将李光头等斩首于演武场。
经过双屿之战、诏安之战，朱纨将葡萄牙人赶出了浙江、福建。葡萄牙人欲在浙、闽建立永久据点的企图破灭了，不得不再回到广东，于嘉靖三十三年（1554）借口进驻濠镜（今澳门），并逐渐把濠镜作为他们的永久据点。
朱纨所进行的双屿之战收复了被葡萄牙人占据的双屿港，铲除了殖民者和中国海盗年甚一年、日甚一日对当地百姓的劫掠，维护了国家的领土主权，保卫了民众的生命财产安全，是一次了不起的胜利。但是今天竟有人说：“六横岛上的港口简陋冷清，让人难以想象它五百多年前的繁荣——当时，这里诞生了声震海内外的双屿港，它悬居海洋之中，地理位置优越，山抱海绕，易于船只隐蔽出入，曾一度成为亚洲最大、最繁华的海上国际自由贸易港。然而在明王朝残暴的海禁之下，这个‘世贸中心’最终烟消云散，仅在史书中留下了一段辉煌。”是最繁华的海上国际自由贸易港，还是殖民者未经明朝允许，占据中国的海岛，进行所谓贸易的同时还进行海盗的劫掠？试问有哪一个国家对外国人占据自己的国土不闻不问？有哪一个政府允许外国人劫掠自己的人民？如果有，那一定是个卖国的政府。某些学者发表大块文章，不遗余力地抨击这种驱逐外国侵略者、收复国土的举措，说“在明王朝残暴的海禁之下，这个‘世贸中心’最终烟消云散”。似乎他们最为欣赏的是贸易自由，只要有贸易自由，可以让外国人随心所欲地占领他国的国土，劫掠他国的人民。这样的贸易自由到底对谁有利呢？这样的贸易自由也是值得颂扬的吗？而对维护国家的领土主权，保卫民众的生命财产安全的军事行动则大加斥责，这难道是一个正直的学者应该有的态度吗？
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