清代西方医学和药学在中国的影响进一步扩大。康熙年间，天教教徒王宏翰是一位博通儒学的医生，采用艾儒略《性学粗述》、高一本《空际格致》和汤若望《主制群征》等西医学说，于1688年撰《医学原始》四卷，1697年完成《古今医史》九卷，还有其他的医书，因此王宏翰被称为“我国最早接受西说之医家”。[77]西方医学也是康熙帝感兴趣的一个科目。他任命精通外科医学的传教士罗怀忠行走内廷，还任命罗得先、安泰为扈从医生，并命巴多明用满文翻译法国皮理的《人体解剖学》。
清代中国西医院不断增多。1820年，东印度公司助理医生李文斯东和马礼逊在澳门开设一间小型医馆，并聘用了一位中医坐诊，开创了医药传教的方式。1820年9月，李文斯东在写给米怜的信中说：“马礼逊博士几个月前还开设了一家医馆，为中国穷人治疗疾病并且发放药品。每天早上他都亲自到医馆照料一两个小时……通常每天都能看到10至15个病例。”[78]另一名医生郭雷枢（1796—1879年）在澳门开办眼科医院，免费为患者治疗，据说五六年间共治疗患者6000多名。1825年，美国来华的传教医生伯驾在广州开设眼科医局，开创了中国利用西医诊治眼病的先河，是我国“西医院之鼻祖”。眼科医局最早是英国人哥利支和美国人伯驾合作创办的眼病赠医所，继由伯驾在十三行的新豆栏街扩充为眼科医局，先后易名为仁济医局、博济医馆、博济医院。博济医院是中国第一间综合性西医医院，1866年成立的博济医校是中国最早的西医教会医学校，即今中山大学孙逸仙纪念医院前身。伯驾凭借精湛的医术，在开诊6个星期，已有450人前来就诊。1838年，在英国传教医生郭雷枢倡议下，传教医生在广州成立了中国境内最早的全国性西医学机构——“中华医学传教会”郭雷枢担任会长，副会长为伯驾和裨治文，其目的是通过医药开展传教活动。
鸦片战争前，只有澳门和广州有西人开设医院。战争爆发后，广州西医院被撤消。五口通商后，外国人开始在其他通商口岸行医，西医院数量大增。一般来说，凡是有教会活动的地方，就有西医院的设立。“每一教会皆各有一个或一个以上之医院，而在多数之处，则医学校亦随此医院而兴矣。”[79]是年，广州有两所西医院，一是博济医局，“每逢礼拜一、礼拜三、礼拜五看症。倘有奇难杂症，到局就医。内有住所，年中亦赠种洋痘”。一为惠爱医馆，“在省城金利埠，每逢礼拜二、礼拜六，俱十点钟时看症。如有奇难杂症，请到局就医。内有住所”。[80]
外国人在广州等地开设医院，不仅培养了一批西医人才，如黄宽、张竹君、梁培基等，而且推动了西药在广东的销售。1870年，英国商人在广州开设屈臣氏药房，除在英国采办酊剂、片剂及原料供应英国医院外，还以西药为主制成疳积饼、风湿水、花柳水和咳嗽糖浆等10多种成药。这些成药便于携带，服用方便，有一定的疗效，受到大众欢迎，广泛行销。后来西医广布，仅两广就有外国人开设的医院10多家，西药供不应求。为了克服西药不足，博济医院的几位医生联合出资，委托罗开泰开设了广州第一家由华人创办的西药房——泰安药房。四邑华侨因得风气之先，后又相继在广州开设了中兴、仁信、积臣、祥安、仁安、永华、活伦、仁寿等多家西药房。[81]
西医学教育逐渐兴起，传教士陆续在中国开办医学教育。1827年高赉巨到达澳门，设立药房，第二年迁至广州。1835年，伯驾在广州为自己的3名中国助手开办了一个医学班，可以视为中国西医学教育的先导。伯驾的学生关韬，又名关阿杜，成就最大，擅长眼科和外科，曾代理伯驾主持眼科医局。第二次鸦片战争期间，到福建清军服役，因功被授五品顶戴。他是中国近代第一位西医生，也是中国第一个西式军医。[82]鸦片战争后，西医学校进一步增多。1866年，美国医生嘉约翰在广州创办华南医学校，附属于广州博济医院。该校修业期限3年，课程有解剖学、生理学、外科、内科、药学、化学、临床实习等。嘉约翰自任校长，并自编多种教材。中国第一位医学博士黄宽任教于该校。华南医学校招收女生，张竹君曾在此学习。民主革命先驱孙中山于1886年在该校就读。1881年，英国医生马根济创办天津医学馆。1906年，英国基督教在北京创办协和医学校。1907年，德国医学博士埃里希·宝隆在上海创办德文医学堂。[83]
黄宽曾远赴英国，入读英国爱丁堡大学，成为中国第一个毕业于英国医科大学的毕业生。1858年，他回到广州，先在府学东街开办了一所医药局，接办惠爱医局。1866年，博济医院附设医学校，黄宽被聘为教员，担任解剖学、生理学和外科学课程，容闳评价他：“以黄宽之才之学，遂成为好望角以东最负盛名之良外科。继复寓粤，事业益盛，声誉益隆。旅粤西人欢迎黄宽，较之欢迎欧美医士有加，积资亦富，于一八七九年逝世，中西人士临吊者无不悼惜。”[84]1898年，嘉约翰在广州芳村创建了一所精神病院。
随着就医人数增多，西医声誉提高，西医西药传布日广，中国人相信西医并求诊也日趋广泛。1839年，林则徐到广州禁烟，也曾间接地要伯驾为他治疗疝气。1840年4月《中国医务传教会一八三九年医院工作报告》全文如下：
疝气。林则徐，钦差大臣，原湖广总督，现任两广总督。……他第一次求助于本院是在七月。但不是为了治病，而是为了滑达尔的《各国律例》中的某些段落的翻译问题，他手头已有了这本书。……差不多与此同时，他通过南海知县和诰官——行商的首领，要求我“给他一些治疗疝气的药物”。我用中文向他详细说明了这种病的性质，画了一幅病变部位的解剖图，还说明了欧洲人治疗这种病的方法，然后告诉他，为了减轻症状，必须带上一种托带。但它首先必须由医生为病人配置。这就发生了问题：他害怕让外国人过分接近。紧接着，钦差大人又因公务到虎门去了，因而直到秋天以前，这事没有再提起。到了秋天，我在北京的一位老朋友——一位官员来要我替钦差大臣找一副拖带。他自己已带过一副，而且大受其益。我向他说明由医生配带的重要性，不然，弄不好反而会加重病情。那人精明地答道，他带了那么久，对它的用法也应懂得一些了……。一晃又过了一、两个月，这时两名钦差大臣的随从前来就诊。一个患疝气，另一个头脸部有皮肤感染。我们为前者配了托带。他非常高兴地说，他有个朋友是高官，患有同样的病，患部很大——按他的描述，就像他的脑袋一般大。但由于官规的约束，他不能来看医生，也不能让医生去看他，我们仍然拒绝给他托带。……尽管我们向他解释，广州患疝气的人很多，他的一副可用一年，以后会有更多的托带的，剩下多少他都看到了，但他仍对要不到手十分不满。
送给钦差大臣的托带，效果好极了。只有在他咳嗽时，腹部容物有时才下坠。从他对自己病状的描述中，他看来还患有气喘病。我们于是给了他一点治疗的药物。作为报答，他送来了一些水果之类的东西。还要补充的是，钦差大人特别询问了有关眼科医院的事项，获知了这方面的真实情况以及设立在其他国家的这类医院的情况。他还表示了他对这些工作的赞许。[85]
另外，英国医生马根济曾在中国医生认为无望的情况下，治好了李鸿章夫人的病，得到李鸿章的信任，支持他开办中国第一所官办西医学堂——北洋医学堂的前身。19世纪70年代以后，西医学在中国的地位有所上升。1886年，西方新教差会在华传教医师在上海成立“中国医博会”，其宗旨就在于促进西医学在华发展。随着教会医学教育的发展，西医医生队伍也不断壮大。据1919年出版的《广州指南》记载，当时广州仅开业女西医就有28人。[86]
西医的推广，加速了西方医术的东渐。英国医生琴那受中国人痘接种医术的启发，试种牛痘成功，于1781至1800年间撰文向中国介绍。具体方法是将牛痘的浆注入人体，使之产生免疫力，从而防止天花。1803年，英国孟买总督将一批痘苗赠送给澳门东印度公司，首次在澳门试种牛痘，但未成功。1805年，英国外科医生皮尔逊利用从马尼拉运来的另一批痘苗，再次在澳门试种牛痘，获得成功，并撰文宣传。广州十三行会隆行商郑崇谦来到澳门，得知牛痘接种成功的消息，将皮尔逊的文章编译为《牛痘奇书》出版。此后，皮尔逊到广州行医，又得到十三行巨富伍鉴、潘有度、卢观恒的资助，在洋行会馆设牛痘局施种牛痘，每八天开种一次，30年间共为100万人接种了牛痘。广东南海人邱熹也奔走于澳门与广州之间行医，1809年在澳门向皮尔逊学习接种牛痘技术，先在自己和家人身上接种，证实取得可靠效果后，在广州为居民接种牛痘达千百例。1817年，邱熹将自己积累的接种牛痘经验和心得加以总结，写成《引痘略》。他在自序中说：(www.xing528.com)
嘉庆元年，外洋医人悯其国中婴孩，常遭此厄，尽心讲求，得牛痘之法，于毒之未发，先行引之，不择天时，不烦禁忌，不延医，不服药，以此流传邻近诸国，如响斯应。迨嘉庆十年四月，由小吕宋舟载婴儿，递传其种以至澳门。予时操业在澳，闻其事不劳而效甚大也。适予未出天花，身试果验。洎行之家人戚友，亦无不验者。于是洋行好善诸公，以予悉此，属于会馆专司其事，历十数寒暑。凡问途接踵而至者，累百盈千，无有损失。[87]
该书广泛流传，在湖南、甘肃、上海等地多次重版，并被多种医学丛书收录，加速了牛痘接种技术在全国的传播。在他们的大力推动下，牛痘接种范围日益广泛。由于种痘效果明显，很快在全国传播开来。1828年，潘仕成到北京，在南海会馆设立痘局，由广东人余心谷主办，北京的医生争相前来学习接种牛痘技术。以接种牛痘防止天花的医术由此而传遍全国各地，深得民众称赞。南海人伍秉镛有诗曰：
人事补天天无功，天心牖人人乐从。
牛痘自种始夷域，传来粤海今成风。
等此批隙导大窍，化尽阴厄调鸿蒙。
爷娘未省吃惶恐，保尔赤子硕且丰。
丘君挑剔最纯熟，两臂按穴霏轻红。
以气感气血感血，岂必炫耀矜神工。[88]
光绪《广州府志》卷一六三《杂录四》对此有较详细记载：“乾隆间，蕃商哆啉呅携牛痘种至粤，其法用极小刀向小儿左右臂微剔之，以他小儿痘浆点入，两臂不过两三点。越七八日，痘疮即向点处发出。比时行之痘大两倍，而儿并无所苦。自尔不复岀，即间有出者，断不至毙，诚善法也。洋商郑崇谦司马刊《种痘奇书》一卷，以广其传，其原痘浆殆岀之牛，故称牛痘云。顾粤人未深信，其种渐失。嘉庆辛未（1811年），蕃商刺佛复由小吕宋携小夷数十，沿途种之，比至粤，即以其小儿痘浆传种中国人。洋商潘有度、卢观恒两都转、伍秉鉴方伯共捐银三千两，发商生息，以垂永久，募习者，得番禺梁辉、香山张尧、南海邱熹、谭国四人，其后梁返黄埔，张归翠微，邱、谭两人遂擅其技，初设局洋行会馆，后迁丛桂里三界庙西偏。至道光壬寅（1842年），经费为当事者亏折，伍方伯崇矅遂独力支拄者十年。至同治壬戌（1862年），制府劳文毅公崇光札谕惠济义仓，岁拨银约百五十两，仍俾当事者后人分董之，以永其传。”
与此同时，西医学和西药学理论对中国的影响也进一步扩大，中国出现了一批有成就的西医和中西医结合的医生。如王宏翰研究并吸收艾儒略、高一志和汤若望等西医理论著作精华，于1788年写成《医学原始》一书，此为中国最早的西医著作。王清接受邓玉函《人身概说》和罗雅谷、龙华民《人身图说》的人体解剖学理论，在1830年写出《医林改错》，论述利用尸体解剖验证病理和改进医疗措施的理论，开创了中西医结合的医疗理论和技术，提高了中医的科学性。据不完全统计，晚清时期，仅广州惠爱书局出版的西医专著就有《全体新论》《西医五种》等多种。
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