面对不同时期的海盗形式，清政府实行的剿抚海盗的政策不尽相同。官方的对策主要可分为两个时期，一是清初官方应对海盗的策略，二是嘉庆年间面对旗帮海盗和蔡牵等海盗集团的政策转变。
顺治元年（1644年），由于郑氏集团和海盗相互合作，对清王朝构成了威胁，清政府采取了一系列清剿海盗的措施。自顺治九年（1652年）起，清廷施行海禁，要求沿海地区官员焚毁船只，意图切断郑氏集团的供给来源。同时规定沿海地区的商人不得私自出海贸易，违者严惩。顺治十八年（1661年）至康熙元年（1662年），清廷又实施迁界，要求沿海百姓内迁30至50里不等。这些政策的实施都是为了稳定沿海的失控局面，其实施成效可从康熙元年（1662年）广东顺德县桂洲事件中管窥一二。
桂州事件发生在迁界令实行期间。康熙元年（1662年），尚可喜派兵在广东顺德桂洲乡剿村行动引发的一系列事件。当年八月八日，“桂洲乡有小丑百辈，夜聚鸣锣，焚劫里村诘旦。贼杀一仇，竿首传街，连日白牌，鸣锣不歇，阖乡惊惶。中旬一日，保甲绅老赴县陈情，城闭不得进。翌日，岳游府拥兵沿河示剿”。[73]可见，当时广东官员对海盗等贼的留心查拿。桂洲乡当时面临前所未有的危机。该乡的胡天球倾尽家资，胡式舆拿出八百金以及众人筹集的二万多，乡村才免遭洗村之险，“而藩下军官仍索饷馈，天球乃罄家赀，与子景泰竭蹶筹画，同族式舆亦倾产八百金，倡众共醵二万有奇犒焉。乡乃获免”。[74]但是这件事并非仅靠金钱疏通就可以彻底解决，后来该村共交出五十六人，“今数日来，乡民擒送及右卫守备邱如嵩陆续招抚者共五十六人”。[75]即便如此，官方仍然认为有许多人逃脱，并要求交出贼首，方可了解。这时，一位名叫胡渐逵的乡人出来自首，承认自己就是海盗首领。直至此人被杀，桂洲事件才告一段落。值得深思的是，胡渐逵在乾隆年间的《顺德县志》中被纳入忠义，“胡渐逵，桂洲人，慷慨尚义……，乡人搜获蛋窃数人，畏死不承。渐逵乃慨然曰：我非盗，然杀一己以活数万人，所愿也。况汝等向曾为窃乎？拉同赴军前，渐逵挺认贼首就戮。兵藉以解，乡人德之”。[76]可见，胡渐逵声称并非为贼首，只是为了全乡的安危挺身而出。据鲍炜推测，胡渐逵很有可能因身世孤寡，才被乡人推出来成为了牺牲品和替罪羊。若此推测成立的话，那么至少可以判定在清初厉行迁界令时，真正拿获的罪犯不一定就是真实的海盗。当时很多普通百姓往往具有双重身份，即服从官府统治就是良民，逾越官府管理之外就是海贼。[77]
有鉴于此，在清初实行海禁、迁界等措施时，尽管文献记载说：“粤东盗贼窃伏，兵临其地，辄称尽行剿洗。”[78]但实际围剿“盗贼”的成效应该是有限的。也正因为如此，康熙八年（1669年），清廷开始部分展界，允许一些沿海地区的居民返回故里。清军最终依靠强大的军事优势，成功清除一些土盗以及郑成功的部将，康熙二十三年（1684年），迫于清军势力的强大，明郑政权归降，接着清廷就放开海洋贸易，意味着沿海的海盗势力暂时得以消解。
直至18世纪末，中国沿海的海盗又呈现迅猛发展的趋势。此时，中国西部地区爆发白莲教起义，社会矛盾较为尖锐，清政府几乎无暇东顾海洋，嘉庆初，官府应对海盗的成效略显疲软态势，“官兵分则势单，合则顾此失彼，往往闻信追拿，匪船已扬帆而逸”。[79]乾隆嘉庆之际，两广总督的频繁更换，其原因之一就是他们在任期间对广东海域的海盗的束手无策。[80]时清军围剿海盗的水师，无论是船只还是炮械都较薄弱，而且海洋定期巡查制度形同虚设，甚者，水师官弁有时还与海盗沆瀣一气，“闻广东洋匪较多，一由于营伍废弛，一由于经费不敷。营伍所以废弛之故，皆因兵丁等多与洋匪声气相通，每遇出洋巡辑，该兵丁等不但不能出力，并与洋匪相通，消息致令远飏，且于本营督抚、提镇各官渐不知畏惧，文员虽亟欲设法擒捕，竟至无计可施，武官因所带兵丁与洋匪潜相勾结，呼应不灵，即欲督捕，亦非一人所能剿办，是以动形掣肘，洋匪乘间劫掠，肆掠无忌”。[81]
嘉庆十年（1805年），新任两广总督那彦成上任，为了增强水师的战斗力，以尽快解决海盗问题，他提出了如下策略：一是建造33艘新船，以替换陈旧的米艇，且向渔民有偿征用渔船，组建民船船队；二是各乡组建团练自保，并参与抵御海盗战斗；三是在要道建“碉楼”，以预警海盗侵扰；四是修建深沟大堤，凡近海村落须挖深12尺、宽20尺、岸高30尺的深沟大堤，以防海盗出入。1805年夏，一支由80艘炮舰组成的舰队开始全力攻击海盗，并在9月5日广州湾战役击毙海盗79人，取得暂时胜利。9月13日，海盗意图抢夺90艘即将驶出电白的盐船，但在盐丁和官兵防御下，海盗败阵。9月20日，兴平港之战剿灭海盗600名，毁坏海盗船只18艘。但这些损失几乎仍无法遏制海盗联盟嚣张气焰。那彦成改变策略，于1805年秋发布告示，鼓励被迫为盗的人前来投诚，10月底，共有1813名海盗投降。那彦成给予投诚海盗官衔和银两奖赏。但这一措施立即产生负效应，以致民间传言“荣以顶戴，加以重赏，……为民不如为盗”。那彦成由此被皇帝解职，充军流放伊犁。接替那彦成的是吴熊光，上任伊始还是面临剿抚海盗问题。吴熊光上奏皇上建设一支登花船队。这种船只长约100英尺、宽21英尺、高9英尺，造价至少每艘为7000两银子。这一建议被搁置。吴熊光不得不雇佣民船和盐船剿灭海盗，时红旗帮帮主张保仔实力强大，1808年，张保仔设计潜伏港湾，虎门镇总兵林国良追击，被海盗船围住，清军水师损失惨重，25艘船只仅剩7支。[82]张保仔的海盗初步扫除了进入珠江的重要障碍。
在此存亡之际，嘉庆皇帝下令百龄出任两广总督。百龄上任后，加紧建造40艘米艇，大量雇佣私人船只用于海战。他推行海禁政策，下令广东沿海地区的盐由海运改为陆路，断绝海盗劫掠对象。1809年，许廷桂成功剿灭白旗帮，但却被红旗帮张保仔率300艘船只对阵，许廷桂所率米艇损失近三分之二。至此，朝廷开始马不停蹄赶造米艇和铁炮。此外，黑旗帮郭婆带率领近百艘船只沿河袭击附近村庄，并威胁各村庄交纳银两。三善村因拒不缴纳，而被黑旗帮血洗村庄。百龄在任期间，广东沿海乡村民众自发组织乡勇，积极防御和抵抗海盗侵扰沿海地区，据统计多达17次之多，中间不乏打退海盗侵扰的行动，即“盗匪退却”，但总体来看，乡勇仍难以对抗海盗的有组织行动。[83]
尽管村民的抵抗大多以失败告终，但如果没有这群自发抵抗的民间力量，海盗势力的发展将更加强劲。与此同时，水师与海盗间的角逐一直在进行。海盗张保在大屿山击败水师。海盗到处张贴告示，痛斥水师内部腐败，希望新任总督多加约束，并承诺不再骚扰其辖区。1809年，海盗发布的具体文告如下：
我辈漂泊海上，泣告如下：我等流为海匪，非为它故，概由官吏人等均怀暴虐之心，只知榨取民财所致。今广州城终于迎来青天白日大老爷。(www.xing528.com)
香山县令不知其罪，亦不知其过；对于自己的所作所为，毫无悔改之心。对于自己兄弟子侄的作奸犯科，不加任何约束，且纵使彼辈搜刮聚敛，胡作非为。以故凡有大批稻米运往澳门，每包抽取五分银子；同样，凡有稻谷或日用杂货运往广州，每船每艘抽取50元洋银。……
举凡带兵之官，人人畏死。彼辈一心所系，便是攫取他人囊中钱财，为的是日后兵权不再、解甲归田之时，可用所得之钱购屋置产。若所言不实，彼辈当即刻出海与我辈开战；一旦得知我辈大帮开来，彼辈便寻找种种借口，如修船、补帆、忙这忙那，装得煞有介事——如同我辈所闻知的一般，泊于澳门的官军水师在我辈到来之前，总是寻找各种骗人借口，开往他处巡弋。更有甚者，统兵之官在得知我辈离去之后，便向上司捏造谎报，妄说我辈畏惧与战，业已窜往别处。
……我辈切望“百青天”能将此等官佐削职惩治，且能俯察我辈之所议所怨。果能如此，我辈当不再为匪为贼，且将驾乘船艇，远走他乡，决不冒犯“百青天”辖下之地界。[84]
文告指出香山知县、水师内部各种搜刮钱财的手段，有的水师兵丁为了获取钱财，谎报海盗行踪。海盗呼吁总督百龄能严查弊端，处置犯罪官员，作为不再冒犯百龄管辖地界的条件。文告反映了当时海盗内部已经出现投诚的愿望，1810年变成了现实。
也因此之故，海盗联盟内部出现了不和。1809年12月，黑旗帮乘乱袭击了红旗帮，标志着海盗联盟内部瓦解的开端。1810年1月13日，黑旗帮帮主郭婆带与两广总督百龄在归善县商谈投诚条件，郭婆带同意投诚，百龄赏赐其把总头衔。从郭婆带向官府呈递了投降文书中可知，他们之所以从事海盗的勾当，也是因为生活所迫，“今蚁等生逢盛世，本乃良民，或因结交不慎而陷入萑苻，或因俯仰无资而充投逆侣，或因贸易而被掳江湖，或因负罪而潜身泽国。其始不过三五成群，其后遂至盈千累万，加以年岁荒歉，民不聊生，于是日积月累，愈出愈奇，非劫夺无以延生，不抗师无以保命。此得罪朝廷，摧残商贾，势所必然也”。同时也表达了海盗生活之不易，“然而，别井离乡，谁无家室之慕；随风逐浪，每深萍梗之忧。倘遇官兵巡截，则炮火矢石，魄丧魂飞；若逢河伯行威，则风雨波涛，心惊胆落。东奔西走，时防战舰之追；露宿风餐，受尽穷洋之苦”。[85]因此，对众多迫于生计而从事海盗的普通成员而言，郭婆带的这份投降文书更像是一种号召书，鼓励身处困境的海盗弃暗投明。自黑旗帮投降后，其他活动在广东惠州府、高州府、雷州府、广州府等海域的海盗也陆续投降。截至1810年2月海盗黄旗帮、红旗帮等投降人数将近万人。
海盗大联盟趋向瓦解，红旗帮帮主张保仔也派手下郑从富与官府试探投诚条件。百龄抓住时机，派人与郑从富面谈，官府要求海盗交出所有船只并上岸定居。这一条件没有为张保仔接受。百龄试图答应张保的要求，但却遭到嘉庆帝反对，“如果该匪真心来投，自应将船只器械全数呈缴，何必呈恳留匪船至数十号之多。”[86]不久，张保仔谋求与英国人合作，双方达成协议，张保仔不再骚扰英国船只，英国军舰不再打击海盗。于是红旗帮与广东官府的和谈一度陷入僵局。后郑一嫂率团亲自前往广州与百龄会谈，要求至少保留一支运盐船。1810年4月20日，红旗帮率近两万人投诚，上缴船只200多艘，火炮1000多门。张保仔获得千总官衔，并保留二三十只帆船。投诚后的黑旗帮和红旗帮，协助清军水师围剿以前的盟友乌石二和东八海。至此，广东沿海的海盗势力基本肃清。百龄采取剿抚兼用的策略获得成功。[87]
嘉庆年间，清政府还几乎同时围剿闽浙沿海以蔡牵为主的海盗帮派。时任浙江巡抚阮元和浙江水师提督李长庚为了应对闽浙沿海流窜的海盗，采取了以下措施：一是建造霆船。时海盗之船比清军水师船只高大，阮元倡议官商捐资建造大船，又在杭州和温州铸造大炮，“巡抚以浙无大木，工匠不娴于造船，率官商捐金得十余万，尽以给李总兵，使其子弟亲丁造船于闽……又于杭州、温州设冶局，铸锻大炮四百余门”。二是厉行保甲，切断接济海盗的渠道，“檄沿海村岸，十丁立一甲，十甲立一总甲，一村立一总保，一山一嶴立一嶴长，给以费，使之互纠通贼者，获之有赏”。[88]各地官府还对在海上作业的渔船则实行船甲制，道光《琼州府志》卷十九《海黎志》记载：“十船为一甲，立一甲长，三甲为一保，立一保长，无论地僻船稀，零星独钓，有无罟朋，大小料船俱要附搭成甲编成一保，互结报名，自相觉察，按以一犯九坐之条并绳以朋罟同
之罪。”三是联防会剿。因海盗常跨越浙江、福建、山东、广东诸省，阮元于嘉庆五年（1800年）上奏提议三省水师联防会剿，“臣愚以为分而御之，不如合而擒之之为得也。况浙江水师拿获苏柳一案，追过江南，直至山东黑水洋面，今春追艇匪，亦复越过全闽，直至广东南澳。是浙省追捕洋匪，本属无分畛域。合无仰恳皇上天恩，饬令两广督臣选派勇干镇臣，带领米艇兵船二十号，配足兵械，乘此南风旺盛之时，飞速来浙。并饬闽浙督臣派拨兵船多只，一体前来会剿。”[89]
嘉庆十年（1805年），浙江水师提督李长庚率部在黑水洋与海盗蔡牵部开战，提督不幸牺牲，但蔡牵也损失惨重。嘉庆十四年（1809年），李长庚旧部将邱良功出任浙江提督，又一部将王得禄出任福建提督，闽浙相互配合条件成熟。在此之前，闽浙很难真正相互配合，“初，公（李长庚）以谋勇耐辛苦，受仁宗知遇。屡立功，军事悉主阮公。福建忌之，故主招抚，后被绐，益恚怒，而阮公又以忧去，福建益阻挠公”。[90]邱、王二人密切配合，与蔡牵船队在浙江定海交战，蔡牵“知无救，乃首尾举炮自裂，其船沉于海”。[91]最终平定了蔡牵海盗势力。
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