清初禁海、迁海政策，在一定程度上断绝了海上反清势力的补给，但也遏制了中国沿海地区海洋经济的发展，尤其是迁海最严重的福建、广东地区，人为地制造了滨海地带的无人区，造成了明末以来蓬勃发展的海洋贸易式微的态势。
康熙元年（1662年）迁海后，福建巡抚许世昌就说：“海上新迁之民，死亡者八千五百余人。”[43]广东沿海地区的情况也无二样，康熙四年（1665年）李率泰说：“臣先在粤，民尚有资生，近因迁移渐渐死，十不存八九。”[44]这种现象其实在沿海迁界地区普遍存在，“上自辽东，下至广东，皆迁徙，筑垣墙，立界石，发兵戍守，出界者死。百姓失业流离，死之者以亿万计”。[45]迁海严重阻断了滨海民众以海为生的惯习，富家大贾也因禁海和迁海而日渐衰败，“往时闽中巨室皆擅海舶之利，西至欧罗巴，东至日本之吕宋、长崎，每一舶至则钱货充牣……是以富甲天下。自海禁严而闽贫矣”。[46]广东因海禁也民不聊生，“百货不通，民生日蹙……沿海居民萧索岑寂，穷困不聊之状，皆因洋禁”。[47]民间致贫，落草为寇成为常态，“前因迁其地土，故走而为盗，后因发往外省，令弃其故土，而复为盗”。[48]迁海后，朝廷赋税也受影响，康熙十二年（1673年）福建总督范承谟说：“自迁界以来，民田废弃二万余顷，亏减正供约计有二十余万之多，以致赋税日缺，国用不足。”[49]据光绪《新宁县志》卷十四《事纪略下》记载，康熙七年（1668年）广东巡抚王来任说，广东“每年抛弃地丁钱粮三十余万两”。这些税额又被摊派至江南地区，“惟以浙、闽、山东等处因迁而缺之课额，均摊于苏松之不迁之地，曰摊派，而盐课之额极重矣”。[50]由此可见，海洋贸易一旦被搁置，对社会经济发展所产生的不利影响是全局性的连锁反映。
康熙十八年（1679年）清廷与三藩的战争形势逐渐好转，台湾郑经跨海攻打福建、广东的行动也宣告失败，不得不退守台湾，清军逐渐占据上风，开海被提上日程。同年二月，山东籍工科给事中丁泰奏请有限度地开放江淮至山东一带的海禁，他说：
淮安迤南通大洋者仍应禁也，而庙湾、云台一带为山东门户者应通行也。数百石大艘可通大洋者仍应禁也，而一二百石之小艇沿边行走者应通行也。况庙湾设有专汛游击一员、海防同知一员，海州云台山亦设有游击、守备数员，足供稽察而资备御，无庸另议防守增添兵弁也。至货物之纳税于经管，船只之挂号于本地，皆有旧例可遵。[51]
尽管此时朝廷与三藩的战争尚未结束，但朝廷还是同意了丁泰的请求，从此长江以北地区海域一二百石的小船可以出海贸易。但长江以南地区的海域仍处于厉禁中。康熙十九年（1680年），三藩之乱已经平定，台湾郑氏也成强弩之末，江南巡抚慕天颜又奏请扩大开海范围，他说：
银之出于中国者有限，而开采则利害兼之。银之出于外国者无穷，而以有易无，流通不竭，从古海洋商舶之利于民者莫大焉。往时江浙闽广之富饶倍于他省，岂地产之独厚乎？要皆资于海外者源源而来也。鱼盐之利既为沿海地方所固有，而洋货出入经其地，每有一本而获十利者，或一舶所载，货盈百千万缗。……臣思得海舶通商，诚有益于民生，盖地产所处丝布、药材等货，原属平常之物，一至外国得价数倍，使外国之金银岁入于我，百姓赖以充裕，赋饷赖以转输，岂非生财之大原，较之斤斤议节议捐，不啻霄壤悬殊也。[52]
慕天颜认为开海通商有利于国计民生，也有利于培植国力，“今则盛京、直隶、山东之海船固听其行矣，海州、云台山之弃地亦许复业矣，香山、澳门之陆路再准贸贩矣。凡此庙谟之筹略，岂非见于海利之原可通融，而故弛其禁耶？今所请之开禁，亦即此意扩推之而已。”[53]从慕氏奏折中不难看出，康熙十九年（1680年）朝廷已经逐渐恢复对外贸易。康熙二十二年（1683年），随着对台战争不断胜利，在福建总督姚启圣、两广总督吴兴祚奏请下，朝廷有秩序安排民众展界复耕，康熙二十三年（1684年），经朝臣仔细讨论，康熙帝宣布：“海禁处分之例尽行停止”。[54]
海禁废止前，如何有效管理海外贸易逐渐提上日程。实际上，自康熙二十二年就有官员建议变通前明设立提举司监管征税。康熙二十二年三月，户科给事中孙蕙提出：
查前明沿海地方设有市舶司提举，通洋抽税，虽因革不一，然彼明时，但有海防而无海禁，故环海内外互相贸易，番船估船辐辏。鳞集在粤则粤饶，在闽则闽富。自海禁之令一下，不许片板入洋，而闽粤之富饶渐次消耗矣。又经两逆盘踞，井邑萧条。然外番之货物不绝于中国者，禁于公而未尝禁于私。沿海之督抚提镇视为奇货，蠹胥土豪并寅缘为奸，通洋贸易以奉其官长，如沈上达者正复不少也。今日四方削平，海氛渐灭，琉球、安南诸国信使往来风帆络绎，而且要害之地设兵防守，棋布星罗，断无有连
大艘猝犯内地之虑也。臣愚以为及今事例初罢，当变通市舶提举之制，或令沿海道员郡佐责其管理，或特设专官照各关收税之例。……仍敕下督抚详议开禁之事宜，并酌设官之规条，庶几从前外洋、内洋各项物利徒饱于私囊者，今可归之公家，其有关于国计民生者大也。[55]
这里的“照各关收税之例”，显然是继承明代的制度，因为清初朝廷尚无设关之例，“我朝从未有贸易之举，无案卷可查。今查《筹海图编》一书，明季洪武初，设市舶于江南之太仓，寻罢，改设于福建、江浙、广东，其外藩在江南贸易自明季已改设于福建、浙江、广东三省”。[56]在参考明朝经验的基础上，孙蕙提出派遣专官管理收税。康熙二十三年（1684年）六月初五日，康熙皇帝正式拍板开海设关，“海洋贸易，创收税课，若不定例，恐为商贾累，当照关差例，差部院贤能司官，前往酌定则例”。[57]从康熙二十三年到二十四年（1685年），清廷正式实行开海贸易之后，先后在四省设立海关，分别是“在粤东之澳门，福建之漳州府，浙江之宁波府，江南之云台山”。[58]四大海关设立有一个共同点，就是海关监督衙署所在地，或是该省的政治、经济重心地区，或是首屈一指的重要通商口岸。[59]显然，这是清廷在国家层面重新启动海上丝绸之路的举措。四大海关的职能，主要是为征收沿海贸易及渔船之税而设，所征之税统称“海税”，故海关监督又被称“海税监督”，亦称为“海差”，取代了之前的市舶司制度，这是中国近代海关制度的开始。至此，清初海禁宣告结束，尽管康熙五十六年（1717年）曾下令禁止中国商船赴南洋贸易，却没有禁止外国商船前来中国口岸通商，中国的海洋贸易进入设置海关专门管理的时期，海上丝绸之路重新扬帆起航。
海关监督设立之初，由满汉官员共同管理，置满汉监督各一人，统筹海关事务，笔帖式一人，分管大关口，海关官员两年一换。康熙二十六年（1687年）又规定海关监督由满人专任，一年一换，海关监督直属中央，实行垂直领导。监督由内务府官员充任，往往由皇帝直接派员，大多是满人。以粤海关为例，“粤东海关地面辽阔，事务繁多，洋商胥吏以及地方势豪，引诱串通，弊端百出，监督一官难于稽查防范”。[60]粤海关管辖权一直在中央和地方官员之间更换，乾隆十五年（1750年）复设监督，与总督共同管理海关。乾隆五十七年（1792年），改由监督专管，但督抚仍然负有稽查粤海关的行政责任。至此，粤海关官制最后确立。海关管理的首要职能是征收关税。当时所征收的海外贸易税主要由船钞、货物税和附加税三部分构成。正税包括货税和船钞两种。附加税又称杂税，是在规定的正税之外加征的各种杂费，由原来管关人员私索的各种陋规报出归公而来，名目繁杂。为了增加关税收入，清政府实行关税定额制。设关之初就规定了额税，分为正额和赢余两种。关税定额制的实施，固然有利于增加关税收入，但也造成一些弊端。海关官员为了避免因缺额而造成的赔补和影响仕途，保住海关肥缺和乌纱帽，或千方百计地苛敛商人，或提取下年的部分关税充入上年，造成一缺再缺，恶性循环。海关征收关税的地方称为口岸，海关口岸初由各衙门自发开设，不必报请朝廷核准，雍正七年（1729年）以后，海关口岸添设变动，均须上报朝廷批准备案。
闽海关成立于康熙二十三年（1684年），分别在福州南台和厦门塔仔街设有关署。福州关署设在台江中洲岛南台口，福州、兴化、泉州、漳州及福宁等处设总口，下辖60多子口。闽海关设立后，参照粤海关税则征税。康熙间，闽海关只派一名满洲官员担任监督，海关监督驻扎福州，并遥控厦门关署。雍正六年（1728年），闽海关正式移驻厦门，外国及台湾船只只能在厦门停泊出入。乾隆三年（1664年）后改由福州将军监管海关。[61]闽海关与台湾贸易密切，征税对象主要是外洋船只、渡台船只及南北商船的货物税，乾隆间，福州将军马尔拜在奏折中称：“其进口之税，外省如广东、江浙绸缎、纱罗、布匹、棉花等货，并夷船番锡、胡椒、苏木、黑铅等货。本省如台湾之乌糖、火油、菜子及沿海所产之鱼虾、鲑酱等货。其出口之税，上游则木植、纸张、茶叶、笋干，下游则青靛、瓷器、明矾、荔枝、福橘等货。”[62]于此也可见海洋贸易商品种类的丰富。(www.xing528.com)
与此同时，闽海关的关税收入也不断上升，雍正元年（1723年），每年额银七万三千余两，雍正十三年（1735年）报解税额已达二十万两，乾隆四十四年（1779年）税额突破四十万两，乾隆末年以后，闽海关税额保持在二十万两左右。[63]闽海关还负责福建沿海地区的治安，“福建海关巡查之事，不比他处之关但止稽查货税，凡往来外国及台湾船只，并外国来闽船只出口、入口，皆系海关稽查，是以兼防奸宄。”[64]无论是大陆与台湾的海洋贸易，还是外国商船到福建各口岸的贸易，都说明海上丝绸之路朝着常态化方向发展。
粤海关开设于康熙二十四年（1685年），海关衙署位于广州五仙门，“大关在广东省城五仙门内，康熙二十四年以盐院旧署改建，监督至则居此，银库吏舍并在焉。别有监督行署在广东府香山县澳门”。[65]由于广州集中了来自于世界各地的商船，粤海关在政治、外交及财政经济上对清政府起着其他三关难以比拟的作用，所以乾隆时期朝廷特设专官管辖粤海关，“天下海关在福建省辖以将军，在浙江、江苏者，辖以巡抚，惟广东粤海专设监督，诚重其任也”。[66]粤海关管辖整个广东沿海，负责缉查进入黄埔港的外国商船以及管理行商。粤海关下设有省城、澳门、惠州、潮州、雷州、琼州、高州七大总口及广东沿海70余个小口，其中省城大关总辖各口并负责稽察外国商船进出口务，以及澳门洋商往来船只。
粤海关管理贸易的职能主要包括引水挂号、监督修船和协助稽查等。所谓引水挂号，就是“洋船到日，海防衙门报给引水之人，引入虎门，湾泊黄埔”。[67]各国贸易商船一到万山群岛海面，粤海关就派引水人员上船查验。一看是否确有货物，二问来自哪国，三验所在国家颁发批照。如果经查验确系货船，而且带有批照，就允许到澳门同知处挂号，发给部票（即入港许可证），注明船户姓名，然后再由引水员引入虎门报验。虎门口放行后，引入广州的黄埔港湾泊，等待粤海关官员丈量挣税，开舱贸易。当外国船只回程时，也将批照赴沿海营汛挂号，守口官弁将船号人数、姓名逐一验明，申报广东督抚存案，才能放行。外国船只的修理也要在粤海关的严格监督下进行，乾隆九年（1744年）规定：
夷人采买铁钉、木石、各料，在澳修船，令该夷目将船身丈尺数目、船匠姓名，开列呈报海防衙门，即唤该船匠估计实需铁斤数目，取具甘结，然后给与牌票、印照，并报粤海关衙门给发照票，在省买运回澳，经由沿途地方汛弁验照放行。仍知照在澳县丞查明，如有余剩缴官存贮。倘该船所用无几，故为多报买运，希图夹带等弊，即严提夷目、船匠人等讯究。[68]
外国船只修理前，必须禀报粤海关，由粤海关衙门发给照票放行。同时，粤海关还征收一定数量的修船费，以限制和掌握外船的修理数量。
此外，清政府规定：“各国船货所带护货兵船，不许擅入十字门，及虎门各海口。如敢擅进，守口员弁报明，驱逐”。粤海关立即停止其货船的贸易。货船入口，兵船只准停留在虎门以外，“交易后，随同货船回国，不准少有逗遛。”[69]按照规定，外国商船在广州交易后也必须尽快回国，而乾隆年间经常有外商借称货物未销，滞留广州。因此，粤海关还负有令外国商船在粤销货后按期回国的责任。如果外国船只所载货物确实未销，经粤海关批准，可以在澳门暂住过冬，第二年回国。当时从粤海关出发的船只，可以抵达南洋各国，“近则赴安南、郊京、占城、柬坡寨港口，暹罗、
野、六崑等国，远则赴宋居朥、大呢、丁咖呶、柔佛、单呾、吕宋、苏禄、噶喇吧、文莱、莽均达老、旧港、马六甲、曼咖萨、马辰等国”。[70]
粤海关主要向海外诸国来华船只征税，特别是乾隆二十二年（1757年）广州一口通商后，所有来华船只均在广东靠岸，极大地增加了粤海关的收税。雍正四年（1726年）税额4万余两，此后迅速增加，雍正五年征收税银12.9万余两，乾隆十六年（1751年）征收关税达50万两左右，乾隆五十三年（1788年）达到100万两。粤海关税收收入较高，故有“天子南库”之称。
江海关初设于康熙二十四年（1685年），关署初设于松江府华亭县，因上海河道淤塞，康熙二十六年（1687年）关署移驻上海县城一带。江海关监督初由户部委派，康熙六十一年（1722年）由苏州巡抚监管，委托上海知县兼收。雍正三年（1725年），江海关改由苏松太兵备道监理。江海关初辖24处税口，雍正七年（1729年）裁并6个口岸，仅余18口。江海关地处江浙繁华富庶之地，南北交通便利，“福建、浙江、锦州、山东登莱等处货船及本省（江苏省）通州土物，由海对渡者进浏河、上海等归江海关报税”。[71]江海关在康熙初只是海船往来的补给站，贸易职能尚未形成。到了乾隆时期，随着国内转运贸易的发展，停泊上海的船只日益增多，“凡远货贸迁，皆由吴淞口进泊黄浦，城东门外，舳舻相衔，帆樯比栉，不减仪征、汉口”。[72]可见，江海关主要向国内商船收税。据统计，康熙二十九年（1690年）江海关税收有2.3万两左右，雍正七年（1729年）受关口裁并影响，税额将为2.1万余两，至乾隆十五年（1750年），江海关税额增加至7.8万余两。
浙海关设置于康熙二十五年（1686年），关署在宁波府治南旧理刑馆。康熙二十八年（1689年）因浙海关税率较低，吸引了洋船前来舟山群岛停泊，宁波管理不便，遂于康熙三十七年（1698年）在定海县建立关署，就近检验来往船只并收纳税金。浙海关在全省设有17处关口，主要以近海国内贸易为主，远洋国外贸易规模很小，海关税收相对较低，雍正元年（1723年）税额3.2万余两，乾隆元年（1736年）增至9.1万余两，此后至鸦片战争前，浙海关税额减少甚至出现赔补的现象。
四大海关中，粤海关税收额最高，闽海关次之，浙海关和江海关份额较小，故清前期海洋贸易重心在闽粤沿海。海关口岸的设置，促进了沿海地区商品经济发展，因海关口岸是商品集散及中转站，海关设立后，朝廷虽然设立关口征收赋税，但“举凡对外贸易之事，俱以官商任之。官商所设之行名曰牙行，亦曰官行，亦曰官牙”。[73]行商由家境殷实的行商充任，行商领取官府颁发的行帖开业经商，同时参与海关管理。洋行对外贸的管理主要体现在统销货物、评定价格、保纳税金、监督外商、办理涉外事宜等方面，同时洋行也为出洋贸易的商人担保。清朝设立四海关初，厦门就出现了承包英国贸易的李美亚行商。康熙二十五年广东地区也有“金丝行”“洋货行”等专营对外贸易的行商。雍正时期，浙江地区也有宁波商总代理海外贸易，英国东印度公司商人说：“宁波的商人行会势力很大，他们对舟山的外国商船贸易，会采取联合一致的行动。”[74]在行商组织中，最著名的无疑是广州十三行，特别是乾隆二十二年（1757年）一口通商以后，十三行几乎垄断了欧美各国来华海上丝绸之路的贸易。
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