1644年清廷正式入主北京，宣告新的王朝正式成立。清王朝基本上承袭了明朝各种制度，海洋政策也不例外。而此时南中国沿海的福建和广东军民仍集结在南明旗帜下，进行着激烈的抗清斗争，尤其是郑成功的聚集海上抗清，迫使清政府采取了明代海禁政策，甚至一度实行更严厉的迁海举措。顺治三年（1646年），清朝首部成文法典《大清律例》出台，延续了《大明律》所设“私出外境及违禁下海”条：
凡将马牛、军需铁货、未成军器、铜钱、缎匹、绸绢、丝绵，私出外境货卖及下海者，杖一百。……若将人口、军器出境及下海者，绞。……该官司及守把之人通同夹带，或知而放纵者，与犯人同罪。[2]
这一法律应该是对全体人而言。具体到民间的私自出海贸易，法律的规定则更为细化，对不同的情形实行不同的惩处措施，最高可判处死刑。但充军是最重要的处罚方式，此在《大清律集解附例》卷十五《私出外境及违禁下海》中就有三则专门处罚通海贸易的规定：
一、凡守把海防武职官员，有犯听受通番土俗哪哒报水分利，金银货物等项，值银百两以上，名为买港，许令船货私入，串通交易，贻患地方，及引惹番贼海
出没，戕杀居民，除真犯死罪外，其余俱问受财枉法罪名，发边卫，永远充军。
二、凡他国贡船到岸，未曾报官盘验，先行接买番货，及为外国收买违禁货物者，俱发近卫充军。
三、凡沿海去处下海船只，除有号票文引，许令出洋外，若奸豪势要及军民人等，擅造二桅以上违式大船，将带违禁货物下海，前往番国买卖，潜通海贼，同谋结聚，及为向导，劫掠良民者，正犯比照谋叛已行律，处斩，仍枭首示众，全家发边卫充军。其打造前项海船卖与他国图利者，比照私将应禁军器下海，因而走泄事情律，为首者处斩，为从者发边卫充军。若止将大船雇与下海之人，分取番货，及虽不曾造有大船，但纠通下海之人，接买番货，与探听下海之人，番货到来，私买贩卖苏木、胡椒至一千斤以上者，俱发边卫充军，番货并入官。其小民撑使单桅小船，给有执照，于海边近处捕鱼打柴，巡捕官军，不许扰害。[3]
这些条文既针对沿海地区的各种走私行为，也对外国使节朝贡贸易做出限制。尽管法律对出海贸易持审慎态度，但顺治初法律还是允许已在朝廷登记造册的船只合法出海。这一时期，东南沿海地区仍保持着一定的对日贸易规模，1646年至1652年间，福建、江浙多次出口陶瓷器数千件到日本。[4]生丝的贸易规模更大，1653年至1655年三年间，中国对日生丝贸易由131600余斤迅速增至140000余斤。[5]
清初福建地区的海上贸易多与明郑集团有关，顺治八年（1651年）郑成功攻下福建漳浦后，反清力量有了进一步发展的势头，但问题也随之而来，时郑成功“见士卒繁多，地方窄狭，以器械未备，粮饷不足为忧”。时郑成功手下的谋士冯澄世就积极向他建议拓展对日与南洋贸易，以解决军需问题，史料记载说：
冯澄世曰：方今粮饷充足、铅铜广多，莫如日本，故日本每垂涎中国。前者太夫人（指翁氏）国王既认为女，则其意厚，与之通好，彼必相从。藩主何不修书，竟以甥礼自待，国王必大喜。且借彼地彼粮，以济吾用。然后下贩吕宋、暹罗、交趾等国，源源不绝，则粮饷足而进取易矣。成功是之，令兄泰造大舰，洪旭佐之。以礼遣使通好日本，国王果大悦，相助铜铅，令官协理。[6]
郑成功与其说是接受了冯澄世的建议，不如说是对明末以来福建沿海地区海洋贸易的承袭。[7]上述史料显示，郑成功通过开展与日本、吕宋、暹罗等国的海洋贸易，为抗清提供了物质保障。郑氏海商所购置的这些海货，应该是用大陆产品交换的结果，时郑成功设“五大商”深入内陆置买货物，“成功山海两路，各设五大商，行财射利，党羽多至五六十人，泉州之曾定老、伍乞娘、龚孙观、龚妹娘等为五商领袖”。[8]据说“五大商在京师、苏杭、山东等处经营财货，以济其用”。[9]所谓“山海两路”正说明郑氏海商将大陆与海洋贸易联系在一起，保证了清初战时海上丝绸之路的通畅，顺治九年（1652年）至顺治十三年（1656年）间，中国商船每年前往日本贸易的总数始终保持在50艘以上，年均贸易总额保持在100万两至140万两白银之间，对日贸易利润达到200%，对南洋贸易利润为100%左右。[10]顺治十四年（1657年）一艘从厦门到达葛喇巴的商船上载有金丝、铜、纸张、瓷器等大量货物。[11]
由于郑氏控制的地区鼓励海洋贸易，一时间商税也有所提高，顺治九年（1652年），“时郑氏故部散漳、泉者咸（呼）集，洋税复旧例，能食兵”。[12]所谓洋税显然是与海洋贸易有关的税收，“我朝禁通洋，片板不得入海，而商贾垄断，厚赂守口官，潜通郑氏。……于是通洋之利，惟郑氏独操之，财用益饶”。[13]清廷面对明郑反清力量的增长，不得不采取更严厉的禁海令，顺治十三年（1656年）朝廷专门下达针对郑成功的禁令：
海逆郑成功等窜伏海隅，至今尚未剿灭，必有奸人暗通线索，贪图厚利，贸易往来，资以粮物。若不立法严禁，海氛何由廓清？自今以后，各该督抚镇着申饬沿海一带文武各官，严禁商民船只私自出海。有将一切粮食货物等项与逆贼贸易者，或地方官察岀，或被人告发，即将贸易之人，不论官民，俱行奏闻正法，货物入官，本犯家产尽给告发之人。其该管地方文武各官不行盘诘擒缉，皆革职，从重治罪。地方保甲通同容隐，不行举首，皆论死。凡沿海地方大小贼船可容湾泊登岸口子，各该督抚镇俱严饬防守，各官相度形势，设法拦阻，或筑土坝，或树木栅，处处严防，不许片帆入口，一贼登岸。如仍前防守怠玩，致有疎虞，其专汛各官即以军法从事，该督抚镇一并议罪。[14]
此禁令明确指出因郑成功在东南海域的活动，才导致海氛无法廓清。正因为如此，清廷为了置郑氏势力于死地，彻底切断郑氏的粮草供应，才下达了封锁海岸的海禁政策。而这一政策的出台，又恰恰反映之前郑氏时期海洋贸易的活跃，反映郑氏与海外交流的商品更多来自于大陆。从下表看，在清廷此次下达禁海令后，中国与日本、南洋的贸易基本仍保持稳定。
1652年至1660年中国与日本、南洋贸易例举表[15]
可见，此次禁海令颁布后，海上贸易仍然维持相对稳定。即使在1656年禁海令下达后，中国对南洋与日本的贸易，无论是出海商船数量，还是贸易额，均仍基本上保持之前的稳定态势。顺治十六年（1659年）福建漳州府海防同知蔡行馨在《敬陈管见三事》中称：
至于沿海一带，每有倚冒势焰，故立墟场，有如鳞次。但知抽税肥家，不顾通海犯逆。或遇一六、二七、三八等墟期，则米、谷、麻、篾、柴、油等物无不毕集，有发无发，浑迹贸易，扬帆而去。此接济之尤者，而有司不敢问，官兵不敢动也。[16]
沿海墟市众多，且墟期相当密集，所贩卖的商品基本上是农产品。从“接济之尤”来判断，大部分应是与郑氏五大商交易。当时到福建沿海墟市贸易还有江浙、广东等商人，顺治十七年（1660年）清朝官府捕获浙江绍兴商人王吉甫、杭州商人李茂，湖州商人杨君甫、陈太、魏科，福建商人张瑞、翁采、王一、卢措、王旺、魏久，广东商人卢秀、高参等结伙到福建沙城地方，通过凌起文贩卖药材、布匹、丝绸、毡条等货物，换回海参、木香、香料等商品。[17](www.xing528.com)
福建海洋贸易的活跃，为郑成功的反清提供了物质保障，顺治十六年（1659年）郑成功组织反攻，直逼清朝统治下的南京，后因战略失误而退守厦门，由此引起清廷对海洋贸易更严厉的管控。清廷鉴于禁海令形同虚设，并未得到预期效果，于是将禁海升格为残酷的“迁海”。顺治十八年（1661年）在漳州府通判房星焕等官奏请下，康熙帝下令：
海舶所用钉、铁、麻、油，神器所用焰硝，以及粟、帛之属，岛上所少，皆我濒海之民阑出贸易，交通接济。今若尽迁其民入内地，斥为空壤，画地为界，仍厉其禁，犯者坐死；彼岛上穷寇内援既断，来无所掠，如婴儿绝乳，立可饿毙矣。[18]
此时刚即位的康熙帝采纳了房星焕的建议，于这一年八月，差遣兵部侍郎介山前往广东沿海“立界移民”。[19]至十月，又派遣户部尚书苏纳至福建“勒迁沿海居民于内地”，于是“上至辽东，下至广东，所有各省沿海三十里居民，尽迁内地居住，并禁渔舟商泊入海，发兵戍守，犯令者罪至死”。[20]十二月，康熙帝又颁布《严禁通海敕谕》以警示官民：
逆贼郑成功盘踞海徼有年，以波涛为巢穴，无田土物力可以资生，一切需用粮米、铁、木、物料皆系陆地所产，若无奸民交通，商贩潜为资助，则逆贼坐困可待。向因滨海各处奸民商贩暗与交通，互相贸易，将内地各项物资供送逆贼，故严立通海之禁，久经遍行晓谕。近闻海逆郑成功部下洪姓贼徒，身附逆贼于福建沙城等处滨海地方，立有贸易生理，内地商民作奸射利，与为互市。凡杉、桅、桐油、铁器、硝黄、湖丝、绸绫、粮米一切应用之物俱恣行贩卖，供送海逆，海逆郑成功贼党于滨海各地方私通商贩如此类者，实繁有徒。……自康熙元年以后，该地方文武各官痛改前非，务须严立保甲之法，不时严加稽察，如有前项奸徒通贼兴贩者，即行擒拿，照通贼叛逆律从重治罪。[21]
康熙帝之所以要对“通贼兴贩者”加以重惩，一方面是沿海地区与郑成功的贸易几乎从未间断，成为郑成功抗清的经济后盾；另一方面是海洋贸易所产生的巨额利润，导致沿海商人铤而走险。康熙年间，河道总督靳辅感叹：“我朝定鼎之初，商民出洋者，亦俱有禁，然虽禁不严，而商舶之往来亦自若也。”[22]康熙严厉迁海，确实加大了郑氏抗清的压力，所以郑成功在1661年从荷兰殖民者手中夺回台湾后，将海洋贸易的中心由福建沿海转移到了台湾岛，仍保持与大陆沿海地区的贸易往来，导致康熙元年（1662年）、十七年（1678年）清廷两次下达迁海令，将“山东、江、浙、闽、广滨海人民尽迁入内地，设界防守，片板不许下水，粒货不许越疆”，[23]强迫沿海居民内迁30至50里不等，广大沿海地区成了人为制造的“无人区”，企图彻底断绝大陆人民与台湾郑成功的联系，禁止沿海居民出海经商贸易。
海禁、迁海政策堵塞了正常的海上贸易，但实际并未能完全隔绝东南海域的出海贸易。康熙二年（1663年），“郑经于厦门拟造桨船二百零八只，今已造五只。近日自揭阳运来七十船米石”。[24]1662年郑经继承王位后，立即派遣官员到万丹邀请英国商人前往台湾贸易。此时的万丹是英国在东南亚地区的重要贸易基地，英国东印度公司希望用毛料与郑经交易砂糖和鹿皮运往日本，而郑氏需要英国提供军需品。[25]同时，郑经又派人联络镇守广东、福建的平南王尚可喜、靖南王耿继茂的部下进行贸易，其中就从福州“运来优良之货物”。[26]彼时福建、广东处于藩王控制之下，藩王垄断了走私贸易。
康熙帝实施严格的海禁政策后，平南王手下的商人利用香山县属的澳门进行外贸活动，澳门自明嘉靖时被葡萄牙人租居后，一直是重要的外贸口岸。清初广东官府沿袭明代设香山副将海防官，负责管理与澳门的通商往来。此在康熙二十二年（1683年）正月李士桢《澳门关闸请设专官管辖疏》中说：
香山澳陆路相通，原为内地，久为西洋人寓居。在昔夷人承佃，岁纳租银五百两，设岭南道香山副将海防官专管稽查。本朝初年，亦因旧制仿而行之。自康熙元年迁界，而后以澳门为外地，遂置租税不收，并不专官管辖。[27]
这一记载显示，在迁界时期，澳门尚处于开海状态。其实早在顺治四年（1647年），总督佟养甲在奏折中就说：“佛郎西国人居濠镜澳互市有年，后深入省会激变，遂行禁止。请复通商裕国。”时广东初平，清军兵饷缺乏，“养甲以粤省连遭寇掠，奏缓之。时军饷告匮，故为此请。部议前事可鉴，止令在澳贸易”。[28]顺治十年（1653年），“复有荷兰国蕃舶至澳门，恳求进贡。时盐课提举司白万举、藩府参将沈上达，以互市之利说尚王，遂咨部允行。乃仍明市舶馆地，而厚给其廪饩，招纳远人焉”。[29]可见，澳门自顺治时期一直保持着海洋贸易的状态。
康熙元年（1662年）春夏间，有葡萄牙船装载货物回到澳门，地方官不敢准令卸货，不肯丈船抽税，一直拖了近一年仍未得到解决，澳门民众生活陷入困境。在此情况下，康熙遂将澳门视为“化外教门”的特殊地区，康熙四年（1665年）二三月间，对澳门实行免迁海政策，成为沿海迁界中的唯一特例。这是澳葡当局反复哀求，并请受康熙宠信的德国传教士汤若望等多方活动有关。[30]澳门准予免迁，并开放澳门到广州的贸易。从此，广东的部分货物先由陆路转运到澳门，然后再转贩到东南亚和欧洲等国。
另一方面，虽然内地与澳门的水路贸易被禁止，但商人从水路走私相当多，时澳门附近的十字门就是走私商船汇集的据点。在清初禁海、迁海期间，澳门对外贸易仍然处于正常发展，从而使海禁时期广东的对外贸易通道得以保留，贸易量呈增长趋势。据记载，明万历二十六年（1598年）广东市舶司在澳门征收税银为26000两，崇祯晚期大致维持在22000两上下，清廷重开对澳门的转口贸易后，康熙十九年（1680年）收税银26两，但到康熙二十一年（1682年）激增至18000余两。[31]
清初广东处于平南王尚可喜、尚之信父子和靖南王耿继茂的控制中，尚氏父子为了增加府库收入，扩大自身实力，利用其亲信沈上达掌控对外贸易，从事大规模海上走私活动。藩商打着海禁旗号为走私大行其便，“向者海禁甚严，人民不得通澳，而藩王左右阴与为市，利尽归之，小民无分豪滋润”。[32]自顺治十五年（1658年）起，荷兰东印度公司商人即与沈上达等在澳门附近的大横琴岛贸易，康熙十二年（1673年）在澳门附近走私5万多件盘、壶，可见贸易量之大。[33]就在这一年，三藩与清廷矛盾激化，走私贸易逐渐公开化。尚可喜直接致书日本长崎，请求通商，从此“闽粤商人往者益众，杂居长崎市”。[34]广东商人苏立、许隆、杨文广等都投至尚可喜门下，“为尚王行商海上，颇跋扈”。[35]海外贸易收益较高，“自康熙元年奉文禁海，外番船只不至，即有沈上达等勾结党棍，打造海船，私通外洋，一次可得利银四五万两，一年之中，千船往回，可得利银四五十万两，其获利甚大也”。[36]
福建靖南王耿继茂也是走私贸易的支持者，顺治十八年（1661年）他移镇福建时，从广州带去与荷兰人贸易的广州帮商人，最受他倚重，仅康熙六年（1667年）的贸易额就达到48.6万余荷兰盾，创下了当时贸易之最。[37]康熙十年（1671年）耿精忠继承爵位后，又积极联络多国商人前来贸易。据日本江户时代编纂的《华夷变态》记载，1674年福州船主曾一官抵达日本长崎贸易时口述：“这次我船赴贵地之时，靖南王吩咐说：‘你等到达日本后，彼地定有各地做买卖的唐人，此前因福州禁止商船，诸人多感恐惧，未能往来。今后各位唐人相互告知，可随意往来福州商卖，生丝、杂货任其随意买卖。上述事项，告诸人知之。’再三吩咐我等。”[38]1674年郑经攻下厦门后，英国东印度公司在厦门设立商馆，1678年自厦门购买12000匹丝绸，1679年购买9000匹丝绸，10箱生丝以及黄金和铜。[39]
除藩王控制的商贾参与海洋贸易，海禁时期地方官也以权谋私。康熙六年（1667年）两广总督卢兴祖就曾派香山知县姚启圣带领总督家人师泰、陈得功以及商人李之凤等前往澳门以“运取官物”为名，带领商人出界贸易，姚启圣甚至“出示招商，各商旧有货在澳的，四六抽分，现买新货的，加三抽分，代装来省”。[40]藩王督抚占尽商利，同僚对此颇为不齿，时御史余缙说：“贪悍督抚及藩旗贸易之家，连舫大舶，装载私货，上亏国税，下累商民。”[41]
海禁时期走私贸易能仍持续进行，也与外国商船积极参与有关。海禁其间，对华贸易伙伴主要有暹罗、荷兰、英国、葡萄牙、日本等，除暹罗、荷兰参与朝贡贸易外，走私贸易是海禁时的主要贸易方式。通过走私贸易，两藩以及郑氏维持了相当长一段时间的统治。同时，由于民间贸易的发展，东南沿海地区的不少贸易港口仍保持兴盛情形，如浙江双屿港、福建月港、广东澳门港、台湾澎湖港等港口均随着海运而成长为海上贸易中心。[42]然而，禁海对正常贸易以及沿海居民生活带来诸多不便，开海已是人心所向，故随着三藩和明郑势力的平定，国内政局趋于稳定，清政府逐渐撤销海禁，设立四海关重新开海贸易被提上日程。
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