这一时期因处于新旧政权交替、接收管理、院系调整之际，因此学校行政机构及后勤机构均变化较大。例如行政机构，国立时期为校长领导下的训导、教务、总务三大处及文、理、工、农、医五院制。中华人民共和国成立后训导处撤销，增设人事处。院系调整后，院级机构撤销，校长之下即为各系，但医学院仍旧保留。至1956年下半年，工学院、医学院相继独立后，学校行政组织大略如下：
表4-59 云南大学组织系统表
根据上述组织系统，当时全校行政人员207人。其分布如表4-60：
表4-60 1956年云南大学行政人员分布表
1956年时，全校共有在编师生员工2946人，其中学生2161人，教职员工785人，又其中教师429人，行政人员207人，工勤人员149人。教职员工分别与学生之比略如表4-61：
表4-61 云南大学教职员工分别与学生之比
由表可知，当时学校机构比较合理，人员较为精干，比例也较恰当。(www.xing528.com)
关于后勤机构，可以说是变化多端。中华人民共和国成立初年，基本沿用国立时期的处—科（组）—股三级制。总务处，总务长初为诸宝楚，后为张瑞纶，下有办公室；文书组，主任倪之桢；校产科，科长徐家宝，下分保管股、修建股；总务科，科长徐文宣，下分财务股、庶务股、供应股；工务科；校医室，校医王天祚；托儿所，所长潘家凤；生产组，主任陈云浦；等等。随着学校的发展，事务的繁杂，机构也多变化。如1951年7月，总务处第八次处务会议才提出：“财务股业务已渐繁多，为健全组织，俾利工作，拟将股改设为科。”可是时仅两月，9月，第十次处务会议又认为：“为健全我校财务行政机构，拟将财务股改组为会计室。”后来，校产科撤销，总务科改为事务科，财务股升格为财务科，膳宿股一分为二，分别升为膳食科和学生宿舍管理科，库房独立升为物资供应管理科，新设的卫生教育科改为卫生科，股一级也撤销等。约至1953、1954年，机构基本成型稳定，为一处辖一室六科。处、室、科及其先后负责人主要如下：
总务处：总务长诸宝楚、张瑞纶，副总务长程明轩
办公室：主任
财务科：科长陆宗义
供管科：科长
事务科：科长杨绍珠
卫生科：科长张友铭、严尔锐
工务科：科长杨绍珠
膳食科：科长陈永年
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