这一时期，云大的医学医疗卫生机构与国立时期基本一样。学校设有医学院，主要从事医学教育工作，直至1956年秋独立为昆明医学院而迁出学校。医学院有附设医院，即今云大医院，主要供本校医科学生临床实习和对外医疗服务，其次也为本校师生诊治危重疾病。1950年，该院自校本部迁往巡津街新址，1956年医学院独立时，随之成为昆明医学院附属医院。总务处下原设有卫生教育科，科下又分卫生股和医务室，前者负责公共卫生，后者负责员生疾病治疗，校医仍为王天祚。
1953年，改卫生教育科为卫生科，负责全校的“疾病防治，医疗保健，公共卫生，健康普查”等，首任科长张友铭，自此校医务室撤销。卫生科成立之初，人员很少，至1956年时发展到21人，其中科长严尔锐，内科3人，外科1人，儿科3人，中医1人，化验员1人，药剂师1人，药剂士2人，护士5人，见习护士1人，办事员2人，病床20张。
初期，国家无统一的医疗制度，师生看病，沿袭国立时期旧制：小病免费，大病自理。1951年3月，总务处拟定了《本校同仁同学因病到附设医院就诊办法》，经学校批准执行。自此，师生患病凡经校医室证明者，即可享受该院优惠治疗。其办法如下：
本校同仁同学因病到附设医院就诊办法
第一条 凡本校同仁同学因病到附设医院就诊（包括门诊和住院），都依照本办法的规定办理。
第二条 凡有本办法以外的特殊情况须到附设医院就诊者，由校委会决定直接通知附设医院办理。
第三条 凡本校同仁同学因病须到附属医院就诊时，必须经过校医室诊断认可签发就诊证始能到医院求诊，享受优待，否则任何人前往医院均照普通病人收费。就诊证另订之。
第四条 本办法分门诊、住院两种：
一、门诊：凡本校同仁同学因病经校医说明，签发就诊证到附设医院门诊者，除挂号费外，其他医药费均照五折优待，由病人随时自行付款，医院收存就诊证，按月向校本部报销。
二、住院：凡本校同仁同学患病，经校医证明必须住院治疗时，始能签发就诊证。病人持证到附设医院经医院医生诊断决定住院时，方得留医，病人不得强迫住院。其记账优待办法：1.同仁：甲、（包括直系亲属）因病持有就诊证到附设医院住院时，由医院凭其就诊证记账，按月结算，开列清单送财务股，在其应得工资下扣除转账；乙、住院的同仁得享受下列优待：（子）住院费免收，（丑）药费和其他治疗注射材料及手术等费按五折收，（寅）伙食费照收，（卯）免交住院预缴费。2.同学持有就诊证向附设医院留医者，得享受同等优待。但于出院时，医药费由住院人自行结付，不得拖欠。
第五条 同仁同学前往附设医院诊病时（包括门诊、住院），应遵守医院的一切规则。倘有不听劝止，违反规章，扰乱医院秩序时，院方有权令其出院，并报告校本部处理。
第六条 在校女职员工或眷属分娩时，得照此项办法办理。
第七条 医院不准备的贵重药品学校得于可能范围内酌量补助。
第八条 本校同仁同学住院以三等病床为原则。如因病况需住一、二等床位时，按五折收费。
第九条 本办法有未尽事宜得提经校委会修正之。
第十条 本办法经校委会通过公布施行。
同年9月，总务处处务会议又规定：“本校校医室对教职员工诊病，配服药品，应遵上级指示，按成本收费，按月在各人薪金上扣除，以补充药品，并拟自10月1日开始实行。”自此，校医室诊治疾病也开始收费。
1952年，国家对医疗制度进行了重大改革，即在国家工作人员和高等学校学生中，实行公费医疗预防制度。云南省成立了“云南省公费医疗预防实施管理委员会”，自10月起，全省开始实行公费医疗。1953年1月，云大根据国家有关规定，拟定了《公费医疗预防实施办法》12条，规定自2月1日起，全校教职员工实行公费医疗。其办法如下：
云南大学公费医疗预防实施办法
一、应享受公费医疗预防人员：本校教职员工本人。
二、诊疗范围：除一般疾病外，性病、眼病、牙病（包括龋齿之填充）之诊治，特殊饮食疗治，女工作人员产妊，均包括在公费医疗预防之内。（镶牙、配眼镜不包括在公费医疗预防之内）
三、就诊单位：1.门诊及住院均在云大附设医院（外科敷药、点眼药、注射及轻微疾病暂由卫生股代诊）。2.中医就诊地点：卫生厅总门诊部（云瑞西路）。
四、住院手续：经医师诊断有住院必要时，由病者持医师诊断证件向卫生厅卫生科领取正式介绍入院文件（住院治疗）。
五、如系紧急伤患，可经医院同意后先行住院治疗，但须即补办手续。
六、凡住院之公医人员，必须遵守医院之各项规则，并应听从医疗人员之指导，不得提出非必要之治疗与特殊之要求。
七、凡住院之公医人员，经医生认为应该出院时（已过治疗期者），即由医院通知其出院，不得藉故拖延。否则，即停止伙食供给，并转有关机关处理。
八、住院公医人员之伙食费、就医旅费，概由病人自己负责。
九、住院公医人员如有死亡，由医院通知学校，按制度自行处理。
十、公医人员就诊或住院，必须携带《公医诊疗证》。
十一、凡享受公医人员，因公赴另一地区工作，得凭原发诊疗证及出差证明文件，经当地主管公费医疗预防之机关，介绍至指定的医院或门诊部诊疗，照章缴纳医药费用，凭所发单据向“云南省公费医疗预防实施管理委员会”报销。
十二、本办法自一九五三年二月一日起公布实施。如有未尽事宜，由卫生委员会商讨修改之。(www.xing528.com)
同年4月，全校学生正式享受公费医疗预防。
公费医疗制度实施后，其公医费指标因时而异。如1953年为每人每月2万元，1954年则为1.5万元等，1954年公医费收入为5.68亿元，支出为4.74亿元，还略有积余。公费医疗制度体现了国家对人民健康的重视，但随着时间的推移，也出现了无病呻吟，小病大养，一人开药，全家服用，甚至滥开补药，致使医药费严重超支，造成国家负担严重的弊端。
卫生科除了为师生诊治疾病外，还负责健康普查等工作，并提出“医生深入院系，护士深入各村（住宅区），掌握健康情况，分科进行治疗”等口号。如1954年2月，曾对全校2424名学生和391名教职员工进行了健康普查。结果如表4-46：
表4-46 云南大学1954年健康普查统计表
从表可知，由于过去生活水平的低下和医学技术的落后，当时师生中患病率是较高的。
从1952年起，全国各地广泛开展了以“除四害，讲卫生，消灭疾病”为中心的爱国卫生运动，各级政府、各个部门均成立了爱委会，指导具体工作。为了搞好学校环境卫生，提高师生健康水平，卫生科经常配合校爱委会、事务科等部门，开展卫生工作，并制定了相应的措施和办法。如1953年，学校即拟定了《卫生清洁制度暂行办法》。其文如下：
云南大学1953年度卫生清洁制度暂行办法
为贯彻中央人民政府政务院关于一九五三年继续开展爱国卫生运动的指示，制定本办法。
一、全年举行全校性清洁大扫除二至六次，由爱委会具体布置。
二、建立经常性卫生清洁制度，分区分工负责。区域划分由事务科负责。
三、分工办法：1.大扫除工作全校人员均参加；2.员工及家属负责所居住所及其周围地区，同学负责寝室内外，各由校长、舍长领导进行；3.工友除负责所工作处所外，另负责各划定区域的卫生；4.食堂、厨房由食堂、厨房自行负责；5.教室、厕所由事务科指定专人负责。
五、工警以小组，同学以院系，工属以村舍，教职员以院系科为单位推定卫生干事，协助各单位负责人布置清洁卫生工作。
六、经常进行捕鼠、灭蝇、灭蚊、灭蚤、灭蟲、灭臭虫等工作。每周一下午各卫生干事到爱委会汇报上周工作。
七、鼠、蝇、蚊等动物尸体应送至卫生科投入消毒桶内。
八、学生宿舍蟲、臭虫等要求短期内灭绝。
九、保护水源清洁，不在饮水井或池旁洗衣服、洗菜等。
十、垃圾堆、厕所、痰盂等须每日清除，阴沟每周疏通一次。
十一、鸡、鸭、狗应予圈养，如在公共地区发现，随时予以捕杀。
十二、养成个人良好卫生习惯，共同搞好公共卫生。
十三、建立经常检查会报制度。除由卫生科及爱委会检查外，各单位每月相互检查一次。
十四、每月月终由爱委会根据检查情况，表扬好的，批评坏的。
十五、本办法经行政批准后公布实行。如有未尽事宜得补充修订之。
为了持之以恒地开展卫生工作，学校历年均建立有爱委会组织，以专司其职。如1956年爱委会组成如下：
云南大学爱国卫生运动委员会
（1956年）
主任委员：寸树声
副主任委员：严尔锐
委员：吴占元 项万元 黄 震 洪 发 张桂华
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