1951年8月,政务院通过《关于改革学制的决定》,其中规定:“以培养工业建设人才和师资为重点,发展专门学院和专科学校,整顿和加强综合学校。”要求全国高等院校依此进行院系调整。云大的院系调整此前即已开始,并延续多年。为了搞好院系调整,学校奉命成立院系调整委员会,寸树声任主任委员,方伯仲任副主任委员。
1950年,国立时期的电讯专修科停办,呈贡农林场、弥勒木棉场、厂口林场等先后移交当地政府,昆明作物试验场与昆明实验农场合并为附设实验农场,昆明五华学院并入云大,法国教会所办的甘美医院并归云大附属医院。
1951年,航空工程系并入四川大学,不久后又并入新成立的北京航空学院;成立园艺系、畜牧兽医系;文史系分开为中文系和历史系。
1953年,贵州大学和贵州理工学院矿冶系、数理系、机械电机系、化学系并入云大,西康技艺专科学校部分师生也并入云大。同年,云大园艺系、蚕桑系并入西南农学院;畜牧兽医系并入四川大学;土木工程系分别并入重庆建筑学院和四川大学;铁道管理系分别并入北京铁道学院和中南土木建筑学院;政治系、法律系并入西南政法学院;社会系撤销。(www.xing528.com)
1954年,云大工学院独立建为昆明工学院,实习工厂随之隶属昆明工学院。云大则增办附设工农速成中学。同年,撤销院级机构,各系直属学校领导。惟医学院正酝酿独立建院,故医学院仍予保留。
1955年,经济系、外语系停办。
1956年,云大医学院独立建为昆明医学院,云大医院随之转属昆明医学院。至此,云大变为拥有中文、历史、数学、物理、化学、生物、农学、林学8个系,且以文理为主的综合大学。
关于校内机构的变化,主要有:1950年,撤销训导处,实行教导合一。1953年,教务处之下改设教务科、图书馆、出版科、印刷厂和体育部;总务处之下改设事务科、财务科、卫生科和膳宿股。同年增设教学设备委员会、生产实习科。1954年增设面向全校的政治课教研室。同年成立政治辅导处,并将人事室并入该处,与教务处、总务处同级,下设政治教育科、组织科、青年工作科,负责全校师生员工的政治思想教育工作。
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