国立云大的管理体制、组织系统与机构人员的设置、安排等，基本仿照名牌清华大学的先进模式。由于校长熊庆来曾在清华供职经年，谙熟清华行之有效的管理体制，因此在其长校云大十二年间，苦心孤诣，锐意改革，使云大的管理和机构逐步制度化、固定化、科学化、合理化，日臻完善，渐至齐备。其特点是：机构严密，职掌明确，人员精干，效率显著。
云大的组织系统主要是：在校长直接领导下，设立三会：校务会，教务会，教授会；三处：教务处，训导处，总务处；三室：会计室，统计室，人事室；五院：文法学院，理学院，工学院，医学院，农学院等。其下又分设各种委员会、组、系、科、厂、场等。具体参见《国立云南大学组织系统表》。
校务会议的主席是校长，成员是三大处处长、五院院长、各系系主任等，下设经费稽核、聘任、招生、训育、毕业生审查、出版、建筑及其他等委员会，职责是审议并决议学校的人事、经费、建筑等重大事项。教务会议一般由教务长主持，各院院长、各系系主任参加，主要研究教学、科研等业务工作。教授会由正、副教授组成，主要作为咨询机构，对学校重大问题提出建议和意见，以体现教授治校的原则。
教务处下设注册组、图书馆、出版组，训导处下设生活管理、课外活动、体育卫生三组，总务处下设文书、出纳、庶务、工务四组。教务、训导、总务合称三大处。每处各设“长官”即教务长、训导长、总务长，合称三大长，均由教授担任。其下各组则设主任。各长及各主任具体管理日常的教务、训导、总务等事项。(www.xing528.com)
会计、统计、人事三室各设主任，分管学校的账目收支、数字资料、人员管理等事务。
文法学院下设文史、外国语文、政治、经济、法律、社会6系；理学院下设数学、化学、物理、生物4系；工学院下设土木工程、矿冶工程、铁道管理、航空工程、机械工程5系及电讯专修科、实习工厂；医学院下设医疗1系及附属医院；农学院下设农艺、森林2系及蚕桑专修科、农林场。此外，学校还设有先修班、附属中学及各个研究室等。各院设有院长，各系设有系主任，均由教授担任。
1948年中，学校根据国民政府制定的《大学法》，曾组织行政会议以协助校长处理校务，成员为校长、三大长和各院院长。1949年初，由于第三次国内战争接近尾声，昆明地区形势大变，为了适应现实需要，校中一般教师、职员及工警等分别成立了讲师助教会、职员会和工警会，并与原来的教授会、学生系级代表会共同组成五联会，参与学校管理，尤其在监督学校财经制度及师生员工福利费开支方面，发挥了相当作用。
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