关于会计制度，就全国而言，始行较晚。原来民国以来，由于军阀纷争，内战频仍，统一的会计制度长期以来未能也无法实行。直到1931年，国民政府才确立“超然主计制度”，即在中央设立主计处，直隶于国民政府，在地方各级政府机关、社会团体等各部门，则设立会计处、会计室等，以实施统一的财务管理。对合乎主计资格的人员，先以考试，后以培训，然后分派各地任职。
云南大学的会计工作，为了管理财务，使其一清二楚，自始至终均设有会计一职。早在大学筹备时期，即聘有会计。私立东大时，事务处下设有会计长。省立东大时，事务部下先设有会计，后设有会计股。省立云大时，事务部裁撤，改为秘书长下设会计课。改国立后，为实施会计制度，政府饬令另组会计室。《国立云南大学组织大纲》第十五条因之规定：“本大学设立会计室，其组织依（国民政府）主计处之规定行之。”据此，学校于1938年12月开始筹备，1939年1月1日，云南大学会计室正式宣告成立。
会计室成立后，设主任1人，总理全室工作。下设佐理、事务员、统计员等若干人，秉承主任分头办理全校会计事务。
云大会计室首任主任为国民政府教育部任命的路祖焘（1939—1943），继任者为王鹤轩（1934—1944），全云寰（1944—1949）等。(www.xing528.com)
会计室的编制恒无定数，时有增减。但其职责均有明确分工，各司其事。如1943年时，除主任外，有佐理员2人，其中1人襄理主任处理一切岁计会计事项；1人复核传票报表。又有事务员5人，其中1人登记普通明细账，制订各种明细表；1人登记总账及预算明细分类账，编制平衡表及经费累计表；1人保管收支凭证；1人登记现金日记簿及分录簿，并抄写各项图表；1人办理各项经费支出的报销。又如1947年时，除主任外，有佐理5人，佐理主任办理账务等；事务员4人，经营账务之登记事项等；统计员1人，办理统计等事项。
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