国立云大成立后，即于1938年8月制定了《省立云南大学改为国立云南大学办法》，共5条。第1条经费，定每年由国库、省库各支25万元，共50万元；第2条院系编制，定设立文法、理、工、医4学院共9系；第3条学生，除原有的教育系并西南联大外，其余均为国立云大学生；第4条校址，即以省立云大校址为国立云大校址；第5条校产，省立云大校产一律移交为国立云大校产。10月25日，国民政府发布命令，正式任命熊庆来为国立云南大学校长。11月7日，熊庆来遵国民政府令，正式就任国立云南大学校长。
熊庆来（1893—1969），字迪之，云南省弥勒县人，中国现代著名数学家、教育家。早年留学法国，专攻数理，曾先后获得蒙柏里大学数学硕士和法国国家理科博士学位。回国后历任国立东南大学（即后来的中央大学、南京大学的前身）算学系主任，国立清华大学算学系教授、主任兼理学院院长，中国数学会理事等职，学识渊博，才干独具。早在省立云大后期，1937年校长何瑶因故辞职后，龙云为谋学校的发展，正在慎选新校长之际，得其夫人顾映秋女士和建设厅长、熊庆来留法时的同学张邦翰等的极力保荐，断然决定聘请远在北平清华大学供职的熊庆来继任云大校长，并允为其办学尽力予以优惠和支持。热爱三迤父老子弟、关怀桑梓文化教育的熊庆来，在龙云的盛情邀请之下，毅然决然，放弃了清华的优越条件，决心力肩巨任，服务乡里，于是风尘仆仆，远道返滇，于8月1日就任省立云大校长。(www.xing528.com)
熊庆来自1937年掌校云大，至1949年离职，凡12年。其间正值连续不断的抗日战争和第三次国内战争，他在极其艰苦困难和错综复杂的条件下，率领和依靠全校师生员工，以清华为榜样，励精图治，惨淡经营，守业创业，开拓进取，到1946年时，云大已跻身于全国名牌大学之列。全校包括：文法、理、工、医、农等5个学院，拥有文史、外语、法律、经济、政治、社会、数学、物理、化学、生物、矿冶、土木、铁道、航空、机械、医学、农艺、森林等18个系，电讯、采矿、蚕桑等3个专修科，西南文化、文史、航空等3个研究室，以及实习工厂、附属医院、西郊疗养院、凤凰山天文台、附属中学、先修班、农场、林场等附属部门，成为西南地区首屈一指的多科性综合性的高等学府。在学校当局和熊庆来重视知识、重视人才的思想指导下，先后应聘来校任教的专家教授、学者名流，数十成百，枚不胜举，形成了群英荟萃，人才济济的大好局面。当时报纸所载19所国立大学招生名录时，云南大学被赫然排在“排行榜”中第十座次的显要位置。由此可知，当时云大已跻身于国内大学十强之列。至1949年时，在校生已增至1500余人之众。云南大学达到了她创办以来前所未有的鼎盛时期，并被后人誉为云南大学史上第一个“黄金时代”。
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