省立东大和省立云大时期的经费，主要依靠省库拨款，其次是社会募捐和各种补助。
学校由私立改为省立后，从此董事会再未设立，经济独立也已取消，主要经费改由省库教育经费项下支拨。1931年时，学校造报的经费预算为：每月经常费6.3万元（旧滇币），全年即合75万余元。但因其时龙云政权成立未久，各业开支较巨，故省府只核准每月2.5万元，全年30万元。另由财政厅每年支给临时费5万元。这比私立时期每年平均经费10万～15万元虽有增加，但因学校发展，员生增多及物价波动等，校中经费，仍非宽裕，甚至有时因故核减。如同年5、6月两月，即因筹建“中山纪念堂”而各核减一成。
1932年，成立不久的云南师范学院并入省立东大，改称教育学院，其原领每月经费（另说系开办费）1.61余万元也并归学校。
1931年秋，学校添办数理、法律两系，原请月发经费3893元，但被核减为2700元。次年开办医学专修科，原请月发经费2628元，也被核减为1800元，另给开办费1万元，可见省财政之窘困。
如同私立时期一样，省立时期的学校经费，时有增减，恒无定数。直到省立后期，龙云政权比前稳定，生产事业有所发展，财政收支因有好转，学校经费才较为固定，且有增加。如1937年，省府议决：省立云大经费每年增至国币25万元，约当新滇币50万元。其中经常费15万元，按时摊发，临时费10万元，经呈准后，再为动支。此外，为了照顾贫困学子，政府还定期支发奖助学金、学生津贴等。
关于经费的支取，每月均由校长领衔，会计主任会衔，向省政府呈送请款凭单和领款总收据，经核准后，再为支取。款领到后，由学校事务部、会计股负责保管、发放，每月终了则造具支付预算书，呈请省府核销。
为了撙节经费、计划收支，学校每年均要编造年度预算。如1933年的经常费预算如下：
表2-5 省立东大民国二十二年经常费预算表
续 表
省立云大时，经费主要仍由省财政支给，其年度预算也举一例如下：
省立云大民国二十三年度支付预算书
续 表
第二项 教务费：18465
第一目 报纸刊物图书费：10521
第一节 报纸：585
第二节 刊物：1200
第三节 图书：8736(www.xing528.com)
第二目 讲义费：2904
第一节 讲义印刷纸张费：2904
第三目 理化实验费：3000
第一节 理化实验费：3000
第四目 体育器械费：1680
第一节 体育器械购置费：1680
第五目 编辑刊物费：360
第一节 刊物印刷费：240
第二节 校稿费：120
第三项 事务费：14275
第一目 庶务费：14275
第一节 文具：1992
第二节 邮电：276
第三节 薪炭：264
第四节 灯油：1200
第五节 茶水：1992
第六节 购置：744
第七节 交际：1872
第八节 修缮：1536
第九节 杂支：1735
第十节 自习汽灯及水油费：720
第四项 医学专修科经费：11128
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