主动性是军队行动的自由权。在战争中取得主动，就可以化劣势为优势，把处在优势地位的敌人转为劣势，使“敌佚能劳之，饱能饥之，安能动之”，使“我欲战，敌虽高垒深沟，不得不与我战”，从而造成“胜可为也，敌虽众，可使无斗”的胜利把握。
主动性往往和灵活性相互关联，毛泽东同志曾说：“灵活地使用兵力，是转变敌我形势，争取主动地位的最重要的手段。”太平天国在长期的战争中，非常注重灵活主动，避实击虚地歼灭敌人，这是其一贯的指导思想。
太平军要求将领能够灵活地把握战争。
杨秀清《行军总要·防敌要道》教育将士要“灵变应敌”。他命秦日纲保举官员“必须查其平素历练老成，精明灵变”，他训令北伐大将林凤祥、李开芳等说：“务宜身先士卒，格外放胆灵变。”这一主张也被部将们贯彻下去。
石达开训令在岳州指挥前敌的秋官又正丞相曾天养说：“要事事灵变。”
秦日纲训令在圻州抗击敌军的参拾检点陈玉成说，务要“小心灵变”。
李秀成训令进攻上海的宿卫军大佐将陆顺德、荷天安、麦冬良等必须“随机应事”“向机进取，方可兵获万全”。
太平军上上下下达成了这种共识。
善于灵活应变的将领奠定了太平军握战争之先机的基础。太平天国自准备起义就时刻以争取主动为先着。
清廷调集各省军队，要把它聚歼在紫荆山区，它就突破围困，袭取永安州；攻桂林不下，就主动撤围，向湖南进军；攻长沙不下，四围有清朝大军，太平天国军队将要陷于兵屯城下、情见势绌的地步，它又主动撤围，向湖北进军，使清军到处陷于被动，疲于奔命。
不过两年多，太平军就从广西山区打到长江，席卷江南，建都金陵，创造了伟大的军事业绩。
太平天国在天京事变以后，已经处于防御的状态，但仍然较好地执行着这一路线，一次次化险为夷。
天京事变以后，石达开不满洪秀全的掣肘，遂于1857年5月离天京出走。他的出走，使长江中游重镇武昌陷于敌手，这直接造成了清军对安庆、天京的威胁。
此时，清军的江南大营已经重建，企图围困天京。要保证天京的安全，首先就要打破江南大营。
为了彻底消灭江南大营，李秀成、洪仁玕进行多次商议，认为江南大营的敌人凭壕作战，要从正面击败敌人是很困难的，而敌人的粮饷出自杭州、苏州、广德、江西、福建各地，如果攻其必救，以精兵奇袭杭州，震撼苏浙，引诱敌人分兵驰援，然后乘其分兵力弱之际，迅速回师，集中优势兵力，即可粉碎江南大营。
李秀成等于1860年1月在芜湖举行军事会议，讨论歼灭江南大营的作战方案。会议结束后，李秀成率兵由芜湖小路，经宁国、广德、泗安、庙西、武康，赶至杭州，于3月19日，拿下了杭州。
清钦差大臣和春，帮办军务张国梁果然中计，即令肃州镇总兵张玉良统兵援救杭州。等其到达，太平军早已从杭州撤离，折回安徽建平，召集各路将领研究战斗部署，决定由杨辅清等进攻高淳、东坝，李世贤、刘官芳等进攻溧阳，李秀成由赤沙山直向雄黄镇担任主攻。
1860年4月，杨辅清部连下东坝、溧水、秣陵关；李世贤、刘官芳等攻克了溧阳，进兵宜兴、常州、金坛、句容，截断了敌人后退的道路；陈玉成由安徽潜山、太湖而下，自西梁山渡江，再经江宁镇而至头关、板桥、善桥一带；天京城的太平军亦纷纷组织出击，对清朝江南大营形成了包围。
此时，清朝的江南大营，势力已大大削弱。先是派兵一万三千人援赴杭州，然后又调一万余人，设防淳化、东坝、宜兴、荆豁，同时，后方被太平军控制，粮饷成了问题，再加以将领侵克士兵饷银，引起兵士强烈不满，军心不稳，相约言：“等贼进攻之时，我们坚决不出战，让大帅、翼长他们自己打吧。”如此情势，江南大营灭亡的命运已经注定了。
1860年5月初，总攻开始，李秀成率兵由姚坊门进攻，陈坤书、刘官芳等部由高桥门、李世贤部由北门洪山前来会合；杨辅清则由秣陵关进克雨花台；陈玉成及吴如孝、刘玱琳等亦由板桥、善桥杀入；天京城内的太平军是更积极出兵夹击。顷刻之间，自得胜门至江边一带，清军营垒五十余座全被攻破，清军被歼者达数万人之多，钦差大臣和春仓皇逃跑。江南大营遂被一举攻破。
江南大营的覆灭使清军对天京的直接威胁解除了，但西线的清军，却趁太平军全力东顾的机会，部署了一个以夺取安庆为目的的新计划。
在江北，曾国荃专攻安庆，多隆阿北攻桐城，阻止太平军南下救援，降将韦俊攻枞阳，拒东来之太平军，各部由湖北巡抚胡林翼全权指挥；在江南，鲍超、张运兰、左宗棠屯兵皖南，准备东趋，威胁苏常，策应江北。江南、江北各军由曾国藩节制。
安庆为天京屏障，太平军将帅对此有着深刻的认识，干王洪仁玕曾说：“安庆一日无恙，则天京一日无险。”(www.xing528.com)
但安庆方面清军布置了重兵，硬拼恐怕不成。相反，敌人的后方江西、湖北却十分空虚。于是，太平天国准备派兵由长江南北两路，直驱武昌。
1860年9月，南北两路西征将领齐集天京，准备西征。9月底，陈玉成率北路军自天京渡江北上，打了几次胜仗，会合了一部捻军，声势大振。
由于陈玉成急于救安庆，中途改变了西征方案，南趋安庆，结果在桐城西南挂车河遭到失败。遂于1861年3月，恢复西征，由霍山越过大别山，挺进湖北，数天之内，连克英山、蕲水，18日进克黄州，前锋抵至滠口，离汉口只有四十余里。汉口的清军处于一片慌乱之中，湖北巡抚胡林翼尚在安徽，急得吐血不止，可惜鞭长莫及。
但陈玉成却听信了英国参赞巴夏礼的鬼话，只对武昌、汉口作了半圆形包围，未敢发动进攻，使武昌、汉口的清军取得了喘息时间，而安庆方面，
清军就可以放心地加紧进攻了。不久，陈玉成被迫回救安庆。
在陈玉成从天京出师一个半月后，李秀成率南路西征军，由芜湖西征，经繁昌、南陵、石埭、太平，绕道徽州，入浙江常山。1861年2月，由常山西入江西，5月中旬进克瑞州，然后分三路进入湖北。6月中旬，占领武昌县（今鄂州），逼近武汉。
此时陈玉成已撤走，但赖文光仍屯兵黄州。两军合击，很有可能攻克武昌。但李秀成和陈玉成犯了同样的错误，听信了英国领事金执尔的话，未发动进攻。7月李秀成退回江西。
至此，太平军攻武昌、救安庆的计划失败了。从此，太平天国一蹶不振，直至灭亡。
太平军的这种战法，给清军将领留下了很深的印象。曾国藩说：“太平军从千里之外就做好谋划，都是分兵作战，以让我疲惫，让我多方受误导。”胡林翼也曾言：“逆匪从广西起事以来，总是以坚城坚垒牵制我们，却在我们无兵防守或兵力薄弱的地方发动攻击，因此贼越来越多，兵越来越少，敌的境况很好，而我们的状况转而变坏。李左车告诫韩信的话太好了，屯兵城下，情见势绌，实为古今不变的道理啊。”
太平军就是这样灵活主动、避实击虚，变劣势为优势，使敌人处于被动、劣势的地位，而求得发展的。
太平天国失败以后，其余部和捻军合并，继续同清军作战，虽然仍然保持着那种英勇的革命精神，但已处于被动状态，四周都有清军追扑拦截。
为了求得生存，他们发展了一种新的战术，即游击性的运动战。这种战术仍保持了灵活主动、避实击虚的战术的精髓，即以走避敌、以走致敌、以走击敌。
所避者，敌人势力较强者；所致所击者，是敌人虚弱的部分。他们充分利用骑兵的特点，和敌人周旋，“兵多之处，避路而行，兵少之地，冲锋突过”“有时疾驰狂奔，日行百余里，连数日不少停歇，有时盘于百余里之内，如蚁旋磨，忽左忽右”。
他们在运动中，运用种种方策，使强敌失去主动，将敌人拖疲、拖垮，然后乘虚直捣，将敌消灭。曾国藩曾向清廷报告说：“该逆狡诈多端，飘忽异常，从不肯与堂堂之阵约期鏖战，必伺官军势孤力竭之时，出不意以困我”。这就很清楚地说明了这一点。
太平军这种将敌之“实”变为敌之“虚”的战术是和《孙子》兵法相合的。《孙子·虚实篇》言：“吾所与战之地不可知，不可知，则敌所备者多；敌所备者多，则吾所与战者寡矣。故备前则后寡，备后则前寡，备左则右寡，备右则左寡，无所不备，则无所不寡。寡者，备人也；众者，使人备己者也。故知战之地，知战之日，则可千里而会战；不知战之地，不知战日，则左不能救右，右不能救左，前不能救后，后不能救前。”
意思是：不让敌人知道我方进攻的目标，那么敌人就要分兵防守，各个地方的兵力就都会很少，此时选择一个环节进攻，敌人就会左右不能相救。
太平军根据这一战斗纲领，掌握了优势，发现了清军的虚弱之处，选择好进攻的时间和地点，就采用迂回的歼敌战术，以骑兵急袭敌人的侧背，为奇兵，而以步兵从正面冲击，为正兵。骑兵以疾风骤雨之势包过清军侧背，切断清军归路，步兵则从正面同敌人肉搏，使清军的优良武器置于无用之地，然后将清军团团围困，进行歼灭。
这一战术对将领的要求很高，他们首先要对战局有比较深入的了解，能够恰到好处地捕捉战机。否则不但不能成功，而反为所害。故此，太平军的成功确实应该归因于将领的卓越智慧。
曾国藩在镇压过程中，对太平军余部的这一战法越来越了解，也发现了这一战略的薄弱之处，那就是不怕追而怕围，一旦将其围住，其流动性就无法发挥出来。是以他采取了河防圈制之策，设兵于重地，辗转联络，将太平军包围住，同时出游击之师，追蹑敌踪，逐渐缩小包围圈，将敌人压住。
曾国藩的这一见解是正确的，虽然由于将领和军队的腐败而惨遭失败，他本人亦被革职，但他的门生李鸿章继承了他的衣钵，终于将太平军镇压了下去。
太平军最后虽然失败了，但以微弱的兵力能够和为数众多的清军周旋很长一段时间，并能够屡创敌军，却也反映了其军事谋略的高超。
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