鄂尔泰是以剿抚兼施的方式进行改土归流的。
他主张对土司要以抚为主，上策是用计招抚，下策是用兵胁迫，上策是让土司自己投诚，下策是责令土司投诚，但无论被动还是主动，对于投献者都要给以奖励，对土司的统治区域也只是编查户口、征收赋税，土司仍然要受到供养，给予终身的职位和荣誉。
实行过程中，还根据实际情况的不同有所侧重。
雍正元年（1723）四月，鄂尔泰对抵抗清军设营的贵州广顺州长寨用兵，设立长寨厅。长寨用兵，成为雍正朝大规模改土归流的开端。
十月，雍正授予鄂尔泰为云贵总督，加兵部尚书衔，以利于他在辖区内进行改土归流，又将广西划归他管理。云南、贵州、广西三省的归流事务就全在鄂尔泰的管理之下了。
清政府首先将原属四川的东川、乌蒙、镇雄划归云南，进行改土归流。此三地自明洪武十五年（1382）平滇后，分别设府，改隶四川。各府均由当地彝族首领世袭土知府，和归流前区别不大，只不过是每年纳税而已，设府的目的也只是表示中央政府对此地在法理上的约束力。
但实际上此三地受政府的约束很小，并且因距四川首府太远，天高皇帝远，得不到有效控制，因此时叛时顺。
雍正四年（1726），鄂尔泰命曲寻总兵刘起元，带兵移驻东川，将巧家等六营地方，一切由少数民族首领世袭的官员全部裁撤，改由流官管辖，东川府最先真正实现了改土归流。
乌蒙在东川北面，是三大土府中势力最强的一个。鄂尔泰恩威并用，一面派人说服乌蒙实际掌权者禄鼎坤服从政府决策，一面派刘起元等先赴东川，联合东川府官员到威宁会审乌蒙土知府禄万钟。
十二月十三日，鄂尔泰前往东川，禄鼎坤父子迎至百里外。鄂尔泰赏给缎匹银牌，并委为土守备，令随同游击张鹤传唤禄万钟。
但禄万钟被汉人主文、刘建隆等挟制，不肯出来归顺。鄂尔泰遂派官军前往攻取，刘建隆等不敌，纷纷出逃，乌蒙各寨沿途归附者三千余户，乌蒙归流。
镇雄亦被鄂尔泰以同样办法，先是收服有实力的陇联星，土知府陇庆候逃往四川。
雍正五年（1727）正月，清军进驻镇雄。乌蒙、镇雄改设流官，派兵驻守。雍正八年（1730）又剿灭东川、乌蒙、镇雄的联合叛乱，稳定了三地的局势。(www.xing528.com)
贵州是苗族聚居的地区，清朝的统治力量很薄弱，尤其是有许多既无土司，又无流官的部族，完全处于清朝统治之外，被称为“生苗”，被视为化外之地。
雍正四年（1726），清军进攻仲家苗，总兵石礼哈在镇压长寨苗民的反抗后，乘势招抚了广顺、定番、镇宁、永宁、永丰、安顺等地千余处苗寨。
接着鄂尔泰齐集大兵，向黔东苗岭山脉，及清江、都江流域的“苗疆”进发。
雍正六年（1728），鄂尔泰派熟悉情况的张广泗带兵赴都匀、黎平、镇远、清平等地劝导苗人各部落，相机剿抚。张广泗驻兵于险要关隘，广泛招抚，对不肯降服者，以武力征服。剿抚之下，贵州省四境之内的苗寨基本上完成了改土归流。
在鄂尔泰于云、贵以及广西边界改土归流的同时，湖南、四川等地也相继完成了改土归流。
清政府对革职土司采取优待政策，那些本人或祖先有功于清王朝者，仍授以官职，其他则分给一定的土地和房屋，让他们能够自给，不至于流离失所。
但许多土司的势力根深蒂固，不愿交出自己的统治权，被革去土知府官职以后，仍然保持着对部属的联系和影响，企图东山再起，恢复以往的统治。
鉴于此，雍正决定采取调虎离山的策略，对影响较大的土司及家口，进行迁移，将他们迁至内地安置，断绝他们与旧部的联系。
雍正五年（1727）以后，这种大规模的内迁开始付诸实行。如镇沅土知府刀翰家属被安置在江宁，泗城土知府岑映宸被安置在浙江，保靖宣慰使彭御彬被安置在辽阳，桑植宣慰使向国栋被安置在河南，邓川土知府（上天下见）远被安置在江西。
改土归流是清政府的重大政策之一，改土归流的成功，有效杜绝了大大小小的分裂势力，加强了中央政权对少数民族区域的控制力，促进了中央集权的发展。改土归流以后，原本封闭落后的少数民族区域与外界的联系日益紧密，对于这些贫困落后地区经济的开发、文化事业的发展具有重要的意义。
但改土归流在实行的过程中，由于在执行层面出现了偏差以及民族、阶级歧视等原因，也伤害了当地少数民族的感情。如对土府用兵时的大规模屠杀，改流之后贪官污吏的勒索，土司迁入内地后，地方官不予妥善安置等，曾一度引起矛盾的激化，发生土民暴乱以及土司逃回等事件。
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