两兵交战，是没有固定的模式来遵循的，战场风云变幻，不可预料。因此，要对主次矛盾进行分析，以便集中兵力，打击元凶。
古人云“擒贼先擒王”，不打击主敌，毁其根据地，灭其主力，敌人仍会重整旗鼓。对于次要矛盾，要不失时机地加以争取，促进其向己方转化。
康熙在平“三藩”的过程中，依此方针，逐渐稳定了政局，孤立了“三藩”之首吴三桂，从而彻底底定南疆。
所谓“三藩”，系指清朝分封的三个汉族异姓王：留镇云南的平西王吴三桂，留镇广东的定南王尚可喜，留镇福建的靖南王耿精忠（耿仲明之孙）。
“三藩”兵力雄厚，雄踞一方，对中央政权构成极大威胁。其中以吴三桂为最，不仅兵力众多，而且把持了云贵等省官员的任免，世称“西选之官遍天下”。
康熙亲政后，为了加强中央集权，意欲铲除“三藩”。康熙十二年（1673），尚可喜上疏归老辽东。吴三桂、耿精忠也上疏试探。不料康熙顺水推舟，下令“三藩”俱撤。
吴三桂恼羞成怒，首揭反叛大旗，耿精忠及尚可喜之子尚之信也相继起兵。吴三桂分布各地的党羽望风蜂起，占据要津，许多朝廷命官被迫从逆。长江以南尽皆失陷。
清政权大有风雨飘摇之势，朝野上下一片慌乱。
康熙力排众议，决意申讨，派八旗劲旅前往荆州，阻截吴军过江，又发兵驻扎要地，固守江西，割断耿、吴叛军的联系。同时发动政治攻势，对耿、尚以及吴的部下进行招抚，借以全力镇压吴三桂。
康熙首先谕告云贵文武军民，进行策反活动。要求各守本分自保，不要听从威胁利诱，有误入叛军的，如果能够认真悔罪归顺，以前的错既往不咎，不再惩处。如有能在军前擒斩吴三桂的，就把吴三桂的平西王的爵位封给他，有能斩杀或擒获吴三桂党羽的，以及带领兵马投诚、献城归顺的，按功劳从优任用为官。
康熙十三年（1674），耿精忠响应反叛后，康熙命定南将军希尔根、平南将军赖塔、平寇将军根特巴图鲁，分别由江南、浙江、广东三路进军福建，又派军驻于江南、京口待命，同时降旨招抚，遣工部郎中周襄绪前往福建宣谕，诏曰：“你耿精忠肯定是一时无知，落入奸计当中，与吴三桂是不同的，因此我将吴三桂的子孙正法，对你耿精忠在京的弟弟们仍然照旧宽待，对你属下的官兵也未加罪，如果能幡然悔悟，将侵犯内地的海贼郑经速速剿灭立功请赏，我就赦释免你以前的罪过，仍像以前那样对你。”然而耿精忠拒绝归降，反而关押了周襄绪。
康熙遂命康亲王杰书与国山贝子傅拉塔由浙江进击，连败耿军。
乘着胜利之机，康熙再次颁诏耿精忠，并派其弟耿聚忠至杰书军前招降。诏书回顾耿精忠祖、父功劳，陈明利害，说：“你要是真心悔罪归顺，就马上恢复你的王爵，仍让你镇守原来的地方，你属下的人员职任俱各如故，兵民人等照前安插。如果能够消灭郑经等海寇，好好辅佐我，仍从优任用，加官晋爵。上次派出的使臣周襄绪等人你不让回来，一定是有别的原因，我并不在意，我以真心待天下，绝不食言。”
然耿精忠一意孤行，不见其弟，调兵遣将如故。浙江战场出现僵持局面。
就在此时，耿精忠方面的形势发生了变化。与其一同受吴三桂之约进攻江南的郑经，试图吞并福建，耿精忠被迫调江西兵回闽，清军遂借此时机长驱进入福建。耿精忠受两侧夹击，势力穷蹙。
康熙见时机成熟，遂令杰书前往谕降。九月，耿精忠遣子耿显祚于福州向杰书请降。康熙命其仍保留王爵，随清军征剿郑经，立功赎罪，耿部众纷纷献城归顺。康熙十六年（1677），清军将郑经逐回厦门，福建、浙江、江西被平定。
尚之信起兵后，处境并不比耿精忠强。吴三桂不断向其索要饷银，又派亲信董重民取代金光祖为两广总督，冯甦代佟养钜为广东巡抚，马雄驻肇庆，欲取而代之。此外郑经受吴三桂支持，占据广东惠州。
而此时耿精忠投降，清军压向广东。尚之信一下子落入困境。
耿精忠的归降为他作出了榜样。康熙十五年（1676）十二月，尚之信派人到简亲王喇布军前乞降。喇布上奏康熙，康熙降特旨曰：“把你以前的罪和你部下官兵的罪，全部赦免，如果能借机进剿叛军，立功自效，仍然加恩从优任用。”
康熙十六年（1677）五月，尚之信率省城将士归清，其部将亦以城池归顺，董重民被擒献。康熙命尚之信继承其父平南亲王的王爵，所属部将各复其职，董重民等也被免死释放，表示叛乱罪在吴三桂一人，与其他人没有关系。
吴三桂是清军重点讨伐对象。康熙曾连下谕旨称“湖南是吴三桂的根据地，四方群寇都以湖南的形势为进退”。因此，清军的绝大部分都部署在湘黔川陕一带同吴三桂作战。(www.xing528.com)
康熙对吴三桂的部下，同样采取招抚政策。他说，逆贼吴三桂反叛，所在地方的文武各官，因兵单力微，对他的胁迫不能反抗，想要弃城归降，却又惧怕国法难以饶恕，迫不得已而追随他的人是有的，也有被他的奸计所迷惑，因为无知而服从他的，应该不避前嫌，广为招抚。
在康熙招抚的吴三桂部将中，以王辅臣最费周折。
王辅臣，山西大同人，曾隶明大同总兵姜壤麾下，随姜壤降清，于顺治五年（1648）又随姜壤倒戈反清，被击败复降。姜壤死后，清廷授王辅臣侍卫，隶汉军正白旗。顺治十年（1653），随洪承畴南征，升为湖广总兵。顺治十六年（1659）平定云南后，吴三桂镇守该地，奏补王辅臣为援剿右镇总兵。康熙九年（1670），王辅臣被提升为陕西提督，移镇平凉。
王辅臣与吴三桂素来关系亲密，吴三桂反后，立即派人与王辅臣联络，不料王辅臣首发“逆札”，向朝廷告发，致使吴三桂大失所望。但当吴三桂攻下四川、湖南以后，王辅臣却举兵响应，杀经略莫洛。
康熙听到奏报以后，大为震惊，立即颁谕王辅臣，将其反叛原因归咎于自己，他自责说：“这次兵变以后，我当面问过你儿子，才知道你和莫洛两人有私人恩怨，嫌隙很大，才有今天的情况发生。这是我识人不明，让你遭受意外之变，让你的忠心无法表达，错误在我啊。”并表示，如果王辅臣反正，仍复提督原任，既往不咎。
但王辅臣在观望中。在得到吴三桂饷银20万两后，遂继续发兵。康熙急命张勇、王进宝等率兵进剿，将王辅臣压制在平凉、固原，久攻不下。
直到康熙十五年（1676），图海奉命进攻平凉，以红衣大炮炮击王辅臣军营，王辅臣被迫投降。固原等地相继归顺，西北局势得以稳定。
康熙命王辅臣恢复原职，加太子太保衔，封靖寇将军，令其立功赎罪。
王辅臣的归降具有榜样的力量，清军逐渐振作起来，在战场上渐渐得势之后，吴三桂部下也纷纷归诚。
敌水师将领林兴珠降于湘潭，指挥清军攻陷久攻不下的岳州，吴三桂部下的将军、总兵、文武官员，以及船舰、士兵来归降的人甚多，自此湖南门户大开。
吴三桂先是失去耿、尚的帮助，后西北王辅臣又被困，清军围攻湖南，其势不得伸展，又兵粮乏竭，子孙被杀之事时时袭扰其心，在百无聊赖之中，吴三桂遂在衡州称帝，改元为周，帝号昭武，力图以称帝重振士气。但仅仅五月余他就在忧病之中死去了。吴三桂死后，吴部派系斗争激烈，又失岳州咽喉重地，无力抵抗清军进攻，其孙吴世瑶遂撤往贵州，企图负险苟存。
康熙十八年（1679）末，湖南、广西、四川平定，康熙命兵分三路，由三省分别进击云贵。一路上势如破竹，直抵贵阳，吴三桂孙吴世璠逃往云南，其文武官员二百余人及贵州总管李本深归降。清军直入云南，包围昆明，吴世瑶等被困城中。
康熙令招抚云南各府州县吴属官兵，临安、永顺、姚安、大理等诸路敌总兵相继归顺，敌各路援兵亦被击败，昆明成为一座孤城。
康熙二十年（1681）十月二十八日，吴军诸将线域、吴国柱、吴世吉、黄明，原任都统何进忠、巡抚林天擎等谋擒吴世璠，吴世璠闻变自杀，二十九日，诸将开城迎降。清军擒获怂恿吴三桂起兵并为其谋士的方光琛，于军前正法，这是开战以来清军处死的第一人。
吴三桂祖孙虽死，亦不宽贷，吴世璠被戮尸传首，吴三桂遗骨被拆解示众。
至此，“三藩”平定。
康熙的打击元凶战略，对于分化敌人阵营，孤立首要敌人，对改变敌我力量对比具有重要作用。
法国传教士评论说，康熙“不仅使一些尚未公开表示支持吴三桂的人服从他的命令，而且还能使大部分曾经背离朝廷的人也重新站到他一边来”，“他的聪明才智，很快弥补了他力量的不足”。
但康熙对招抚中所作的承诺却未能完全遵守，其实这些都只是他的计谋而已。平定云南以后不久，尚之信、耿精忠就以大逆不道的罪名被处死了，吴三桂所部亦分别以情节轻重被处以死刑、革职、流放等，各藩属亦被疏散安插。只有叛而立功之人才被授以官职。但这也足以显示他的宽厚、不事株连的一面了。
经过此番整顿，“三藩”的余部就烟消云散了。
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