对专业学位研究生教育试点以来的人才培养模式改革进行分析后发现，中国专业学位研究生培养模式改革总的来说面临如下几个方面的问题:
(一)相关配套政策体系和制度还不完善
从2009年以来，我国虽出台了一系列深化专业学位研究生培养模式改革的相关政策，但诸如2009年《教育部关于做好全日制硕士专业学位研究生培养工作的若干意见》、2010年《教育部关于开展研究生专业学位教育综合改革试点工作的通知》、2013年《教育部 人力资源社会保障部关于深入推进专业学位研究生培养模式改革的意见》等大多属于临时性政策文件，其权威性、约束力和持久稳定性严重缺乏，难以对培养模式改革产生深远的、有效的指导与规范作用。综合改革试点单位在招生计划、专业实践基地建设、校企(行业)合作等方面改革实践之中仍面临制度供给不足带来的一系列问题，严重影响了专业学位研究生培养模式改革实践的成效。目前，专业学位研究生招生工作采取全国统一考试，教育部统一下达推荐免试指标，这样招生单位就缺乏必要的自主权，难以适应各地经济社会发展的实际需要；在已颁发的诸多政策文件中，大多鼓励行业、企业及社会力量支持、参与专业学位教育，但缺乏具体明确的政策激励措施，仅停留于空乏的纸上条文，其结果往往是促而不进、推而不动；我国专业学位试行近30年，仍未见专业学位与相应职业的任职资格相衔接的具体制度安排，导致专业学位社会的认可度不高，学生报考和学习的积极主动性都不同程度地受到影响。
(二)利益相关者参与协作育人的积极性不高
专业学位研究生教育培养目标的职业性、培养内容的应用性和培养过程的实践性等特性，决定了培养院校不再是人才培养模式的唯一主体，更需要地方政府、企业(行业)、专业组织等相关利益主体参与协同育人活动。在人才培养活动之中，利益相关者的缺失，尤其是雇主(企事业单位)的缺失，是造成专业学位研究生教育人才培养目标定位不准、培养内容脱离实际、实践基地缺乏、质量不高等一系列问题的根本原因之一。
近年来，在专业学位研究生教育的相关政策中，政府虽屡次提出要“积极引导、鼓励行业、企业及社会力量支持、参与专业学位教育”[34]，但仅仅停留在政策文件和宣传口号之中，至今仍未见激发利益相关者参与专业学位研究生培养的具体政策措施和相关制度安排。“在当下开展的许多校企合作中，高校往往以自我利益为中心，未能构建校企合作的多赢互利机制，忽视了企业的合理诉求与正当利益满足，致使企业参与程度不高，人才培养的质量受到严重影响。”[35]在实地调研中，“不少企业代表就对工程博士教育的制度设计提出质疑和批评，认为企业投入巨大资源‘帮助’政府和高校培养工程博士，但却无法获得相应的教育话语权和经济补偿，这种形同‘政治任务’的做法不能保障企业权益，不利于调动企业的积极性”[36]。因此，培养院校和政府长期存在以自我为中心、不顾他人利益的独赢思维方式已很难适应当下多元利益主体协同参与专业学位研究生培养模式改革实践的需要；确立新型的合作共赢、互惠互利的价值理念就成为人才培养模式改革发展的必然选择。
(三)实践基地短缺与虚设，专业实践效果不理想
“加强基地建设，是专业学位研究生实践能力培养的基本要求，是推动教育理念转变、深化培养模式改革、提高培养质量的重要保证。”[37]切实加强专业实践基地建设，是我国专业学位研究生培养模式改革的重要任务之一。然而，目前我国专业实践基地建设中还存在以下几个方面的问题:(www.xing528.com)
(1)实践基地数量难以满足专业学位研究生规模快速发展的需要。自从1991年正式招收工商管理硕士以来，我国专业学位类别不断丰富，招生规模不断扩大。尤其是2009年以来，我国专业学位研究生教育进入快速发展阶段，“专业学位授权点由2008年的3200多个增加到2015年的7200多个，硕士专业学位研究生招生人数由2008年的17.4万人增加到2015年的37.6万人”[38]。由于缺乏专门的资金支持和具体的政策措施，培养单位对实践基地建设存在重视不够、动力不强的现象，导致已有的实践基地难以满足专业学位研究生规模快速发展的需要。有研究者指出，“高校与行业领域单位在校外实践基地的建设投入、合作方式、研究生管理等多个方面存在利益诉求不能均衡的问题，最终导致校外基地的实践落实上存在很大困难。”[39]
(2)实践基地虚设，形式多于内容。为了应付专业学位研究生教育质量评估或出于招生宣传的需要，一些高校不得不与诸多企业(行业)签订了联合培养协议。各培养单位的实践基地数量看似不少，但发挥实质作用的却不多。调查发现，“一纸实践基地合同书签订后便束之高阁，没有将这些作为真正开展实践教学的场所”[40]。尽管一些培养单位都出台了有关专业实践制度，与实践基地也签订了合作协议，但由于合作双方存在利益诉求的巨大差异，政府支持实践基地建设的激励政策又未落实，加之企业还有核心技术泄露风险等诸多原因，导致校外实践流于形式，不能有效落实，从而大大削弱了专业学位研究生的培养成效。
(四)双师型导师短缺，双导师制度虚化
指导教师素质是影响专业学位研究生教育质量的核心要素。由于专业学位研究生教育既然以其职业性和应用性区别于学术型研究生教育，又以其研究性不同于一般职业教育，这就决定了专业学位研究生导师既应具有高深的专业理论知识又需具备丰富的专业实践经验。在当下，我国专业学位研究生导师队伍建设面临两个方面的困境。
一是双师型导师十分短缺。所谓双师型导师，是指专业学位研究生的指导教师不仅应具备精深的专业理论知识而且应掌握熟练的专业实践技能。然而，我国大部分培养院校的校内导师大多是“从学校到学校”，由学术型研究生导师衍生而来，甚至与学术型研究生的导师是同一批人。他们的专业理论素质虽然较高，但实践技能和实践经验相对不足，难以达到双师型导师的标准。双师型导师的短缺无疑对专业学位研究生教育质量产生了严重的影响，比如，在培养专业学位研究生能力的主渠道——课堂教学上，往往理论脱离实践，学生的职业能力和素养无法获得培养和提高；在考察学生综合能力的学位论文指导方面，存在明显的重学术、轻应用的价值取向，难免导致学生学位论文选题和成果缺乏突出的应用价值。
二是双导师制度存在严重的虚化。为弥补校内学术型导师缺乏专业实践经验的缺陷，我国专业学位研究生教育普遍采用双导师制度。校内外导师共同承担专业学位硕士研究生的培养工作:校内学术导师为培养质量的第一责任人，负责指导基础理论知识的学习；校外实践导师则为培养质量的第二责任人，负责专业实践技能训练。笔者所在的课题组调查发现，很多专业学位研究生培养机构虽然形式上是双导师制，实际上却是校内导师唱独角戏，校外导师仅仅是挂名而已，致使人才培养难以取得预期的成效。究其根本原因，一方面在于培养院校对校外导师缺乏相关管理制度，导致权责利不清晰、不匹配；另一方面在于校外导师大多是来自工作一线的高学历的技术骨干、专家，日常工作十分繁忙，加之缺乏相关政策和工作单位的鼎力支持，导致对学生的指导缺乏必要的时间精力和内驱力。
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