1999年之后，随着社会经济发展对高层次人才需求的不断增长，我国研究生规模发生急剧扩张。一方面，截至2009年，10年期间，我国硕士阶段在校生规模从17.95万人增至115.86万人，增幅达6.45倍，年均增长率为20.5%。博士阶段在校生规模，从原有的5.40万人增至24.63万人，增幅为4.56倍，年均增长率16.4%。规模的扩张不可避免地加重了经费投入、师资力量、教学及科研实验设施等压力，在很大程度上制约了研究生培养质量的提升。另一方面，随着我国由计划经济体制向市场经济体制转变的完成和政府管理模式转变的不断深化，传统的研究生教育管理和调控机制已无法有效适应新形势下研究生教育发展的需求。宏观、微观协调配套的长效质量保证机制、规模调控机制和结构调整机制尚未完全建立，研究生教育经费、招生计划等资源的配置和使用效益还需要进一步提高，研究生教育的规模和结构还不能根据经济社会发展需求及时、有效地进行调整，研究生培养与科学研究工作的紧密结合还需要进一步加强，指导教师和研究生的创新积极性还有待于充分调动和提高。
具体而言，目前研究生培养体系存在如下不合理现象（哈工大报，2010；中国教育在线，2010；沈岚，赵冬梅，2016）。
（1）导师在培养中的责权利不清。导师在博士生培养中提供资助的额度有限，这一方面导致部分导师对招生指标的盲目追求、学生培养投入不足、出口把关不严等一系列问题；另一方面导师也缺乏有效的研究生监管激励机制。
（2）研究生招生录取机制不顺。大锅饭机制使得部分导师在不具备培养条件和相应课题时仍然盲目追求研究生招生指标。另外，研究生录取选拔机制过度依赖考试分数，尚未形成包括导师评价在内的综合科研素质考核选拔机制。(www.xing528.com)
（3）没有形成具有研究生教育特点的培养成本分担机制。研究生培养成本主要依赖国家财政拨款与高校自筹经费，在很大程度上导师与研究生存在观念上的误区。
（4）研究生激励机制的不完善。传统的研究生奖助体系的享受与否在研究生入学录取时就确定下来，没有与研究生的实际表现相挂钩，没有形成动态的评估机制；生活费受益面小、金额有限，不利于调动学生的主动性、积极性和科研创新。
（5）研究生培养未与科研有机结合。由于研究生教育“科研—教学—学习”链接的模糊和间接，导师的科研与学生录取、培养尚未形成有效衔接，无法为研究生培养构筑学习训练平台，并且也在一定程度上影响科研产出质量、效果和教师培养人才的积极性。上述问题已经成为制约我国研究生培养质量进一步提升的机制性障碍，而进行研究生培养机制改革也已成为研究生教育政策改革的重要课题。
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