抗战时期中共的后方根据地主要是陕甘宁边区。早在抗日战争全面爆发前，为了团结和争取一切抗日力量，中共便对包括教门在内的秘密社会组织以及与这些团体有关的地方武装广泛开展了争取、教育工作。1935年1月，中共中央到达遵义后，在一份对地方工作的指示中，指示各地在广泛、迅速地发动群众时，要“争取哥老会等秘密会社中被欺骗的贫苦的分子，发动他们起来反对其领袖”。[16]1935年底，中共及其主力部队到达素以匪祸严重而著称全国的西北地区不久，便着手解决该地区的土匪、教门问题。此前，中共川陕根据地陕南特委将“神团”改造为游击队，为中共解决教门问题创造了较为成功的经验。[17]1936年7月15日，毛泽东以中华苏维埃人民中央政府主席的名义发布了对哥老会等组织的宣言，号召他们和全国人民一起团结起来，共同抵抗日本帝国主义的侵略。[18]中共中央的这一指导思想完全改变了过去对教门等秘密社会首领所采取的排斥态度。1936年8月，根据中共中央关于争取哥老会的指示，中华苏维埃中央政府西北办事处设立哥老会办事处，成立了中华江湖抗日救国委员会筹备处，并于同年10月15日在陕西省志丹县的马头山成功召开了全国哥老会代表会议，也就是“马头山开山堂”。
由于与中共在诸多方面存在巨大差异，大部分秘密社会无法认同中共的政策，因而拒绝接受中共的改造。一些秘密社会分子甚至与日伪乃至国民党顽固势力相勾结，或者造谣惑众、投毒暗杀，或者收集情报、充当敌探，有的甚至在日机轰炸时向空中发信号指示目标，“严重地危害了边区的建设与巩固”[19]，“严重地阻碍着人民抗战力量增长的速度，减少了战争的胜利，招致了战争的损失”[20]，充分暴露了其封建性、落后性、破坏性的一面。正如抗战时期中共所指出的：“私人利害观念尚未克服，因之动作极不一致，配合也不密切，甚至在日寇汉奸的阴谋挑拨下，相互猜忌，相互争夺，引起了一些愚蠢的行为，减低了抗战的力量。”[21]陕甘宁边区一教门头子张积善自称“三期普渡”，开设香堂，鼓吹“日本人来了不杀吃素的，只要加入本堂即可免劫”，甚至传言：“给日本人当兵，每月给30元白大洋。”延川一些匪徒受日特指使，鼓吹“前清已过，后清还要来，日本是保护宣统皇帝登基的”，并动员人们留长辫子，说日本人来了不杀留长辫的。他们还组织黑军，企图颠覆抗日民主政权。在延川、清涧地处河防前线，由日特出面组织“黑军政府”，而魏善元、徐占魁奉命在宁县川庄组织黑军，1个排30人，自任排长，又组织两个交通组，每个会员佩戴一个黄布条，上写“坚持消灭国民党、共产党，保拥宣统皇帝登位”。[22]中共为此不得不投入一定的军事力量、政治力量来解决秘密社会引发的各类问题。(www.xing528.com)
陕甘宁边区是中共领导的敌后抗日战争的政治指导中心和敌后抗日根据地的总后方，因而中共对秘密社会采取最严厉的取缔措施，对坚持反动活动甚至暴乱的秘密社会坚决予以镇压，“至此，边区匪患基本肃清，社会秩序安定，人民安居乐业，更加积极地参加抗战活动”。[23]
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