1945年8月日军战败时，731部队的编制人员还在3000人以上。731部队接到撤退的命令，为了掩盖罪行，他们炸毁设施，销毁罪证。石井四郎下令将狱中监押的最后一批待实验人员用毒气全部杀死，将凡是能证明其罪证的文件、资料烧毁。
有资料证实，在731部队撤退之前进行的大屠杀中，有516毒气部队的参与，使用了致命的化学武器。1945年8月10日早上，一辆从731部队的专用机场开出的军用汽车来到731部队的院子。院子里有左右对称的两栋房子，小窗上安装着铁格子，这是731部队的特设监狱，被称为“马路大小屋”。其中一个大尉开口说：“建筑物的容积用目测简略地测一下，除以房间数看看商是多少？青酸的有效浓度是多少？”“青酸”是日本军队在化学战中十分重视的一种毒剂——氢氰酸。那么，在731部队中储藏着“青酸”这一毒剂，本身就意味着进行细菌实验的731部队同化学武器有着密切关系。
这两人来自516毒气部队。他们的任务就是配合731部队在撤退前使用氢氰酸（“茶”剂）屠杀被监禁在731部队所属监狱中的“犯人”——“马路大”。他们在经过计算后，装备好防毒衣和防毒面具，从平台的钢瓶中谨慎地把液体的氢氰酸缓缓倒入一个个锥形的玻璃瓶中。然后走到第一间关“马路大”的小屋，从可以自由开启的小窗中迅速把锥形的玻璃瓶扔了进去，玻璃瓶掉在地上破碎了。狭小的屋子里关了4个人，因为是在夏季，他们的上半身几乎是裸露着的。看到气瓶被投进来，寂静的牢房突然骚动起来。两名516部队的队员把一个个毒剂瓶投入每个牢房小窗。玻璃瓶破碎后，“青酸”迅速气化，“马路大”们很快窒息了，口中吐出白沫。不久便遽然死去。[5](www.xing528.com)
综上所述，不难看出，从事化学武器研究的516部队和从事细菌武器研究的731部队是不折不扣的恶魔兄弟，为了达到全面侵华的目的，它们密切合作，进行人体实验，使大批中国同胞惨遭杀害。以牺牲中国人民的生命为代价，积累了化学毒剂对人体产生作用的大量病理学上的“科学”数据，“七七事变”后，日军在全面侵华战争中大规模使用化学武器，与其在东北的毒气实验取得的“经验”有密切关系。
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