抗战时期，四川境内尚无铁路，公路又少，内河成了抗战时期主要运输线路，使重庆的内河航运出现空前繁荣的景象。国民政府出于战争运输的需要，对长江上游干支流进行了水文观测和航道治理。
1936年1月，四川省建设厅接奉南京国民政府资源委员会要求在四川、重庆境内江河设立水文观测站，观测水位、流量、雨量、蒸发量和含沙量等通知，即行拟订计划实施。共计分设3区，其中第三区设置在重庆巴县，主任税西恒，观测嘉陵、渠、乌江及长寿龙溪河流域，嘉陵江水位站于1936年5月在私盐沱建立，龙溪河水位站于8月在袁家坪建立。
1937年，西迁的水利机构纷纷成立河道整治组织，其中有经济部所属的“金沙江工程处”和行政院“江汉工程局”，扬子江水利委员会成立的“岷江水道工程处”和“嘉陵江水道工程处”，导淮委员会所组织的“乌江水道工程局”和“赤水河水道工程局”等专门整治机构，分别负责对长江上游干支流航道的整治工程。
川江是大后方的咽喉要道，航运关乎国家生死存亡，但滩多水急，国民政府按照“深淘沟、低作堰”的治水航运原则，大范围开展航道整治。1937年，对部分严重影响通航的险滩进行了整治，设置航标和信息台406座。1938年至1940年，在川江上设置21个机动绞滩站，绞滩能力达1000吨到3000吨，使船舶过滩能力大大提高，8年间共绞船只9万多艘。川江的整治以渝叙段为重点，其中又重点整治小南海、筲箕背、连石三滩等阻碍航行的险滩。国民政府对该工程极为重视，决定拨款一亿五千四百万，并先付四千万作为首批投资，1944年该工程正式启动，并在年内完成。经过此次整治，初步改善了航道条件，促进了渝叙段的航运发展。
嘉陵江为沟通四川到陕西、甘肃的重要通道，抗战开始后国民政府对其战略意义特别看重，开始着力进行航道整治。陕西境内的航道较短，从1939年开工到1940年即告竣工，共筑坝堰13处及沿江纤道工程，从此载重15吨木船可由四川广元直达山西略阳。四川境内航道较长，情况远为复杂，江汉工程局于1939年对嘉陵江进行全面测量，然后分合川至南充、南充至阆中、阆中至广元三段进行施工。通过整治，使得本段航道初步达到最浅处由原仅行5吨之木船提高到能行驶14吨之木船。1943年1月，扬子江水利委员会接替江汉工程局进行江陵江整治未完成之项目，在北碚设立“嘉陵江水道工程处”，下分八段进行施工。分别为重庆至北碚段、北碚至合川利泽场、利泽场至武胜烈面溪、烈面溪至南充龙门场、龙门场至蓬安、南部县至苍溪县、苍溪县至昭化县张王庙、张王庙至广元。工程计划总投资134616787元[4]，但因经费所限，未能全部完成。但经过整治，到1946年，各滩水深已经由原来的0.7～0.8米增至1.5米以上，行船载重量增加，除个别浅滩外汽轮可终年畅行无阻。(www.xing528.com)
乌江是重庆与黔东北的重要运输纽带，抗战时期由于军商运输大幅增加，治理航道被提上日常。1938年国民政府在涪陵成立“乌江水道工程处”，对乌江进行勘察，1939年1月开始全面整治，一直到1945年12月，完成纤道94处，长38公里，完成石方50200余方，轰炸险滩73处，建筑龚滩及潮砥驳道2处，完成绞关19座，共耗资450万元，使用劳力732000余工，一定程度上改善了乌江航道。[5]
国民政府对治理干流航道的同时，也对上游水网一些支流进行了整治和渠化。綦江自古即为川盐运黔的重要水道，抗战时期，为加快向重庆的冶炼厂、兵工厂运输原煤、钢铁原料等物资，在綦江及其支流蒲河上建成梯级闸坝11座，使之成为川江中最早渠化的支流。《长江志》载，这是“中国近代川江水系应用渠化工程治理航道之始，也是近代治河与水工技术在长江流域具体实践的先驱”。其中，盖石峒船闸“是中国近代第一个二级连续船闸，总水级9.2米”。[6]綦江主航道和支流经过筑坝后，分别渠化了80公里和16公里，河道水深增加，险滩淹没，航行条件大为改善，全年可通行10至30吨的木船，全部航程只需两天，运输船只从1938年的1600艘，增加到1944年的2600艘，年货运量也从4.8万吨达到30万吨。綦江成为当时由重庆经川江、綦江水运至松坎，再转贵阳的“筑渝”联运线的组成部分。
航道整治大大推动了以重庆为中心的航运业的发展。据长江区航政局统计，1940年以重庆为起点的轮船航线即达20条，后来又陆续有所增加。1942年，仅重庆民生公司一家，就有固定航线21条。[7]可以说，抗战期间的河道整治，使得重庆成为名副其实的大后方交通中心。
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