1938年1月国民政府经济部成立，接管水利；3月国民党临时全国代表大会通过了《中国国民党抗战建国纲领》，提出8条战时经济方针，其第2条指出：“全力发展农村经济，奖励合作，调节粮食，开垦荒地，兴修水利”，把水利提到了战时建设的重要地位上；6月经济部拟定了《关于战时水利建设方针的报告》，指出：“抗战期间，西南西北各省农田水利开发及后方水道运输之改进，需要殊为急切，均已指定各水利机关，分别举办。”为促进战时水利建设，政府决定设立水利专管机关，旋由蒋介石提议，于1939年召开五届七中全会，议决设立行政院水利委员会，专门办理全国水利事业。水利委员会于1941年9月成立。
为从经费上保障西部农田水利之开展，国民政府除直接的财政拨款外，加强了对农村水利工程的贷款。1938年，军委会颁布《战时合作农贷调整办法》，严令各银行农贷不得停顿，并不得少于历年放款数额。1942年10月，四联总处理事会通过《办理各县小型农田水利贷款暂行办法纲要》，指定中国农民银行负责农田水利贷款，贷款额度规定为“全部工程所需工料及设备费用之八成”。1944年8月，四联总处理事会通过正式的《中国农民银行办理小型农田水利工程贷款办法》，规定兴办小型农田水利经费不足之数，由农林部与中国农民银行按照二八比例配贷。1944年10月，行政院同时颁布《各省酌拨田赋超收部分成数兴办农田水利办法》和《乡镇储蓄拨充地方造产部分提成兴办农田水利办法》两项法令[2]，这是针对当时严重的通货膨胀形势对水利建设资金的补助。
水利法规建设在抗战前一直处于空白状态。1942年，国民政府颁布了我国近代第一部《水利法》，明确了“水利”的范围和水利行政主管机关，提出“水利区” 概念，这些有利于打破“省自为政”“县自为政”的局面，建立水利工程建设管理的统筹规划。同时明确了“水权”的概念，规定水权需做申请和登记，为农田水利建设提供了法律依据和保障，减少了水利纠纷。(www.xing528.com)
全面抗战爆发后，大批水利行政机构和大专院校、科研院所迁来重庆，为大后方水利建设提供了人才保障。1937年，国民政府扬子江水利委员会、华北水利委员会、导淮委员会、江汉工程局等水利机构纷纷西迁。中央水工试验所本是直属中央政府的全国水利科学研究中心，1937年7月迁入重庆，在磐溪、石门先后创建实验室，直至1946年返回南京。中央水利试验所在渝八年中，先后进行长寿龙溪河水利开发、綦江梯级船闸、江北郭家沱倒虹吸管工程等有关模型试验和重庆页岩等工程地基岩土土工试验。此外，还在重庆境内各大江河建立水文观测站多处，并汇编水文气象资料及制作、校正水文测验仪等，这些在重庆均属首创。
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