选择最适合于博士生教育的组织结构一直是欧洲各大学所有讨论中的一个关键问题。组织结构必须向院校和博士生体现出更多的价值：提高透明度和质量，改善录取和评估程序；创造有关发展可迁移技能的协同效应。个体化的学习项目日益遭到质疑和批评，它被认为无法应对为全球劳动力市场多种职业培养人才的挑战。个体化项目主要基于博士生候选人与导师之间工作同盟的传统模式，它通常没有结构化的课程阶段。然而，在某些学科（主要是社会科学和人文学科）中，个体化的学习项目仍是一种普遍存在的模式。
最近的发展状况以及对欧洲范围内实践的分析都表明，许多国家越来越倾向于结构化的培养方案，博士生被分到博士生院/研究生院/研究学院中。《欧洲大学协会趋势报告（五）》（The EUA TRENDS V Report）（Crosier 等，2007）表明，在参与调查的欧洲高等教育院校中，30%的院校表示它们已经建立了某种博士生院、研究生院或研究学院。这个问题在2006 年博洛尼亚进程成员国的调查中也被问到过[5]。在回复的37 个国家中，16 个国家表示它们的教育院校在现有模式（如传统的个体化培养或“孤立的”结构化博士项目）之外也引入了博士生院、研究生院或研究学院。这种趋势反映出两种需求：一是培养数量充足的博士生；二是创造出活跃的、国际上认可的科研环境，以在地区、国家、国际的层次上促进合作。与此同时，人们相信，以结构化的方式组织博士生教育能够缩短攻读博士学位的时间，提高博士毕业率。
在欧洲出现了两种主要的组织结构，用于推动高质量、面向国际的博士学习：(www.xing528.com)
● 研究生院——一种包括博士生，经常也包括硕士生的组织结构。它提供行政管理方面的服务，为可迁移技能的发展提供支持，组织录取工作、课程和研讨会，负责保障质量。
● 博士生院/研究学院——只包含博士生的组织结构。它可能围绕一个特定的学科、研究主题或跨学科研究领域来组织；并且/或者聚焦于建立研究小组/网络，以项目为驱动。它可能涉及一个或多个院校并在它们之间组织合作。
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