松井大将在南京事件中被追究责任，当他接到关于死刑的判决后不久，巢鸭拘留所的教诲师、东京大学教授花山信胜曾见过大将一面，听他这样说：
南京事件，可耻之极。在南京入城后，举行慰灵祭时，我提出也要一起祭祀死去的中国人，可是参谋长以下部属怎么也不理解，说是会影响日本军的士气。以师团长为首都是那么认为的。在日俄战争期间，我以大尉身份参战，那时的师团长无疑要比现在的师团长好多了。在日俄战争期间，别说对中国人，就是对俄国人，日军在俘虏处置问题以及其他方面都处理得很好，而这次却做不到这一点。自然，那可能是因为政府当局没有这样考虑，在武士道或人道这些方面，今日与当时全然不同了。在举行慰灵祭后不久，我把大家召集拢来，以军司令官的身份板着脸发起火来。当时朝香宫也在场，柳川中将也是个方面军司令官，我说，好不容易树立起来的皇威，一下子由于那些士兵的暴行失去了光彩。可是，此后大家却都笑了起来。尤为甚者，某师团长甚至说“那是理所当然的！”所以，仅我个人落到这样的结局，虽一个人，但能给当时军人们以更多、更深刻的反省，就此意义而言，我感到非常高兴。我想，好歹已是这样了，就让我这样死去吧！（《和平的发现》，第二二六页。
这可能是他对军纪败坏的情况所发出的一种悲叹。由于师团长缺乏人道主义而发出独断专行的命令，日本军集体屠杀了俘虏和散兵，并由此导致每个士兵犯下暴行，师团长们对此却毫不在意。松井大将就师团长们的责任问题也在远东国际军事审判时的讯问调查记录（检证一〇一〇四）中说：“朝香宫是在南京入城前来到部队的，鉴于他在本部队的时间较短，我认为责任不在朝香宫。我想说，当事人的责任在于师团长”（《远速》，四十四号，载前引资料集1，第七十七页）。然而，他所说的责任问题，也许是就当时所处的地位而言。
松井大将曾说，要对战死的中国人一起进行慰灵祭，但说是会关系到日本军的土气，遭到了参谋长们的反对，结果未能这样做。然而，前华中方面军参谋中山宁人在远东国际军事审判时提出的宣誓供词（辩证一三四五）中说：原想在进行慰灵祭时祭扫战死的中国人，后因祭文和其他准备工作来不及，因而决定推迟时间（《远速》，二一四号，载前引书1，第二〇五页）。这种供词等于零，事实怎么会歪曲到这种地步！
住在山梨县市都留郡的释神仙和尚，曾以预备役少将（一说少尉——译者）身份应征入伍，但他在村公所的官员面前，当众撕掉了应征入伍的命令，因而竟在宪兵队的拘留所里被整整监禁了一年时间，备受严刑拷打，结果当了从军僧，于1939年3月前往中国，三天后很快就逃往重庆。和尚说：“提醒我的是，即使错了，也应把敌兵当作佛像来对待。”这似乎是从军僧在离开日本前的观点（森山康平编：《证词记录：三光作战》，第五十八页），他是在占领南京后一年半左右时间说这些话的。从占领南京以后，当时日本人对中国人的看法和态度一般都是这样。顺便介绍一下，据说和尚还说过：“要说有什么像样的军纪，是在迫近南京以前。”
松井大将同花山信胜谈起的慰灵祭，是在举行入城式后的第二天（十二月十八日）把军官们集中起来后进行的。当时，同盟通讯社上海分社社长松本重治也列席参加，他对当时情况叙述如下：(www.xing528.com)
我想，到此总该可以结束了吧。就在这时，最高指挥官松井忽地站了起来，面对以朝香宫为首的全体参加祭祀的人们，开始进行说教式的演说。〔报道部长]深掘中佐和我都纳闷地听着他说，以为发生了什么事情，但听到的却是一番申斥：“你们好不容易树立起来的皇成，一下子由于那些部分士兵的暴行失去了光彩。”而且老将军的申斥是严肃的，他流着泪，十分痛心。“你们干了些什么？这不是与皇军不相称吗？从今以后，你们要始终严格执行军规，绝对不许虐待无辜人民。否则，那又将用供品祭祀战死者了”云云，他的训诫是很痛切的。我在心里想：“松井君，做得好啊！”我回头看了看深崛中佐，拜托他说：“现在，世界上都已知道日本军的残暴行为。我想，要想个办法，将松井大将的训诫用消息发到世界各国。务必希望得到报道部长的同意。”深崛中佐说：“松本君，我非常赞成。但现在要马上取得方面军参谋的同意，情稍等一会儿。”（《上海时代》，中央公论新书版，下册，第二四八页）
那时，华中方面军的参谋没有同意报道部长深崛提出的要求，但报道部长自己承担责任，同意松本发布消息、拍电报。于是，关于松井大特的训词用英文发布了消息。这个消息可能传到了世界各国，但在重要的日本，却未见报，那是不言而喻的。
松井大将对日本军的军纪败坏情况表示愤慨，这件事很快地传到了中国，作家林语堂在他当时写的《暴风雨中的树叶》中说：“战胜者日本军与战败者中国军队的崩溃相比，更暴露出了它那不光彩的样子。日本军热衷于暴淫，不可能继续前进，以致使日本军总司令官松井石根也这样说：‘日本军是世界上风纪最坏的军队。’”
松井石根大将得知他那占领南京的所属部队之暴虐行为后，震动很大。对此，当时在近卫内阁通讯省担任参与官的犬养健在其“零星记录”中说：“大肆进行掠夺和暴行的谣传，似乎确有其事。松井大将听后，悲叹得几乎昏了过去。”（《扬子江仍在奔流》，第三十七页）
松井大将之悲痛万分的训诫，一般官兵也把它当作耳边风。屠杀、强奸、掠夺、放火行为依然如故，反复出现。十二月二十一日以后，第十六师团长中岛今朝吾中将被任命担任南京地区警备司令官，他也是个心狠手辣的人物。在到年一月初，他对来自中央的人事局长阿南说：“中国人什么的，有多少杀多少。”师团长们哈哈大笑，嘲笑松井大将的训诫，直到翌年二月初为止，欢庆南京胜利的宴会搞得乌烟瘴气。
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