招标代理服务实行谁委托谁付费的原则，但目前实际上由中标人付费给招标代理机构。
招标人与招标代理机构签订委托合同，收费标准应在合同中约定。合同约定的收费标准应当符合国家有关规定。2011年，国家发展和改革委员会下发《国家发展改革委关于降低部分建设项目收费标准规范收费行为等有关问题的通知》（发改价格[2011]534号），降低了中标金额在5亿元以上招标代理服务的收费标准，并设置收费上限。货物、服务、工程招标代理服务收费差额费率：中标金额在5～10亿元的为0.035%，中标金额在10～50亿元的为0.008%，中标金额在50～100亿元的为0.006%，中标金额在100亿元以上的为0.004%。工程一次招标（完成一次招标投标全流程）代理服务费最高限额为450万元，并按各标段中标金额比例计算各标段招标代理服务费。建筑工程招标代理的收费标准见表12-1。
表12-1 建筑工程招标代理的收费标准
中标金额在5亿元以下的招标代理服务收费基准价仍按原国家计委《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格[2002]1980号）规定执行，此收费额为招标代理服务全过程的收费基准价格，并不含工程量清单、工程标底或工程招标控制价的编制费用。(www.xing528.com)
不过，当前招标代理业务竞争激烈，很多招标代理机构的收费远低于国家有关部委的收费标准。
建筑工程招标代理服务收费按差额定率累进法计算。例如，某工程招标代理业务中标金额为6000万元，招标代理服务收费额为：
100万元×1.0%+（500-100）万元×0.7%+（1000-500）万元×0.55%+（5000-1000）万元×0.35%+（6000-5000）万元×0.2%=22.55万元
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