雍正年间的调整也使得佐杂驻扎海岛的格局发生了显著的变化：从明代中叶以来的弃守转而恢复控制。（参见表1）
洪武年间对沿海佐杂海防布局的规划可谓至为精密，即使是偏远的海岛亦包含在内，如涠洲、硇洲二岛也派驻巡检缉查。可实际上巡检驻防于外洋海岛上的情形并未坚持太久。涠洲巡检司于洪武三年（1370）即从涠洲岛博里村内迁遂溪县西海岸靠近盐场之蚕村地方；硇洲司巡检在设立之初就未立即进驻岛中，正统九年（1444）按察使郭智调整广东海防部署将其从硇洲岛文字村迁徙至茂名西南博茂盐场附近，改为博茂巡检司，至于其曾在硇洲岛上具体驻扎了多久，不得而知。对于内洋岛屿，巡检司的驻扎则更为长久一些。宁川巡检司于洪武二十八年（1395）调整至邻近大陆的南三岛地聚村负责周围海域的巡缉，至嘉靖年间巡检弃守信地寓居县城，驻守期长达近两百年；海陵岛中于正统九年（1444）设立海陵巡检以协同戙船澳官军戍守，至万历十三年（1585）被裁革，亦坚持了近一百五十年。
明代中期以后，海防逐渐侧重于海岸防御，佐杂的海岛驻守格局亦多选择弃守。嘉靖间，都御史唐顺之曾对此海防格局演变趋势有论曰：“按国初，海岛便近去处，皆设水寨，以据险伺敌。后来将士惮于过海，水寨之名虽在，而皆是海岛移置海岸。……近时海贼据以为巢者，皆是国初水寨故处。向使我常据之，贼安得而巢之。”[111]其虽言指水寨，但实际上是对整个明代海防体系短板的痛批。对于外洋海岛的驻防，确实存在较多的困难，如涠洲“去遂溪西南海程二百里”[112]，硇洲岛“风顺由小海则一日可到，不顺则由陆路渡海，三四日亦难定之”[113]。故最初多只得设立巡检这一类基层官员进行巡察，而一旦撤离，这些地方便不可避免地成为海盗巢穴。
清初迁界，粤西各处海岛遂成为界外之地，但也使其成为各种反清武装力量的温床。[114]展界之后，濒海岛屿逐渐恢复军事戍守并允准移民开垦，东海、硇洲等岛居民逐渐稠密。终于在雍正九年（1731）前后，将原设海岸地带的遂溪县湛川巡检司移至邻近的东海岛上，并在硇洲岛和海陵岛复设巡检驻扎，恢复并扩大了佐杂驻防海岛的布局。清代海防讲求文武相维、二轨并行，添设巡检、县丞等文职佐杂进行弹压巡查，能大大增强对海岛居民的控制管理能力。但对于涠洲岛，因其过于偏远，仍采取禁岛政策；直至同治光绪年间，随着外国势力的进入，才重开岛禁，被动地移驻佐杂进行管控。
表1 明清粤西佐杂驻扎海岛情况一览表(www.xing528.com)
根据表1的归纳，可以看出，明代对于粤西岛屿的控制主要集中于15世纪，地域方面也以广州湾至海陵岛一线为主。从16世纪后期开始至18世纪上半叶，将近一百五十年间，粤西海岛是完全处于州县佐杂控制之外的。清代经过雍正年间的调整，其佐杂驻扎海岛的布局基本稳定下来，并于20世纪后期开始恢复对北部湾海岛的控制。
佐杂的海防职能伴随着布局调整而恢复，亦可在嘉庆年间平定广州湾海盗的一系列事件中窥探其实际运作情况。嘉庆年间广东海盗的平定，总督百龄严厉执行的封港海禁政策起到了关键作用，已有学者进行了论述。[115]而在执行这一策略的过程中，我们还应注意到处在海防一线的巡检等基层文官所发挥的作用。嘉庆三年（1798）周镐《论明职》就指出：“文有文职，武有武职。屏御寇盗不使内扰百姓者，武官之职也；约束百姓不使外通寇盗者，文官之职也……敢有内地奸民私挟禁物出口济匪者，许武官揭报专治文官失察之罪；敢纵盗逸入内洋惊扰渔商者，许文官揭报专治武官玩寇之罪。如此，则文武之职明，而盗且不攻自去。”[116]文武官员在基层控制、海洋防御等方面均各有分工，互相监督，故我们在论述海防时，不可忽略州县佐杂所扮演的重要角色。
程含章《上总督百龄书》曰：“州县事尤冗杂，所管洋面，少有百余里，多者数百里。一人之耳目精神，势难处处周到。应由巡道派委佐贰杂职，分段经管，给与月费，协同地方官弁，小心防范。”[117]派驻佐杂分管港口，构筑巡缉网络，主要是为盘查沿海居民对海寇的接济。“查巡检等官既各分管地方，又无刑名钱谷之事，巡缉稽查，是其专责，似应照依各员分管疆界，责令按月周巡一次。如边海地方何处有港汊，可通内河；向有何项船只出入，盘诘稽查是否严密；何处系界大洋，或有岛屿险远，有无奸匪出没，现在如何巡缉防范；所管地方共有出海商渔船只若干，是否俱系编号、领照，舵水是否相符，商船系往何处贸易，每年回港几次，渔船出洋采捕，是否依期归港，有无站洋为匪。”[118]但是，“口岸之接济易查，荒村之接济难查”[119]，广州湾之东海、硇洲二岛就是属于这类缉查不易的地方，其土著居民更是常常与洋匪接应，互取所需，该地方遂成为华南海盗盘踞的中心，而驻扎于此的湛川、硇洲二巡司缉查工作是否得力，对海防大局是有着直接影响的。嘉庆十五年（1810），华南海盗基本肃清，广州湾一带洋面稍宁，百龄又奏请复设遂溪县丞，移驻杨柑墟与白沙塘守备协同稽查，加强了雷州半岛西部的海防布局。
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