1923年2月21日，孙中山经香港抵达广州，并于当天设立元帅府，以大元帅名义行使管制陆海各军等职权。
2月23日，以大元帅名义令沈鸿英部移驻肇庆及西江北岸，原属沈部北江防地，由滇军杨希闵部接防。
3月2日，中华民国政府陆海军大元帅大本营正式建立，设在东山农林试验场，与北京政府分庭抗礼。孙中山就任陆海军大元帅，谭延闿任内政部长，程潜任军政部长，廖仲恺任财政部长，邓泽如任建设部长，伍朝枢任外交部长。另外，孙中山还任命杨庶堪为秘书长，蒋介石为行营参谋长，胡汉民为总参议。共产党人陈独秀曾任宣传委员会委员长，谭平山为委员。
大本营建立后，广东省政府、广州市政府随之建立起来，由廖仲恺、孙科分任广东省长、广州市长。
4月1日，大元帅大本营由广州农林试验场迁到广州河南士敏土厂（现海珠区纺织路东沙街18号）。
大元帅大本营是孙中山第三次在广州建立政权，也是国民政府的前身。其管辖范围只限于广州及其周围一些地区，而且还处于军阀的四面包围之中，西北两面有桂系沈鸿英，东有粤军陈炯明，南有邓本殷。政府内部成分复杂，军内矛盾重重。(www.xing528.com)
4月10日，沈鸿英以移防为名，将所部近2万人集结于广州北郊及新街、韶关、高塘一带，谋攻广州。
1923年4月15日，沈鸿英宣布接受北洋政府任命的“广东军务督理”职务，要求孙中山“取消帅府，赴沪倡导兵工”。16日，沈军李易标部7个营，由白云山进攻滇军总司令部驻地农林试验场及观音山等地。
孙中山立即宣布撤销沈鸿英的桂军总司令职务，并亲临镇海楼，命令杨希闵、刘震寰等部反击叛军。
4月19日，沈军放弃白云山南麓和广州附近阵地，沿粤汉线溃退，平叛军乘胜追击，在江村桥歼灭沈军一部后，徒涉流溪河，于21日占领新街。沈军退至源潭。
7月，沈鸿英发动的叛乱以失败告终。
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