1920年11月28日，孙中山偕伍廷芳、唐绍仪等自上海抵广州。29日，通电宣布恢复军政府（设在越秀山南麓旧广东督军署），重开政务会议。孙中山在总统府发表《对外宣言》，颁布了工会条例、禁止蓄婢、禁种鸦片等法令。
孙中山要北伐，统一中国。陈炯明主张联省自治“保境息兵”，抵制北伐，既不派兵，也不援粮。两人矛盾激化。
1922年6月1日，孙中山由韶关返回广州，翌日巡视观音山，获情报，知粤军将谋叛。6月12日，孙中山召集广州各报记者举行谈话会，阐述有关出师北伐的问题，并称陈炯明实行武人专制，阴谋篡权，希望记者以舆论压力迫使敦促“陈家军”退回东江。此时叶举等人在广州白云山总指挥处举行军事会议，策划兵变。
6月15日，孙中山接报粤军可能兵变，认为是谣言，不必置信。
6月16日凌晨2时（一说3时），粤军兵变，攻占广州市各要害机关，控制市内要隘，4000多人围攻总统府（旧址废后，建今中山纪念堂），炮轰孙中山住所粤秀楼（今越秀山百步梯东侧“孙先生读书治事处碑”位置）。叶举以粤军总指挥名义，布告安民：“国会恢复，护法告终。请孙下野，表示大公。粤军将领，一致赞同。诸色人等，安业无恐。”史称“六一六事件”。
孙中山的卫士们在粤秀楼英勇抵抗叛军。孙中山和宋庆龄先后脱险。(www.xing528.com)
孙中山原要坚守粤秀楼。秘书林直勉、参军林树巍、辎重队长陆志云等人再三劝告，最后强行要他撤离。孙中山装扮成医生，着长衫，戴眼镜，从侧门走出粤秀楼，沿越秀山的小路步行下山，经今中山纪念堂北面芒果树街、莲花井、雨帽街，到达珠江岸边，雇了一只小艇划向海珠岛（20世纪30年代前期筑海珠新堤，海珠岛从此被埋没。故址在今新堤一横路与沿江路相交处一带），海军舰队司令温树德亲自迎接孙中山前往海军司令部。随后，孙中山登上停在白鹅潭的楚豫舰，号召各军平定叛乱。各舰驶入白鹅潭，威慑广州。孙同时电令入赣的北伐军回师讨伐叛军。回师北伐军在韶关遭到陈炯明军和直系军队的夹击，未能进军广州。
孙中山驻节永丰舰，在江面与叛军对峙了50多天。援军不至，株守省河，有损无益。8月9日，孙中山乘英国炮舰摩轩号离开广州，转赴上海。第二次护法战争遂告失败。
今广州天字码头有浮雕两幅分别嵌于码头大门两边的墙上。所载大事，一是清道光时钦差大臣林则徐于1839年3月10日抵达广州查禁鸦片，自天字码头上岸进城的场景。二是六一六事件中孙中山化装出走，在天字码头登上军舰的场景。
1924年元旦，孙中山在大元帅府举行盛大的颁奖仪式，给姚观顺等61名在粤秀楼抗敌的侍卫颁发了奖牌和奖状，并颁发训词：“今天执行奖赏、颁发从前在观音山打仗有功诸卫士奖牌，这是本大元帅亲自执行的第一次。”
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