随着研究的深入，崇明岛的生态现状成为研究的重点，在文献研究的基础上，我们发现崇明岛整体的环境纳污能力状况较好，但城镇化水平较高的堡镇则较差，处于纳污的满载边缘。情况堪忧的还有同样发展较快的城桥镇。这意味着崇明岛现有城镇的发展方式并不适于生态环境的建设。而陈家镇因为发展相对较慢，且地处自然资源极佳的崇东片区，环境整体状况保持得还较好。人类支持力方面，崇明岛基本上处于低下状态，这主要源于崇明岛的产业结构以及生产效率。资源供给能力方面，崇明岛大部分地区已处于可载或满载的状态，土地条件、森林资源以及旅游资源成为不同区域资源供给差异的主要影响因素，陈家镇现状是濒于满载。
综合上述研究，崇明岛被划分为四类生态敏感区域，分别是：轻度敏感区域，主要为各类建设用地；中度敏感区，主要为耕地、林地、园地等具有一定经济生产功能的用地；高度敏感区，主要位于主河道附近区域，易受到洪涝威胁并容易发生水土流失的区域；极敏感区，主要指东滩湿地、东平国家森林公园等，主要为湿地、水体、成片森林的区域。
以此为基础，我们将物种多样性的研究与生态现状的研究相结合，通过对鸟类、哺乳动物、两栖动物迁徙路径的研究，进一步分析了崇明岛水网系统、林地系统、城镇建成环境之间的空间位置关系，将物种多样性作为衡量崇明岛生态水平的重要评价指标，来重新审视崇明岛的生态系统性并评估其发展潜力。
14 综合生态敏感性评价空间分布示意图（改绘自：陈乐天，王开运. 基于上海市崇明岛区生态承载力的空间分异[J]. 生态学杂志，2009（4））
15 崇明岛生态现状分析。自上而下，分别是：
·环境纳污能力空间分布示意图；
·资源供给能力空间分布示意图；
·人类支持力空间分布示意图
20 自然生态系统
21 社会发展状况(www.xing528.com)
22 自然环境与经济社会发展
基于上述研究，笔者尝试从三个层面对崇明岛的自然生态现状以及社会生态现状所存在的问题进行归纳总结。这三个层面包括自然生态系统、社会发展现状、自然系统与经济社会发展之间的矛盾。
首先是自然生态系统遍布整岛的水网系统并没有充分发挥其连通、疏浚、自净乃至促进生态网络构建这些基本功能。譬如，河流径流的减小加剧了河道的沉积，致使很多区域的小型灌溉渠不连不通；崇明岛北侧海水的倒灌加剧了土壤的盐渍化程度，并对相对封闭的岛内水网水质产生了一定的影响；与此同时，现状水网系统与林地、湿地之间的全流域生态系统关系还有待梳理，水网的功能被狭隘地定位为灌溉及疏浚。
其次是社会发展现状。人口老龄化、青壮年劳动力流失成为崇明岛当前所面临的最为严峻的社会问题，而这一切都与崇明岛落后的基础设施以及包括教育、医疗卫生等在内的社会配套公共服务设施的缺位、产业结构、就业岗位的局限不无关系。
最后是自然环境与经济社会发展之间的矛盾。这几乎是崇明岛的核心命题，究竟是发展还是保护？岛内居民热切地期望着能够借助城市化的发展进程，改变现状。然而城镇的盲目蔓延必然摧毁已经日益脆弱的自然或社会生态系统，这意味着一直以来依靠城市建设用地的扩张推进城镇化快速发展的模式在崇明岛是不适宜的。与此同时，作为崇明岛支柱产业的农业也远远没有达到生态农业发展的目标，对杀虫剂、化肥的滥用使得崇明岛的水体、土壤遭受到污染……这些都是需要从生产方式、方法乃至发展思路上进行改进的具体内容。
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