对抗战胜利的不期而至，国民党本无充分准备，结果导致战后在复员与接收问题上弊端百出，从而激化了社会矛盾，使国民党因抗战胜利而得之不易的威望和信誉迅速由高峰而降至低谷，并直接影响到国民党执政的稳定性，为其在内战中因失去人心而迅速失败埋下了伏笔。
抗战胜利之初，蒋介石下令由陆军总部“指导监督并得全权处理收复区内一切党政各事务”。为此，1945年9月5日，陆军总部成立党政接收计划委员会，由总司令何应钦兼主任委员，参谋长萧毅肃和社会部长谷正纲担任副主任委员。但该委员会实际上不过是“幕僚性质之机构”，“陆总对于全国收复地区的一般政务，无权亦无力处理，军与政，既不能配合，党也未曾发生作用，而我行政院各部会对伪组织中央各部会的机构与事业的接收，不但事前没有‘敌情观念’,而且也没有一张蓝图，可供我各部会间彼此分工合作的参考”。各战区的接收基本上是各自负责，自行其是。何况接收日伪留下的庞大产业，对机关和个人而言，本身就有不少油水可捞，各级主管机关及其负责人也不愿意统一接收工作，以免妨碍其既得利益。如此一来，各级接收官员因为缺乏强有力的约束，难免贪赃枉法。结果，“接收办法公布既晚，且复一再变更，致敌伪事业，先经军事机关接收，复经地方机关接收，又经主管机关接收，接收一次，损失一次，至于不肖官吏军警勾结地痞流氓，明抢暗盗，所在多有，损失更所不赀”，“丧失人心，莫此为甚”。
接收中普遍存在的混乱与贪污，引起了社会各界的广泛不满与批评，也不能不引起最高当局的关注，从而将统一接收的问题提上议事日程。9月22日，行政院院长宋子文结束对苏联、美国和欧洲的访问，回到重庆，开始部署由行政院统一主管全国的接收工作，同时也以此为名，将接收日伪财产的巨大利益归于行政院系统。10月12日，宋子文首先在上海设立了行政院院长驻沪办事处，接着在10月下旬，正式成立了由副院长翁文灏主持的行政院收复区全国性事业接收委员会。11月23日，行政院公布《收复区敌伪产业处理办法》，明文规定：敌伪产业接收处理以全国性事业接收委员会为中心机关，在重要区域设立敌伪产业处理局，办理敌产接收处理事宜；原有接收及处理敌伪产业机关一律撤销，移交处理局。为此，行政院先后成立了上海区（后改为苏浙皖区）、河北平津区、山东青岛区和两广区敌伪产业处理局，武汉、河南区敌伪产业处理办公处（湖南、江西两省委托省政府处理），东北、台湾接收处理委员会。此后，多头接收的混乱状况有所改变，敌伪产业，尤其是经济产业开始由敌伪产业处理局负责接收变卖事宜，但因各地的敌伪产业先前多已被层层接收，各个有实权的军政机关以种种借口，对其接收的敌伪产业或拒不交还，或交还时漏报少报，或交还后仍继续占有，敌伪产业处理局对此亦无可奈何。至接收告一段落后，全国性事业接收委员会于1946年7月撤销，其后由中央信托局负责敌伪产业处理未尽事宜。
关于接收日伪产业的数量，因为接收时期的混乱，兼以内战的影响，难以确切统计，而且因为战后法币币值的急剧变动，接收产业变卖后的收入，其价值也在不时变动之中。据1947年3月的统计，全国接收日伪产业总数折合法币为95897亿元（不包括东北和台湾），如按当时官价法币12000元兑1美元折算，为79914万美元。今人统计，全国接收日伪产业总数（包括东北与台湾）折合战前法币为230155万元，如按战前法币1元兑0.295美元折算，为67896万美元。1946年11月赔偿委员会第一次估计为38992万美元，1947年7月第二次估计为33496万美元，英国方面估计约为4亿美元，美国顾问估计约为35000万美元。历经3年之处理，到1948年10月，未处理的日伪产业仍有相当庞大的数量，估计价值金圆券33274万元，如按金圆券与美元4比1的法定比例，则值8319万美元。考虑到接收初期的混乱与接收官员之贪渎，有不少日伪产业在接收中未予统计，或为接收官员个人所得，难以计入接收总数，因此，无论何种接收总数的估计可能均较实际为低。但无论如何，几亿美元的接收数额实为国民党当政以来一次性获取的最大一笔财富，为国民党扩大由其掌控的国营工矿业奠定了基础。但是，国民党对这一笔财富并未善为运用，其中的不动产多成为国营企业的资产，结果效率低下，运营状况不佳；动产则多变卖后用于支持内战，甚或为官僚贪占。
收复区城市，尤其是沪、宁、平、津、穗、汉这样的大城市，战前即为中国经济较为发达的地区，虽经历了战争的破坏，但经济和生活水准仍较西南后方为高。战后到收复区接收的国民党官吏，在经历了后方八年的艰苦生活之后，一到收复区，便为各色花花世界所迷，滥用权力，牟取私利，被时人讽为“五子登科”（即房子、条子即金条、票子、车子、婊子），给收复区人民留下了极坏的影响。接收官员中的胆大者毫无顾忌地公开占据敌伪房产，胆小者则先以单位名义接收日伪房产，再化公为私，据为己有。除了接收官员个人的贪污之外，政府对接收产业的标卖实际上也是变相将日伪产业化公为私的一种方式。接收日伪产业的标卖由敌伪产业处理局下设的评价委员会负责资产估价、投标人资格审查、竞标出售等项工作。由于售出时的价格多低于市价，并由指定商家竞标，这就给了接收官员上下其手、收受贿赂、“合法”贪污的机会。在国民党六届二中全会上，有中央委员提出：东西卖了，表面上是趸批标卖，究竟是哪些人标买的？有没有限制？什么时候发卖的？为什么没有在报纸上公布？日伪产业是在侵略战争期间掠夺中国人民的财富、压榨中国人民的劳动而形成的，本应为全国人民所有，如今却因为国民党接收中的贪污腐败而“合法”地转化为各级官僚的私人财产。尤有甚者，不少日伪产业是强占中国人民的私人财产而形成的，胜利后本应归还其合法所有者，但接收官员却以种种理由，动辄加人以“汉奸”罪名，以“敌产”或“逆产”为名查封，据为己有，无视其合法所有者归还产业的要求。蒋匀田以其亲身经历认为：“国民党的地方党部到处科人民以经济汉奸、文化汉奸的罪名，以满其榨取之欲，引起民间广传收复失土，丧尽人心的民谣，到处可以听到，此乃国民党在大陆所以失败如彼之速的主因。”
战后接收中最为恶劣、最为收复区民众反感的政策，是有关法币与伪币兑换率的规定。南京受降的当天，9月9日陆军总部发布命令，要求政府机关暨国营事业以及一切税款之收支，此后即应完全使用法币，不得再用伪钞；自9月12日起，各银行一切往来交易，应一律使用法币。此时，政府尚未规定法币与伪币的兑换比例，接收官员正好利用这一点，压低伪币价值，大发其财。9月27日，财政部公布《伪中央储备银行钞票收换办法》，将法币与汪伪中储券的兑换率定为1比200;11月22日，又公布《伪中国联合准备银行钞票收换办法》，将法币与华北伪联银券的兑换率定为1比5.如按当时伪币的实际购买力，法币1元约合伪币（中储券）50元，黑市兑换价也不过1比80.因此，1比200的兑换比例，无异于政府公开地以合法手段掠夺收复区的财富。法币在后方本已不值钱，但在这种极不合理、几近公开掠夺的兑换比例公布后，接收官员个个大发横财，甚至动用军用飞机运送法币至接收区倒买倒卖。结果，“大大地苦了收复区同胞，大大地发了后方去的人。可怜收复区同胞，他们盼到天亮，望见了祖国的旌旗，他们喜极如狂，但睡了几夜觉之后，发觉了他们多已破家荡产，手上所仅有的财产筹码——伪币，差不多已分文不值。”
接收中的大量贪污腐败行为引起社会舆论的广泛批评，不能不引起国民党当局的注意，他们承认“目前民众对本党最大的反感，就是贪污”。陆军总部进驻南京后，连续发布布告，要求不得擅自封占汉奸及日侨产业，不得强占民房逆产或日侨住宅。9月25日，蒋介石分别致电陆军总司令何应钦和北平行营参谋长王鸿韶，要求对接收人员“应即严加督饬，务须恪守纪律，以维令誉。如有不法行为，准予从严究办，毋得宽假。“10月24日，陈诚和张群在蒋介石官邸会报中报告“接收人员花天酒地，以及贪污受贿等种种不法情形”，使蒋“闻而怒甚”。他致电京、沪、平、津四市军政长官称：“各地军政官员，穷奢极侈，狂嫖滥赌，并借党团军政机关名义，占住人民高楼大厦，设立办事处，招摇勒索，无所不为……希于电到之日，立刻分别饬属严禁嫖赌，所有各种办事处之类大小机关名称，一律取消封闭，凡有占住民房招摇勒索情事，须由市政当局负责查明，一面取缔，一面直报本委员长，不得徇情隐匿，无论文武公教人员及士兵长警，一律不得犯禁，并责成各级官长连带负责，倘再有发现，而未经其主官检举者，其主官与所属同坐，决不宽贷。”尽管有蒋的严令，但因接收中的贪污腐败行为波及面甚广，在官官相护之下，并未得到有效的遏止。为了缓和社会舆论的强烈批评，1946年6月，由国民政府监察院出面，联合国民党中央监察委员会和国民参政会，共同组织接收清查团，分赴各地清查接收工作。然而，各地方官员以种种借口对清查设置障碍，使清查工作很难深入，与社会和舆论的期待相距甚远。但各清查团在清查报告中都承认贪污腐败行为的存在，认为接收工作“既未先设整个统一之机构，亦无统一指挥接收之大员。……各不相谋，各自为政，明为接收，实为抢攘。”
自1927年以后，国民党长期实行一党训政，在缺乏外界有力监督的情况下，各级官员的奋斗之心日薄，贪污腐败之风日长。抗日战争时期，国民党虽曾一度努力振作，但随着长期困守后方，缺乏进取，贪污腐败风气有增无已，日渐失去民心。抗日战争的胜利，给了国民党修复自身形象的最好机会。国民党不为军事失利所馁，不为日伪诱惑所动，在十分艰苦的环境下，坚持抗战并终至胜利，使其在民众中的声望一度达到了执政以来的最高峰。可是，国民党没有善为因应，却因接收弊端百出而致在不长的时间里便丧失了民心，以致当时的社会舆论对此有大量的公开批评。《大公报》多次发表社评，呼吁当局“收复失土，千万不要失去人心”，批评当局“二十几天时间，几乎把京沪一带的人心丢光了”。《时事新报》在社评中说：“老百姓的希望，说起来实在是极其简单而起码的。他们恨日本人，恨汉奸，他们希望中央来了之后能够把日寇汉奸所作所为的坏事一律革掉，而切切实实地替老百姓做一点好事。”但是，“政府究竟替老百姓做了些什么？”由于接收期间种种不尽如人意之实际，加上舆论报道的渲染，国民党在民众中的声望很快由高峰而至低谷。有如当时舆论所说：“在这短短期间内所揭发的舞弊案，几乎充满了报纸每天的篇幅。舞弊的角色包括不只一方面，舞弊的花样更是光怪陆离，使人头昏目眩。这究竟是何等社会？何等政治？真不能不叫人心痛心寒。”而“想中央，盼中央，中央来了更遭殃”更成为流行歌谣，反映着民心的离背，进而对国民党的统治造成严重的负面效应。(www.xing528.com)
在各地接收的同时，战时迁往后方的国民政府各机关、各事业单位、教育文化机构、工矿企业等，也开始准备复员，回到迁出地。1945年8月17日，国民党中央执行委员会决定，由各单位分别拟定复员计划，准备实行。随后，行政院拟定了《收复区各项紧急措施办法》，分部门拟定了接收要点，着重于迅速恢复地方行政、警察机构；分区供应钞券，恢复银行系统，处理敌伪金融机构，接收敌伪财产；接管敌伪陆海空交通、邮电通信机构，并照常运营；迅速接收并恢复工矿业务，根据处理原则，或发还原主或由政府经营；督饬教育文化机关恢复工作，学校照常上课。由于复员准备工作不够充分，实际复员工作是在没有详细计划的状况下进行的。因交通工具的制约和指挥管理的混乱，复员工作的进行并不顺利。
为了加速复员工作的进程，1946年2月21日，行政院发出《中央党政机关还都办法》，对各部会还都人员、运输工具及经费预算作出了具体规定。4月底，国民政府及各院、部的还都工作基本完成，开始在南京恢复办公。4月30日，国民政府发出还都令称：“兹者国土重光，金瓯无缺，抗战之任虽繁，建国之责加重，政府爰定于本年五月五日凯旋南京，以慰众望。"5月5日，国民政府还都大典在南京隆重举行，蒋介石在大会演说中重提“我们今后共同一致、努力建国的方针：就是一要戒浪费；二要尚节约；三要明礼义；四要知廉耻；五要负责任；六要守纪律”。演说中闻不到内战的战火硝烟，没有提出对民众普遍关心的现实问题的解决之道，却散发出国民党当政后一直鼓吹的所谓固有传统的保守气息。国民党在还都之际提不出什么新的口号、新的方针，而是以20年不变的礼义廉耻之宣传与中共争夺民众的支持，其在竞争中败阵也是事出必然。
接收工作还包含对日伪的处理。1945年8月15日，蒋介石在抗战胜利演讲中提出了“以德报怨”的对日政策，表示对日本“不念旧恶及与人为善”，“只认日本黩武的军阀为敌，不以日本的人民为敌”。蒋介石提出这一政策的目的，主要是为了稳定日本军心，减少接收中的阻力，并防止日本军队投向中共方面，以有利于处理国共关系等更为紧迫的问题。为了体现“以德报怨”的政策，国民政府对于在华日本军队和侨民都采取了较为宽大的政策。对日本军队的官兵，保留了其原有的指挥体系，并让他们集中接受教育，并进行修复交通通信设施和战时被毁工程的劳动；对各地日侨，在指定区域集中后，由当地省市政府管理，对于其中有技能、技术者，可以征用工作，并发给生活费。1945年10月，中国和美国达成协议，由中方负责将中国战区（包括越南北部）的日俘、日侨集中后，由美方安排船只运送回国。自当年11月至1946年底，共遣返日本军人123万人、日侨175万人。
1945年11月6日，军政部、军令部、外交部、司法行政部等联合组织战争罪犯处理委员会，负责对日本战犯的审判处理工作（1946年6月国防部成立后，此项工作由国防部主持）。因为蒋介石提出对日“以德报怨”政策，因此对日本战犯的处理亦较为宽大。1946年10月25日，战犯处理委员会举行对日战犯处理政策会议，决定“对日应高瞻远瞩，处理战犯宜从大处着眼，不必计较小节”。根据此项原则，决定除对与南京及其他各地之大屠杀案有关的重要战犯应从严处理外，对日本普通战犯的处理，应以宽大、迅速为主；若无重大罪证者，予以不起诉处分，释放遣送返日。1947年10月15日，停止对日本战犯的检举；当年底，基本结束对战俘的审判，撤销各地军事法庭；1948年7月，战争罪犯处理委员会解散；1949年4月，国防部战犯审判军事法庭最后结束。到1947年底，各军事法庭共判处日本战犯有期徒刑167人，无期徒刑41人，死刑110人（其中将官6名，校官4名，尉官21名，士兵44名，其他35名）。被判死刑的战犯中，最为中国人民所切齿痛恨者，为南京大屠杀的直接责任者、前日军第六师团师团长谷寿夫。1947年3月10日，国防部军事法庭以谷寿夫将“残酷行为加诸徒手民众与夫无辜妇孺，穷凶极恶，无与伦比，不仅为人类文明之重大污点，即揆其心术之险恶，手段之毒辣，贻害之惨烈，亦属无可矜全”，判处谷寿夫死刑，并于4月26日在南京执行。由于“以德报怨”的对日政策，日本战犯在战后中国所受的处罚，与他们在中国犯下的罪行相比，量刑偏轻，多数高级军官并未被追究责任。前日本中国派遣军总司令冈村宁次，因为在接收期间遵从国民党的指令，使国民党军队顺利受降而被从轻发落。1949年1月26日，军事法庭判决其“既无触犯战规，或其他违反国际公法之行为，依法应予谕知无罪，以期平允”。30日，冈村宁次以及仍在上海战犯监狱被关押的全部日本战犯被遣送回日本。
在对汉奸的处理方面，因为国民党需要利用他们稳定收复区局势，配合接收，因此最初并未有所动作。蒋介石在给何应钦的指示中，特别要求“逮捕汉奸消息及逮捕条例，概勿发表，必须由本委员长批准后，方得正式公布”。直到在南京受降之后，国民党迫于舆论的强烈反应，才开始逮捕及审判汉奸的法律程序。1945年9月26日，何应钦下令对伪政府文官荐任以上、武官少将以上官员，以及职位虽低但罪行重大者，一律拘捕，听候处置，并陆续拘捕了南京伪政府的首领。11月23日，国民政府公布《处理汉奸案件条例》，规定曾任伪简任职以上公务员或荐任职机关首长，特务机关人员，专科以上学校校长，金融实业机关首长，新闻出版、宣传文化、社会团体重要工作者等应被检举。12月6日，国民政府重行公布《惩治汉奸条例》，规定了对汉奸的判刑依据，最高可至死罪，并规定曾任伪职而未判罪者，在一定年限内不得为公职候选人或任用为公务员。至1947年10月，共判处汉奸死刑369人，无期徒刑979人，有期徒刑13570人。被处死刑的伪部长、伪省长等特任级汉奸中有南京伪政府代主席陈公博、外交部长褚民谊、内政部长梅思平、宣传部长林柏生、立法院长梁鸿志和副院长缪斌、华北治安督办齐燮元、华北政务委员会委员长王揖唐、冀东自治政府主席殷汝耕、参谋总长胡毓坤、陆军部长叶蓬、海军部长凌霄、湖北省长杨揆一、浙江省长傅式说等。汪精卫的妻子陈璧君、伪司法院长温宗尧、考试院长江亢虎、华北政务委员会委员长王荫泰、安徽省长罗君强等被判无期徒刑，伪华北教育督办周作人被判14年徒刑。
在审判汉奸的过程中，如何处理南京伪政府的第三号人物、行政院副院长周佛海和社会部部长丁默邨，成为社会关注的焦点。日本投降后，为了顺利接收对国民党至关重要的南京、上海地区，军统负责人戴笠曾致函周佛海，令其“联络各方共同负责，而由兄主其事务。请兄于此紧急艰巨之时期，于任务能秉承领袖之意旨，鼎力以支持之也。”周佛海随后出任上海行动总队总指挥，为国民党顺利接收上海立下了汗马功劳。戴笠曾称赞周佛海：“伪府数十万伪军之向背，与东南财富及通都大邑之掌握，不费一枪一弹，而能顺利接管，关系大局极巨。”因此，就在各级大小汉奸受审之时，周佛海等仍被戴笠安置在重庆而无事，引起舆论的强烈批评。迫于舆论的压力，周佛海和丁默邨被先后起诉。1946年11月7日，首都高等法院以周佛海“纵树微功，难掩巨过；偶施小惠，莫蔽大辜。权衡轻重，量刑未便从宽”，判处其死刑。1947年1月20日，最高法院复判仍为死刑。还在周佛海被审期间，即不断有各方面党政要员为其说项，甚至陆军总司令部和国民党中央组织部亦向法院专函说明周之“功绩”，请求从宽处理。周佛海被判死刑后，陈果夫和陈立夫兄弟亲笔致函蒋介石，称周“在京沪杭一带暗中布置军事颇为周密，胜利后使江浙两省不致尽陷于共党之手，国府得以顺利还都，运兵至华北各地，不无微功”。蒋批示“该犯似可免于一死”。2月26日，国民政府以周佛海“既在敌寇投降前后能确保沪杭一带秩序，使人民不致遭受涂炭，对社会之安全，究属不无贡献”，下令将其原判之死刑减为无期徒刑。1948年2月28日，周佛海病死于南京狱中。1947年2月8日，丁默邨亦被判处死刑，虽也有各方为其说项，但5月1日最高法院复判其“虽不无微功，究不能掩其罪恶之万一，因此不予轻减”。7月5日，丁默邨被执行死刑。
在对伪军的处理方面，国民党为应对反共内战的需要，自始之处理方针即为“视其对国军协助与贡献之成绩，本宽大之旨分别处理之”，并以所谓“投诚自新”名义，区分不同情况，对伪军予以编遣运用。在华北，国民党因面临中共的直接威胁，而且自身兵力不足，运兵受阻，伪军因而被较多地以原编制保留运用，如伪第二方面军孙良诚部、第三方面军吴化文部、第四方面军张岚峰部、第六方面军孙殿英部、徐州绥署郝鹏举部等，均在大体以原编制改编后直接投入反共内战第一线。在南方的伪军，因为国民党尚无须急切利用，因此多被遣散，而以其士兵拨补国民党军各部队。国民党对伪军的处理方针，受到舆论的广泛批评，即便在蒋介石身边工作的唐纵亦认为：“所有伪军均予收编，利用暂时维持地方秩序。伪军察知政府之处境，恬不知耻，向政府要挟需索”，使政府“蒙莫大之羞。”
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