《史记》十二本纪缺《今上本纪》。今本《孝武本纪》是补缺者截取《封禅书》所补，为《史记》之重复篇目，故十二本纪只有十一纪。
《五帝本纪·正义》引裴松之《史目》云：“天子称本纪，诸侯曰世家。”张守节发挥说：“本者，系其本系，故曰本；纪者，理也，统理众事，系之年月，名之曰纪。”刘知幾曰：“盖纪者，纲纪庶品，网罗万物，论篇目之大者，其莫过于此乎！”又云：“盖纪之为体者，犹《春秋》之经系日月以成岁时，书君上以显国统。”（《史通》卷二《本纪》）据此，“本纪”之义有五：
1.“本纪”为法则、纲要之意，它“纲纪庶品”，故为最尊贵之名称。
2.“本纪”为记载天子国君之言事所专用。
3.“本纪”是“网罗万事”的，即国家大事无所不载，不得视为人物传记。
4.“本纪”编年，记正朔，象征天命攸归。从编纂学角度立论，编年记事是我国史法的优秀传统，使叙列的历史事件，兴衰发展的线索分明，它创自《春秋》。
5.“本纪”效《春秋》十二公，故为十二篇。《太史公自序》云：“著十二本纪。”(www.xing528.com)
用上述义例来衡量一下二十四史，班固的《汉书》最合标准，而《史记》最不合标准。因为《史记》的十二《本纪》中，夏、殷、周三《本纪》包括了三代的先公先王，更有《秦本纪》，这均是诸侯入《本纪》，此其一。《史记》立《吕太后本纪》，而不立《惠帝纪》，竟把帝王逸出了《本纪》，此其二。《史记》又立《项羽本纪》，却不记西楚之年，而用“汉之元年”“汉之二年”记正朔，且记事章法为传体。实际上司马迁写的是一篇“项羽列传”，只不过定名《项羽本纪》而已，此其三。因此，刘知幾的《史通》处处扬班抑马。他在《二体》篇中虽然以《史记》《左传》为纪传、编年二体之祖，但真正许为二体代表作的却是班固的《汉书》和荀悦的《汉纪》。所以他在《二体》篇的结论中说：“然则班荀二体，角力争先，欲废其一，固亦难矣。后来作者，不出二途。”《史记》不止十二《本纪》有这些破例，三十《世家》中亦有破例。司马迁不为楚王熊心立世家；对汉初叛国的诸侯王吴王刘濞、淮南王刘长、刘安，衡山王刘赐只作“列传”；赵王张耳、长沙王吴芮，封为诸侯，又历传数代，亦不为立“世家”；而汉初侯爵功臣萧何、曹参、张良、陈平、周勃等却立“世家”，更有孔子、陈涉、外戚三“世家”。司马迁天才横溢，他立例又破例。这些破例，计有三种类型。
1.序事首尾完整，便于“察其始终”。夏、商、周三《本纪》上溯先公先王，使记一代兴衰之历史首尾完具，有利于总结历史经验，洞察历史的发展轮廓。魏收作《魏书》，首列《序纪》，记载拓跋氏的先世起源，就是仿《史记》而创造的。
2.正名实。司马迁认为，秦至献公之后，“常雄诸侯”，“昭襄业帝”，才有始皇的统一，故特作《秦本纪》，参照《六国年表》，寓意更明。表名为六国，实叙八国，首栏列周，以示尊周天子为共主，次列秦，就是纪实以突现秦国“常雄诸侯”之意。因此周与秦不在六国数中。司马迁立《吕太后本纪》，不立《惠帝本纪》也是纪实。因高后孝惠时，惠帝垂拱，吕后称制，故以惠帝附入吕后纪中。司马迁将楚王熊心附入《项羽本纪》中亦同此例。司马迁不为吴芮立“世家”，因其事迹不显，载入年表即足。至于不为赵王张耳立“世家”，是有意将张耳陈余合传。
3.寓褒贬。司马迁为孔子、陈涉、汉帝后妃以及为汉初萧、曹、张、陈、周等开国功臣立《世家》，是褒显他们的历史功绩。反之，对汉初叛国诸侯，因为他们没有起到“辅弼股肱”的作用，降为“列传”，以示贬抑。但是周初管叔、蔡叔虽谋叛逆，后因蔡仲悔改，复封为诸侯，故司马迁仍立《管蔡世家》以劝善。由此可见，司马迁的破例为体，是寓有深意的。
十二《本纪》编年记正朔，与《十表》互为经纬，划分时代段落，为《史记》全书纲纪。十二《本纪》以王朝为体系，分历史为三个段落，表列如下。
《太史公自序》云：“网罗天下放失旧闻，王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事，略推三代，录秦汉，上记轩辕，下至于兹，著十二本纪，既科条之矣。”十二《本纪》不仅科条历史内容，勾勒历史发展轮廓；而且对历史研究方法论起示例作用，司马迁摄取其精义于“赞”中。十二本纪赞共十一篇，内容可分三组。五帝、夏、殷、周、秦五篇本纪赞为一组，主要是讲史实的考证，属于历史方法论的论述。秦始皇、项羽、汉高祖三本纪赞是对秦楚之际兴亡更替这一历史大变动因果的探索，为第二组。而《高祖本纪赞》又与吕太后以下诸汉帝纪赞紧密相连，是对西汉政治得失的直接评价。吕太后、文帝、景帝三本纪赞为第三组，揭示了司马迁论史、论人、论治的思想准则，对研读《史记》全书，特别是汉代人物传记具有示例的作用。
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