水旱灾害根据《泉州府志（祥异）》中的记载，较大的有：成化二十一年（1485年）的大雨连续数日，波及泉州全境；弘治六年（1493年）的大风雨致使开元寺西塔塔刹倾覆，城墙垛堞损坏十之九，惠安城墙倒塌十之七八；弘治十一年（1498年）晋江、南安、惠安大水，次年（1499年）自夏至冬大旱；正德八年（1513年）晋江、惠安、南安大旱，百姓采草木以食；嘉靖十五、十六年（1536年、1537年）连续两年大旱，民多饿死；万历二年（1574年）的大雨，致使泉州府城内只能乘船代步，濒溪百姓溺死甚多；万历三十一年（1603年）夏季发生的海啸飓风，使泉州百姓淹死万余人，沿海船只破坏殆尽；万历三十五年（1607年）夏季发生飓风，造成文庙、府城城墙、洛阳桥、东岳庙的损坏，百姓民房损失无算；万历四十二年（1614年），晋江、南安、安溪遭遇大水，“田宅庐舍多坏”，其中安溪城垣崩坏，冲塌民舍百余间，民溺死者数百人；崇祯十五年（1642年）泉州“雨水如血”。水旱灾害发生的频率和规模远超历代。
关于地震记载，根据笔者整理，泉州历代有记录的地震达38次，而明朝泉州的地震记录有25次，仅万历三十二年（1605年）至三十七年（1609年）间，就发生了四次大地震。相比之下，宋朝只有1次记录，元朝为2次。万历三十二年的地震是8级大地震，万历三十五年、三十七年的地震为6级。关于这四次地震，《泉州府志》载“三十二年十一月初八日泉州地震，初九夜连震十余处，山石海水皆动，地裂数处，郡城尤甚。开元镇国塔尖石坠，损扶栏，城内外庐舍倾圮，覆舟甚多”，“三十三年十一月，地大震，楼铺堆堞圮殆尽”，“三十五年丁未，地大震，城垣坊剥，胥就颓，桥圮尤甚”，“三十七年五月初六日泉州地震，门户瓦屋俱摇动有声。”
频繁的自然灾害，使泉州百姓寻求神灵的庇佑[13]。因此，民间信仰数量大增，一时间“郡城内多淫祠，画地为境”[14]，有些民间信仰的庙宇甚至占据官方祠宇[15]之所。同时对于疫病的王爷崇拜也开始大行其道。泉州府城内各境都形成区域的境主神和境主庙，成为本境的宗教、社交中心。
笔者认为，由于元代的民族矛盾促使日月太保产生。进入明代后，由于频繁的自然灾害，促使包括日月太保信仰在内的民间信仰发展壮大。历史材料表明，日月太保信仰的初步发展也正在明代前中期。(www.xing528.com)
根据日月太保宫的相关资料，明代前期，宫庙虽经历次修缮，但依然简陋。正统十年（1445年）五月，泉郡发生大洪水，城郭庐舍毁坏无数[16]，六月初洪水再度犯城，田庐尽成泽国、民舍漂流成队，唯日月太保宫完好无损，一时民众无不称奇；在洪水之后有樟树干漂浮于宫前，时人称树干上有多处日、月斑纹图案，在众多知名缙绅和乡村耆老的公议下，遂将树干雕刻成日月太保像三尊，除用树木主干雕刻的一尊留于日月太保宫外，另外用枝杈雕刻的二尊分别归辅德宫和广平仓宫。自此各地纷纷争相分炉祭祀，“随后次第分炉于联墀宫、浦口宫、广平仓宫、辅德宫、前后辅宫、坂头宫、金瓯宫等地。”[17]
洛阳桥石刻中关于万历三十五年大地震的记载
日月太保信仰就在泉州百姓渴求太平盛世、风调雨顺的心境中，逐渐发展、扩散，在明代从浦东境发展到府城内各处，并发展至城外，香火日盛。例如位于东海后厝社区的金瓯宫据传始建于明弘治十三年（1500年），说明在明代中后期，该信仰的宫庙已经发展到泉州城外近郊地区。
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