由于 “德祐丙子年（1276年），杭京被元陷。都设于福州，军士失守，元兵直追下；君臣兵众驾舟停泊于泉州之港，蒲寿庚自擅海泊，以私于降元，宗室一时被害，惨哉难当，移东走西，逃南迁北，变姓改名者，难以尽举也。”[150]
入明，赵氏后裔才重新凝聚起来。成化年间，在族人赵惟宪的推动下南外宗赵氏宗祠重建。由于宗祠稍有恢复，称“祖屋”；同时赵惟宪修纂了《南外天源赵氏族谱》。如今宗祠已废，遗址位于泉州新门街甲第巷内。
清乾隆二十一年（1756年），“祖屋”倾圮，除重修井霞小宗祠外，赵氏南外宗合族共同支付银两款项，又在小宗祠左侧重建大宗祠，合称“赵氏大、小宗祠”。大宗祠规模较大（五开间两落格局），合祀始祖暨历代有功德者之考妣。大门外悬挂的李贽所书的“乡贤名宦”额匾。
20世纪60年代，宗祠被占用改作工厂，后被拆除。仅存的小宗祠一角，亦在20世纪90年代被改造为私宅，自此，宗祠无存。
2011年来，有族人捐赠海景国际小区的套房，以此暂放太祖、太宗、魏王神主牌位，并作为泉州赵族总会和泉州赵宋南外宗正司研究会办公室之用。
现尚存有乾隆二十一年（1756年）“有宋赵氏大宗祠记”碑。碑文曰：(www.xing528.com)
赵氏有宋南迁于泉建睦宗院，子孙成进士者凡百三十余人，载自郡志，班班可考。越有明以逮国朝，世代元魁踵起，井霞光照耀人耳目，人称为‘神仙点’，地得‘犀牛望月’之精，故钟毓特盛。今其祖屋历久倾圮，井霞房因议与我联房为大宗，立券告庙，收我房等捌拾两，修井霞小宗祠外，剩付伊房，本支均分，即日焚香卜告，于乾隆二十一年丙子孟冬重新鼎建，而合祀始祖宋太师公暨历代有功德者之考妣焉。参其我亲支出银同建，则文斋公房穆官叁拾两，祥瑞公房福官叁拾两，述轩公房安官叁拾两，永春云台绰斋公房邃若同出叁拾两，以祠工浩大再出叁拾两，而加倍焉，安溪郭溪慎斋公房叁拾两，楚官叁拾两，五代哲庵公房大模等叁拾两，郭溪公银拾伍两，其向劝而勉输万嘉际会，与末、孟森、孟翰、振芳各肆两，与佑交壹两，坑甲陆两肆钱，与成出石一方估银五两，其余子姓散处虽多，概无一人宥襄是举，而总综此较人指输之数计还井霞房捌拾两，晋主设席杂费肆拾伍两，元材鸠工合计叁百余两，统除前捐，不敷用外则怡庵公房嗣苏自出己银以襄其成，不鸠于众而独肩焉。兹建立尚需大备修整，颇著规模。庙前面大园形如吸乳，后背大埔辛方金象，居井霞小宗之左，凡我宗亲有能率祖攸行，将见天储其精，地效其灵，绵绵相继甲科，不又及光辉映哉，我房等更宜广置祀业，以求明禋，是地能与日月升恒，徵应不爽，赵氏德福之贻，殆益蕃衍于无既乎！爰志堂左以叙建立之由，且以示子姓之人，有力不知所勉，而不能使其考妣及身从祀祖宗之堂，入朝保无愧，思后世尚有遗赀否。是为记。
特授文林郎、四川叙州府隆昌县知县、雍正甲辰科举人、选荐明通进士裔孙元慧谨志。
赐进士出身、奉政大夫、詹事府司经局洗马兼翰林院修撰、加一级记录二次、前提监陕西广西学政安溪官献瑶敬书。
宋太师尚书令晋封魏王二十六世孙嗣苏仝勒石
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