宗室不仅促进泉州社会经济发展，也让其成为泉州一股举足轻重的力量。这股力量在宋元之交、朝代鼎革之时，让欲降元朝的蒲寿庚如芒在背。蒲寿庚与宗室的嫌隙缘于上层精英们联合（文官以泉州知州田真子为首、武官以殿前司左翼军统领夏璟为首），对宗室痛下杀手，“尽杀宗人长幼” [109]，宗室“在泉被害几尽”[110]，并且侵占宗室房屋、田园、物品，毁坏宗室墓葬[111]，“司院府第既遭兵燹，则谱牒等书，不复见矣。”[112]
在这场屠杀中只有少数幸存者“逃遁窜伏”[113]。
赵由㻽，乾隆《泉州府志》载：“字莹卿，宋宗室子也，领乡荐除知宁远，廉介有守，爱民礼士人称政教父母，任满改新城，以母老表辞归侍，得旨改福州之闽清，后母丧服阕称疾不仕。”[114]《南外天源赵氏族谱》载：“由㻽，字莹卿，号拙翁，旧名甫㻽，郡岸生，至顺庚午乡书除知宁远县改新城令，以母董儒人衰老，上表侍养，得旨，后改福之闽清令，以风疾致仕。葬晋江县三十二都与贤里锁龙官前蟾蜍山，子二人，宜惠、宜详。”[115]关于赵由㻽在宋元之交的经历，其在《璿源图谱》言，“招抚使蒲寿庚以城降元，南外宗室三千余人，悉为寿庚所害。惟由㻽大父与蕃公，游宦于外，幸而获免，故克传世而有今日。”[116]
赵由腾，“旧名甫腾，字哲卿，乙酉生，承祖业，及国朝编籍东隅十册里，卒号哲斋。葬晋江县三十九都土名荔枝林。子三人，宜元、宜亨、宜贤。”[117]
赵由馥，“字良辅，号四府君。元初宋室亡，公时年甫七岁，幼而聪敏，被掳大都达平章收为男嗣，由良辅送入太学，及长每怀水源木本之思，生身鞠育之劳，平章没后服阙，年三十有二遁归故里，见祖屋崩颓，复树基业。娶庄氏无子。虑裔弗联，复娶谢氏，生子四人，宜兄、宜远、宜道、宜明，追慕亲之遗骸没无丘墓，刻木为像，葬于晋江三十二都乌石紫帽山。”[118]其《南外宗族由馥府君遗嘱》是研究宋元之交泉州变迁的重要历史文献。
赵由钝， “字砺卿，失少岵，走外祖辜氏家，逃避蒲寿庚之难，得免于祸，时司院已经兵燹，故写迹武荣外祖，卒元定四年，年六十有二，葬莲花峰山。子二人宜晋、宜普。”[119]
赵必晔，“怅望中原，怀古赋诗，慨然有祖逖之志”，当蒲寿庚降元之时，其和南外宗正司宗正赵吉甫逃亡至磁灶村。田真子为让赵必晔书写降表，便派兵前往缉拿。待士兵围捕时，他持匕首欲自尽，却被赵吉甫抱住。赵吉甫哭着对赵必晔说，“我愧死万万不能复见子矣”，遂被擒。后必晔将被杀害，録曹参军吴伯厚用计将其救出，“遂居泉之东陵”。平日与渔夫、樵夫、方士等，“班荆燕坐，不问人闲事……讲解经传，亹亹不倦，尤长于典礼。以寿卒。有《茹芝东陵集》等传于世。”[120]
赵由洁，“充庠生，贡入成均，擢承郎。遭寿庚之叛，以官在外得免。”[121]
赵仕道[122]，由晋江青阳卯浦逃亡至晋江安海星塔村，投靠外祖，随外祖家姓吴。[123]
赵与仿，逃亡至漳州龙溪县境内，“僻处银塘村，违城四十里许，逃入深山穷谷间，仅得苟全。”[124]
赵宜惠，“诗书明经，于诗尤工，号泉山隐士。”[125](www.xing528.com)
赵宜祥，“读书明经，隐居授教”，后被郡守偰玉里聘为石井书院山长。[126]
王朝更替，前朝宗室往往成为逼迫和杀戮的对象。待至天下初定的至元二十六年（1289年），由于漳州爆发陈机察起义，并打拥戴宋室的旗号，致使广东、泉州、福州之宗室“尽俘北去，事白放回。”[127]因此赵由馥在大德四年（1300年）所写遗嘱中告诫子孙，“须知谨慎守己，勿苦贱辱而忧抑，勿恃权势而致谤诬，勿视遗失宝器而兴嗟叹……人前强笑，皆亡国子孙免祸之道也。”[128]
这时宗室大都“或摧兵革，或窜姓名，或弃谱牒，或投遗像于水火，生且存者，所真字号，抑或去之不敢用，惧祸也”[129]，还有的不得不“隐居山林”[130]。
但蒙元统治集团也并非对赵宋宗室进行迫害，例如赵由馥在遗嘱中提到的泉州路总管，他就因为得知赵由馥的遭遇而归还坟墓、允许重建宗祠；又如赵必晔命悬一线却最终得以善终；而赵必夅与赵必暐则潜心学问，安稳一生。也有宗室成员在元朝入仕的例子，他们入仕新朝，为其服务。
元代著名书画家赵孟頫[131]就于至元二十三年（1286年）入仕元朝，历任集贤直学士、济南路总管府事、江浙等处儒学提举、翰林侍读学士等职。累官翰林学士承旨、荣禄大夫。晚年后借病隐退。至治二年（1322年），赵孟頫逝世，年六十九。获赠江浙中书省平章政事、魏国公，谥号“文敏”。
赵孟伟，“宋末变更，编籍民伍，读书授徒”，后朝廷招抚在野隐逸为官，孟伟“应诏奉补将仕郎，泉之市舶税院库使。”[132]
赵由美，于元末防卫军阀陈有定进攻泉州的战斗中，“元戎委”其防守城门。时陈有定兵盛，不久便攻入城内，“入城欲屠”。赵由美持“械见有定”，让陈有定放弃屠城的计划。泉州城也和平地“免难后归附（陈有定）。”[133]
太祖赵匡胤，为三派宗室各制定十四字的辈分排行字，希望赵宋皇朝的统治能够长久、宗室之间的关系能够和睦有序。但天不遂人愿，到宋朝灭亡时，根据笔者收集的宗室姓名，在泉的南外宗室太祖派的辈分只到第12字的“由”字辈，太宗派到第10字的“必”字辈，魏王派到第11字的“嗣”字辈。因此，笔者推测宋朝在泉州统治最终瓦解于1277年，太祖、太宗、魏王三派的辈分，可能分别达到“宜”字辈、“友”字辈和“次”字辈。
在1277年元朝在泉州确立统治权至1368年元朝灭亡之前，终元一世，这些在泉的宗室后裔噤若寒蝉，直到明朝建立，才“乃稍复”[134]。
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