1986年8月，增设组织与胚胎学、生理学、生物化学、病理学、微生物学、卫生毒理学、外科学（普通外科、心胸外科）、妇产科学、药剂学等10个硕士研究生学科专业。1987年，教务处增设研究生科。1989年，增设研究生处。1990年，行政机构精简调整时撤销研究生处，在教务处下设研究生科。1990～1994年，增设的麻醉学、传染病学、儿科学、药物化学4个学科、专业，被批准为第四、第五批有权授予硕士学位学科、专业。1994年又恢复研究生处，开始招收计划内外的定向、委托培养等多种形式，逐步拓宽了生源。到1995年为止，招生人数在30名左右，在籍生90余人，形成了具有一定规模的研究生教育学科、专业体系。
在研究生培养中注重招生质量，培养高层次专门人才。1995年，规定所有学科、专业考生必须具备大学学士学位。对计划外招收的委培、自筹资金硕士生可招收同等学力者。对报考临床医学研究生，规定必须是在大学毕业后从事临床教学、医疗工作2年以上、具有一定临床经验者。改变单一招收计划内研究生方法。
1996年合校后，学院研究生教育在办学规模、教学档次和培养质量等方面都有很大发展和提高。1997年，研究生硕士学位点有17个，在校生有85人，已经形成了具有一定规模的能培养高层次专门人才的研究生教育体系。1998年7月，“影像医学与核医学硕士学位授权点通过省学位委员会审核”，并于1999年招生。1997年起，学院生理学硕士学位授权点与中国科学院上海生理研究所联合培养博士研究生。2000年，中西医结合临床和眼科学硕士学位点通过正式审核，定于2001年开始招生。(www.xing528.com)
2000年12月，生理学学科被国务院学位办授予博士学位授予权，学院结束没有博士点的历史。根据《延边大学结束1997年在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位通知》的精神，开始招收人体解剖学、病理学、内科学、外科学（含胸外和普外）、麻醉学、卫生毒理学、药剂学的随读研究生。随读生事先得领取“延边大学在职人员硕士学位课程考试证书”，经办首先成为正式学员。为确保全日制硕士生和随读研究生质量，不仅严格实施培养计划的面授任务，在指导老师指导下全面完成硕士学位论文，毕业时还进行硕士学位学术论文答辩。
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